[日本語] English
万見
- PDB-9v7n: Cryo-EM structures of the Azoarcus pre-tRNA(ILE) conformation a u... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9v7n
タイトルCryo-EM structures of the Azoarcus pre-tRNA(ILE) conformation a undergoing the first-step self-splicing
要素RNA (284-MER)
キーワードRNA / Azoarcus pre-tRNA(ILE) / self-splicing / pre-1S / RNA structure
機能・相同性GUANOSINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Azoarcus olearius (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Hong, Y. / Liu, J. / Zhang, X. / Liu, J. / Li, S. / Zhang, K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other government 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Pre-splicing conformation and stepwise circularization of a group I intron in Azoarcus pre-tRNA.
著者: Yibao Hong / Jiashu Liu / Xiaojing Zhang / Ji Liu / Shanshan Li / Kaiming Zhang /
要旨: Group I introns are catalytic RNAs capable of self-splicing, yet structural insights into full-length precursor RNAs and post-splicing circularization have been limited. Here, we present cryo-EM ...Group I introns are catalytic RNAs capable of self-splicing, yet structural insights into full-length precursor RNAs and post-splicing circularization have been limited. Here, we present cryo-EM structures of the Azoarcus pre-tRNA system across key catalytic stages, including the full-length precursor in Pre-1S conformations, the linear intron, and the circular introns, at 2.8-3.3 Å resolution. These structures reveal a preformed P1 helix, register shifts during splicing, and a conformational flip of G37 that stabilizes the circularization site. Biochemical analyses confirm a two-step circularization mechanism, generating a secondary circular product via an alternative ligation site. Together, our results provide an atomic-level view of a group I intron system through splicing and circularization. This work uncovers structural principles governing RNA conformational dynamics, catalysis, and circular RNA formation, with broad implications for ribozyme engineering.
履歴
登録2025年5月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年4月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.12026年4月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: RNA (284-MER)
D: RNA (284-MER)
E: RNA (284-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,01410
ポリマ－275,5843
非ポリマー4297
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: RNA鎖 RNA (284-MER)


分子量: 91861.484 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Azoarcus olearius (バクテリア)
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai) (その他)
#2: 化合物 ChemComp-GMP / GUANOSINE


分子量: 283.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O5
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structures of the Azoarcus pre-tRNA(ILE) conformation a undergoing the first-step self-splicing
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.092 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Azoarcus olearius (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai) (その他)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 64 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.7粒子像選択
2EPU画像取得
12cryoSPARC4.7分類
13cryoSPARC4.7３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 1633558
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 105746 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る