[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルPre-splicing conformation and stepwise circularization of a group I intron in Azoarcus pre-tRNA.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 17, Issue 1, Year 2026
掲載日2026年3月20日
著者Yibao Hong / Jiashu Liu / Xiaojing Zhang / Ji Liu / Shanshan Li / Kaiming Zhang /
PubMed 要旨Group I introns are catalytic RNAs capable of self-splicing, yet structural insights into full-length precursor RNAs and post-splicing circularization have been limited. Here, we present cryo-EM ...Group I introns are catalytic RNAs capable of self-splicing, yet structural insights into full-length precursor RNAs and post-splicing circularization have been limited. Here, we present cryo-EM structures of the Azoarcus pre-tRNA system across key catalytic stages, including the full-length precursor in Pre-1S conformations, the linear intron, and the circular introns, at 2.8-3.3 Å resolution. These structures reveal a preformed P1 helix, register shifts during splicing, and a conformational flip of G37 that stabilizes the circularization site. Biochemical analyses confirm a two-step circularization mechanism, generating a secondary circular product via an alternative ligation site. Together, our results provide an atomic-level view of a group I intron system through splicing and circularization. This work uncovers structural principles governing RNA conformational dynamics, catalysis, and circular RNA formation, with broad implications for ribozyme engineering.
リンクNat Commun / PubMed:41862486 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.86 - 3.27 Å
構造データ

64818

9v7n

EMDB-64818, PDB-9v7n:
Cryo-EM structures of the Azoarcus pre-tRNA(ILE) conformation a undergoing the first-step self-splicing
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.11 Å

64819

9v7o

EMDB-64819, PDB-9v7o:
Cryo-EM structures of the Azoarcus pre-tRNA(ILE) conformation b undergoing the first-step self-splicing
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

64820

9v7p

EMDB-64820, PDB-9v7p:
Cryo-EM structures of the Azoarcus pre-tRNA(ILE) intron conformation after the self-splicing
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.01 Å

64821

9v7q

EMDB-64821, PDB-9v7q:
Cryo-EM structures of the Azoarcus pre-tRNA(ILE) intron conformation after the cyclization
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

66618

9x6b

EMDB-66618, PDB-9x6b:
Cryo-EM structure of the Azoarcus sp. BH72 pre-tRNA(ILE) intron after second-step cyclization (circular form)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

化合物

ChemComp-GMP:
GUANOSINE

ChemComp-MG:
Unknown entry

由来
  • azoarcus olearius (バクテリア)
キーワードRNA / Azoarcus pre-tRNA(ILE) / self-splicing / pre-1S / RNA structure / circular intron / Azoarcus sp. BH72 pre-tRNA(ILE); second-step cyclization; c' intron

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る