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万見
- PDB-9v8a: Structure of the Argonaute protein from Verrucomicrobiota bacteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9v8a
タイトルStructure of the Argonaute protein from Verrucomicrobiota bacterium in complex with guide DNA and target RNA in dimeric state.
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
  • RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*A)-3')
  • VbAgo
キーワードRNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / mesophilic prokaryotic Argonaute / RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Verrucomicrobiota bacterium (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Wu, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)240801001003 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Structural insights into C-terminus-mediated RNA target cleavage by a mesophilic prokaryotic argonaute.
著者: Taiyu Chen / Xin Tao / Shunshun Li / Qingmiao Duanmu / Jiening Wang / Kai Chen / Kangle Mu / Hong Yang / Yu Li / Yang Liu / Lixin Ma / Shan Wu /
要旨: Prokaryotic Argonaute proteins (pAgos) are programmable nucleases that always utilize DNA guides to cleave DNA targets. Recent studies show that some pAgos preferentially utilize DNA guides to cleave ...Prokaryotic Argonaute proteins (pAgos) are programmable nucleases that always utilize DNA guides to cleave DNA targets. Recent studies show that some pAgos preferentially utilize DNA guides to cleave RNA targets rather than DNA targets. VbAgo, derived from a Verrucomicrobia bacterium, is a nuclease capable of specifically cleaving single-stranded RNA and highly structured RNA substrates at 37 °C, making it an ideal candidate for developing RNA manipulation toolkits. An in-depth investigation of its mechanism contributes to understanding the functional characteristics of gDtR-type Ago proteins. Here, we present cryo-electron microscopy structures of VbAgo, the VbAgo-guide DNA binary complex, multiple wild-type VbAgo-guide DNA-target RNA ternary complexes, and the catalytically inactive mutant (VbAgo-DM) guide DNA-target RNA ternary complex, with resolutions ranging from 2.5 to 3.2 Å. By integrating these cryo-EM structures with biochemical data, we elucidate the entire catalytic process of VbAgo, revealing its unique C-terminal regulatory mechanism. Specifically, in its apo state, VbAgo's C-terminus occupies the nucleic acid binding channel, partially impeding its catalytic activity while enhancing its stability. The binding of guide DNA displaces the C-terminus, and subsequent binding of target RNA, along with conformational changes in the N-terminal and PAZ domains, facilitates VbAgo dimerization. Following this, the C-terminus transitions from a loop to a helix, enabling maturation of the catalytic center and inducing movements in the MID-PIWI' interactions at the dimer interfaces, ultimately leading to dimer dissociation. Concurrently, cleavage of the target RNA and subsequent product release occur, after which VbAgo reverts to its binary state to initiate the next cleavage cycle. Moreover, we demonstrate that VbAgo exhibits guide DNA mediated RNA knockdown activity in mammalian cells. In summary, our study provides a comprehensive understanding of the molecular mechanisms governing self-inhibition, guide binding, target recognition, and product release in VbAgo. These findings offer valuable insights into the diverse mechanisms of pAgos, broadening their functional scope and enhancing the biotechnological potential of pAgo proteins.
履歴
登録2025年5月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月15日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月15日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月15日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月15日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月15日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月15日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VbAgo
B: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
C: RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*A)-3')
a: VbAgo
b: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
c: RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,20912
ポリマ－200,0636
非ポリマー1466
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 VbAgo


分子量: 88463.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Verrucomicrobiota bacterium (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*T)-3')


分子量: 5641.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Verrucomicrobiota bacterium (バクテリア)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*A)-3')


分子量: 5926.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Verrucomicrobiota bacterium (バクテリア)
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: VbAgo ternary complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Verrucomicrobiota bacterium (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 54 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.19.2_4158モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 125387 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.66 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00313970
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.50819246
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.7692410
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0412148
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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