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万見
- PDB-9zcd: Flavobacterium johnsoniae 30S ribosomal subunit. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9zcd
タイトルFlavobacterium johnsoniae 30S ribosomal subunit.
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 19
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 2
  • 16S rRNA
キーワードRIBOSOME / 30S
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit assembly / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome ...ribosomal small subunit assembly / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein S1 / Ribosomal protein S1-like / S1 domain profile. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / Ribosomal protein S21 superfamily / S1 domain / Ribosomal protein S21 ...: / Ribosomal protein S1 / Ribosomal protein S1-like / S1 domain profile. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / Ribosomal protein S21 superfamily / S1 domain / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein S5, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / : / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S2, conserved site / : / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Ribosomal protein S10p/S20e
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein bS18 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS9 / 30S ribosomal protein S1 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS13
類似検索 - 構成要素
生物種Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ortega, J. / Arpin, D.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2026
タイトル: Structure of a specialized 70S initiation complex.
著者: Dominic Arpin / Bappaditya Roy / Fawwaz M Naeem / Kurt Fredrick / Joaquin Ortega /
要旨: Bacteria of class Bacteroidia lack Shine-Dalgarno (SD) sequences and instead rely on other messenger RNA (mRNA) features, including upstream adenines, for start codon selection. Bacteroidia ribosomes ...Bacteria of class Bacteroidia lack Shine-Dalgarno (SD) sequences and instead rely on other messenger RNA (mRNA) features, including upstream adenines, for start codon selection. Bacteroidia ribosomes contain the anti-SD (ASD) sequence of 16S ribosomal RNA (rRNA) but are "blind" to SD sequences. This occurs due to the sequestration of the ASD through interactions with bS21, bS18, and bS6 on the 30S platform domain. In many Bacteroidia, including Flavobacterium johnsoniae, there is one gene with an extended SD-rpsU, which encodes bS21. Ribosomes lacking bS21 exhibit high-level translation of rpsU, establishing an autoregulatory circuit in the cell. In this work, we investigate the structural basis of initiation on rpsU mRNA. We find using cryo-electron microscopy that initiation entails the formation of a 13-base pair SD-ASD helix that sterically occludes bS21. Mutations of bS21, bS18, or bS6 that compromise the platform pocket liberate the 3' tail of 16S rRNA, enable SD-ASD pairing, and enhance initiation. As initiation on rpsU mRNA depends on SD-ASD pairing, we infer that dissociation of bS21 from replete ribosomes limits their initiation rate. This work shows how a compositional change of the ribosome can govern translation of a specific gene.
履歴
登録2025年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月15日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月15日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月15日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月15日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月15日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月15日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月15日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 30S ribosomal protein S1
H: 30S ribosomal protein S2
h: 30S ribosomal protein S3
i: 30S ribosomal protein S4
j: 30S ribosomal protein S5
k: 30S ribosomal protein S6
l: 30S ribosomal protein S7
m: 30S ribosomal protein S8
n: 30S ribosomal protein S9
o: 30S ribosomal protein S10
p: 30S ribosomal protein S11
q: Small ribosomal subunit protein uS12
r: 30S ribosomal protein S13
s: 30S ribosomal protein S14
t: 30S ribosomal protein S15
u: Small ribosomal subunit protein bS16
v: 30S ribosomal protein S17
w: 30S ribosomal protein S18
x: 30S ribosomal protein S19
y: 30S ribosomal protein S20
z: 30S ribosomal protein S21
2: 16S rRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)858,60322
ポリマ－858,60322
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 AHhijklmnoprstvwxyz

#1: タンパク質 30S ribosomal protein S1


分子量: 66159.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: SAMN05444388_11595 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M6TFV7
#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 28107.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsB, Fjoh_1610 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A5FJG9
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 27886.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsC, BKM63_03290, DFS20_4233, SAMN05444388_103380
発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1J7CBX1
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 22950.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsD, SAMN05444388_103362 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1B2U0J7
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 18206.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsE, SAMN05444388_103369 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1B2U0I9
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 13376.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsF, BKM63_14855, DFS20_3370, SAMN05444388_10494
発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1J7BSW7
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 18493.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsG, SAMN05444388_103389 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M5L9G3
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14652.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsH, SAMN05444388_103372 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M5L889
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14464.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsI, SAMN05444388_101317 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M6R974
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11446.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsJ, BKM63_03325, DFS20_4240, SAMN05444388_103387
発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1J7CP29
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13700.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsK, BKM63_03205, DFS20_4215, SAMN05444388_103363
発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1J7CBV3
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 13734.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsM, Z4668, ECs4163 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: P0A7T1
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 10211.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsN, BKM63_03255, DFS20_4226, SAMN05444388_103373
発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1B2U0Q7
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10565.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsO, SAMN05444388_101497 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M6QTP8
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 10108.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsQ, DFS20_4230, SAMN05444388_103377 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M5L8M4
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 11378.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsR, BKM63_14860, DFS20_3369, SAMN05444388_10495
発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1B2U6N1
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10278.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsS, DFS20_4235, SAMN05444388_103382 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M5L8S8
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9442.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsT, SAMN05444388_102514 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1B2U1X2
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S21


分子量: 7433.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsU, BKM63_10790, DFS20_2852 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1J7CKJ9

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Small ribosomal subunit protein ... , 2種, 2分子 qu

#12: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 14121.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsL, BKM63_03340, SAMN05444388_103390 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1B2U0C6
#16: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS16


分子量: 20050.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsP, SAMN05444388_101644 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M6QGN9

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 2

#22: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 491833.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.20.1_4487モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 431185 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.7 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00354081
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.57280406
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.60120405
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03610306
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0054640

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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