PDB-9w4e: Fusion protein of Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus in an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9w4e

タイトル

Fusion protein of Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus in an early fusion intermediate state

要素

fusion protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / fusion protein / Baculovirus / membrane fusion

生物種

Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus (ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Chong, T. / Rao, G. / Fu, Y. / Cao, S.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fusion protein of Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus in an early fusion intermediate state
著者: Chong, T. / Rao, G. / Fu, Y. / Cao, S.

履歴

登録	2025年7月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2026年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年8月5日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年8月5日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年8月5日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年8月5日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年8月5日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9w4e.cif.gz	169.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9w4e.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9w4e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/9w4e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/9w4e	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	65626MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: fusion protein

B: fusion protein

ヘテロ分子

144 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質

fusion protein

分子量: 71981.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus (ウイルス)
細胞株 (発現宿主): Schneider S2 cells
発現宿主:

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Membrane fusion protein of Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus (ウイルス)
由来(組換発現)	生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 細胞: Schneider S2 cells
緩衝液	pH: 5.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158 / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 220934 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

最高解像度: 3.1 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	7118
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.576	9652
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	6.89	928
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.043	1130
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.005	1224

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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