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- PDB-9unv: Cryo-EM structure of human organic solute transporter Ost-alpha/b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9unv
タイトルCryo-EM structure of human organic solute transporter Ost-alpha/beta bound with TLCA
要素(Organic solute transporter subunit ...) x 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Complex / bile acids
機能・相同性
機能・相同性情報


bile acid secretion / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / positive regulation of glycoprotein biosynthetic process / bile acid transmembrane transporter activity / bile acid and bile salt transport / positive regulation of protein targeting to membrane / transmembrane transporter activity / Recycling of bile acids and salts / regulation of protein stability / basolateral plasma membrane ...bile acid secretion / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / positive regulation of glycoprotein biosynthetic process / bile acid transmembrane transporter activity / bile acid and bile salt transport / positive regulation of protein targeting to membrane / transmembrane transporter activity / Recycling of bile acids and salts / regulation of protein stability / basolateral plasma membrane / protein heterodimerization activity / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / protein-containing complex / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Organic solute transporter subunit beta / : / Organic solute transporter subunit beta protein / Organic solute transporter subunit alpha/Transmembrane protein 184 / Organic solute transporter Ostalpha / Organic solute transporter Ostalpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-76F / : / CHOLESTEROL / 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / PHOSPHATIDYL ETHANOL / PALMITIC ACID / Organic solute transporter subunit alpha / Organic solute transporter subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Yang, X. / Xu, E.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2026
タイトル: Structures of Ostα/β reveal a unique fold and bile acid transport mechanism.
著者: Xuemei Yang / Nana Cui / Tianyu Li / Xinheng He / Heng Zhang / Canrong Wu / Yang Li / Xiong Ma / H Eric Xu /
要旨: Bile acid and steroid hormone homeostasis are critical for human health, with disruptions linked to metabolic and endocrine disorders. The organic solute transporter Ostα/β, essential for bile acid ...Bile acid and steroid hormone homeostasis are critical for human health, with disruptions linked to metabolic and endocrine disorders. The organic solute transporter Ostα/β, essential for bile acid efflux in enterohepatic circulation, has long defied mechanistic elucidation. Here we present cryogenic electron microscopy structures of human Ostα/β in apo and substrate-bound states at 2.6-3.1 Å resolution, revealing a distinctive membrane protein architecture that defines a new transporter class. Ostα/β forms a symmetric tetramer of heterodimers, with each Ostα subunit showing a new seven-transmembrane fold, augmented by a single transmembrane helix of Ostβ. This architecture is stabilized by extensive lipid modifications, including a palmitoylated cysteine-rich motif that forms a lateral substrate-binding groove. The structures uncover a unique transport pathway featuring two substrate-binding sites connected by an amphipathic helix-gated conduit. This design, conserved in the evolutionarily related TMEM184 family, suggests an ancient mechanism for substrate translocation. Electrophysiological studies demonstrate voltage-sensitive, bidirectional transport driven by electrochemical gradients, elucidating the efflux role of Ostα/β in vivo. Lipid interactions, notably palmitoylation-dependent trafficking, emerge as critical for stability and function. These findings clarify the molecular mechanism of Ostα/β, provide a structural basis for disease-associated mutations and establish a paradigm for lipid-modified membrane transport.
履歴
登録2025年4月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月10日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月10日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月10日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月10日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月10日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年2月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
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改定 2.02026年2月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
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改定 1.22026年2月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
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改定 2.12026年2月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
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改定 1.32026年3月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
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改定 2.22026年3月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin
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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Organic solute transporter subunit alpha
B: Organic solute transporter subunit beta
C: Organic solute transporter subunit alpha
D: Organic solute transporter subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,29856
ポリマ－109,8224
非ポリマー20,47652
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Organic solute transporter subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Organic solute transporter subunit alpha / OST-alpha / Solute carrier family 51 subunit alpha


分子量: 38967.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: NAG and PLM is the modification on the residues of the chain
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC51A, OSTA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86UW1
#2: タンパク質 Organic solute transporter subunit beta / OST-beta / Solute carrier family 51 subunit beta


分子量: 15943.913 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC51B, OSTB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86UW2

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糖 , 1種, 2分子

#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 50分子

#3: 化合物...
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL


分子量: 386.654 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#4: 化合物 ChemComp-P0E / PHOSPHATIDYL ETHANOL / (2S)-2-[(9E)-HEXADEC-9-ENOYLOXY]-3-{[HYDROXY(2-HYDROXYETHOXY)PHOSPHORYL]OXY}PROPYL (9E)-OCTADEC-9-ENOATE


分子量: 716.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H73O9P
#5: 化合物 ChemComp-LPE / 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / LPC-ETHER


分子量: 510.708 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H57NO6P
#7: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID


分子量: 256.424 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#8: 化合物 ChemComp-A1EPX / Taurolithocholic Acid


分子量: 483.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H45NO5S
#9: 化合物
ChemComp-76F / (7E,21R,24S)-27-amino-24-hydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaheptacos-7-en-21-yl (9Z,12E)-octadeca-9,12-dienoate / DOPE


分子量: 742.018 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H76NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Homo dimer of dimerized Ost-alpha and Ost-beta / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4.6.2粒子像選択Blob pick and template pick
13cryoSPARC4.6.2３次元再構成Local refinement
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 76705 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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