[日本語] English
万見
- PDB-9wno: Cryo-EM structure of Candida glabrata GPI mannosyltransferase I b... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9wno
タイトルCryo-EM structure of Candida glabrata GPI mannosyltransferase I bound to Dol-P-Man
要素
  • GPI mannosyltransferase 1
  • Protein PBN1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GT-C / GPI / Mannosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


GPI mannosyltransferase activity / alpha-1,4-mannosyltransferase activity / glycosylphosphatidylinositol-mannosyltransferase I complex / mannosyltransferase activity / GPI anchor biosynthetic process / fungal-type cell wall organization / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / ERAD pathway / protein processing / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
GPI mannosyltransferase 1 / Glycosylphosphatidylinositol-mannosyltransferase I, PIG-X/PBN1 / Protein Pbn1 / Mannosyltransferase (PIG-M) / PIG-X / PBN1 / PIG-X / PBN1
類似検索 - ドメイン・相同性
dolichyl phosphate mannose / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Protein PBN1 / GPI mannosyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Nakaseomyces glabratus (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Sun, H. / Wu, W.H. / Yan, Z.F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J Fungi / 年: 2025
タイトル: Structural Insights into the Glycosylphosphatidylinositol Mannosyltransferase I Complex from Candida glabrata
著者: Sun, H. / Wu, W. / Li, X. / Deng, Y. / Huang, J. / Yin, M. / Yan, Z.
履歴
登録2025年9月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GPI mannosyltransferase 1
B: Protein PBN1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,6577
ポリマ－98,0892
非ポリマー2,5685
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GPI mannosyltransferase 1 / GPI mannosyltransferase I / GPI-MT-I / Glycosylphosphatidylinositol-anchor biosynthesis protein 14


分子量: 50289.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence reference for strain 'Nakaseomyces glabratus' is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id Q6FXQ5.
由来: (組換発現) Nakaseomyces glabratus (菌類) / 遺伝子: GPI14, CAGL0B03905g / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: Q6FXQ5, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: タンパク質 Protein PBN1


分子量: 47799.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence reference for strain 'Nakaseomyces glabratus' is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id Q6FX62.
由来: (組換発現) Nakaseomyces glabratus (菌類) / 遺伝子: PBN1, CAGL0B00506g / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q6FX62

-
糖 , 2種, 3分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 2分子

#4: 化合物 ChemComp-MJC / dolichyl phosphate mannose


分子量: 1011.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C61H103O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE


分子量: 486.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: GPI mannosyltransferase I / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Nakaseomyces glabratus (菌類)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2100 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1700 nm
撮影電子線照射量: 56 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 80856 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.48 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0037008
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5749529
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.701951
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431080
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041169

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る