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- PDB-9w9h: Cryo-EM structure of the mouse kinesin-2 tail in complex with KAP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9w9h
タイトルCryo-EM structure of the mouse kinesin-2 tail in complex with KAP3 adaptor
要素
  • Kinesin-associated protein 3
  • Kinesin-like protein KIF3A
  • Kinesin-like protein KIF3B
キーワードMOTOR PROTEIN / Kinesin-2 motor Intracellular transport Kinesin-adaptor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of calcium-dependent cell-cell adhesion / opsin transport / epidermal stem cell homeostasis / kinesin II complex / anterograde dendritic transport / intraciliary transport particle B binding / periciliary membrane compartment / Activation of SMO / Intraflagellar transport / centriole-centriole cohesion ...positive regulation of calcium-dependent cell-cell adhesion / opsin transport / epidermal stem cell homeostasis / kinesin II complex / anterograde dendritic transport / intraciliary transport particle B binding / periciliary membrane compartment / Activation of SMO / Intraflagellar transport / centriole-centriole cohesion / anterograde dendritic transport of neurotransmitter receptor complex / positive regulation of keratinocyte proliferation / Kinesins / microtubule anchoring at centrosome / intraciliary transport / cilium movement / photoreceptor connecting cilium / inner ear receptor cell stereocilium organization / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / motile cilium assembly / Hedgehog 'off' state / dorsal/ventral neural tube patterning / dentate gyrus development / MHC class II antigen presentation / non-motile cilium assembly / negative regulation of thymocyte apoptotic process / dorsal/ventral pattern formation / determination of left/right symmetry / neural precursor cell proliferation / microtubule motor activity / anterior/posterior pattern specification / neural tube development / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / motile cilium / negative regulation of neuroblast proliferation / smoothened signaling pathway / spectrin binding / thymocyte apoptotic process / positive regulation of cytokinesis / heart looping / forebrain development / kinesin binding / keratinocyte proliferation / axoneme / cilium assembly / mitotic spindle assembly / neuroblast proliferation / photoreceptor outer segment / epidermis development / microtubule-based process / vesicle-mediated transport / cardiac muscle cell apoptotic process / photoreceptor inner segment / centriole / dendrite cytoplasm / condensed nuclear chromosome / positive regulation of epithelial cell proliferation / spindle microtubule / kidney development / small GTPase binding / intracellular protein localization / heart development / microtubule cytoskeleton / midbody / protein phosphatase binding / microtubule binding / dendritic spine / in utero embryonic development / microtubule / neuron projection / cell population proliferation / postsynapse / cilium / ciliary basal body / axon / apoptotic process / dendrite / centrosome / negative regulation of apoptotic process / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kinesin-associated protein 3 / Kinesin-associated protein (KAP) / Kinesin-associated protein (KAP) / Kinesin-like protein / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. ...Kinesin-associated protein 3 / Kinesin-associated protein (KAP) / Kinesin-associated protein (KAP) / Kinesin-like protein / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Kinesin motor domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Kinesin-like protein KIF3A / Kinesin-associated protein 3 / Kinesin-like protein KIF3B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Jiang, X. / Danev, R. / Yanagisawa, H. / Kikkawa, M.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJER2202 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP21H05247 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP24KF0141 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP24K18106 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Hook-like Adaptor and Cargo-binding (HAC) Domain in the Kinesin-2 Tail Enables Adaptor Assembly and Cargo Recognition
著者: Jiang, X. / Danev, R. / Yanagisawa, H. / Kikkawa, K.
履歴
登録2025年8月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein KIF3A
B: Kinesin-like protein KIF3B
C: Kinesin-associated protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,7883
ポリマ－139,7883
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, SEC-MALS, SEC-SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Kinesin-like protein KIF3A / Microtubule plus end-directed kinesin motor 3A


分子量: 27706.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Clone in pETDuet-1 MCS1 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kif3a, Kif3 / プラスミド: pETDuet-1 MCS2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P28741
#2: タンパク質 Kinesin-like protein KIF3B / Microtubule plus end-directed kinesin motor 3B


分子量: 31857.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Clone in pETDuet-1 MCS2 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kif3b / プラスミド: pETDuet-1 MCS2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q61771
#3: タンパク質 Kinesin-associated protein 3 / KAP-3 / KAP3


分子量: 80224.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kifap3 / プラスミド: pETDuet-1 MCS2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P70188
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of kinesin-2 KIF3A/B and KAP3 adaptor
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.145 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 / プラスミド: pETDuet-1 for KIF3A/B, pET21b for KAP3
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.75 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 279 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 200
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 80000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 1.55 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 65.3 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 34176
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7PHENIXモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 9701817
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 539244 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築詳細: ModelAngelo de novo model / Source name: Other / タイプ: other

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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