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- PDB-9ugo: Cryo-EM structure of the HBsAg dimer and Complex with Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ugo
タイトルCryo-EM structure of the HBsAg dimer and Complex with Fab
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
  • Middle S protein
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HBV antigen / dimer / Fab / complex / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性Large envelope protein S / Major surface antigen from hepadnavirus / membrane fusion involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane / Middle S protein
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
hepatitis B virus genotype A (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Liu, Y. / Liao, M. / Liu, Z. / Ju, B. / Zhang, Z.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Gut / 年: 2026
タイトル: Characterisation of plasmablast-derived HBsAg-specific antibody and its structural basis for binding to native HBsAg dimer.
著者: Bin Ju / Zhouqing Liu / Hu Yan / Yong Liu / Lu Zhang / Xiangyang Ge / Xin Wang / Zhu Si / Bing Zhou / Qing Fan / Miao Wang / Yuxiao Li / Wenlong Lai / Jianhui Gan / Haiyan Wang / Juanjuan ...著者: Bin Ju / Zhouqing Liu / Hu Yan / Yong Liu / Lu Zhang / Xiangyang Ge / Xin Wang / Zhu Si / Bing Zhou / Qing Fan / Miao Wang / Yuxiao Li / Wenlong Lai / Jianhui Gan / Haiyan Wang / Juanjuan Zhao / Yuchen Xia / Maofu Liao / Zheng Zhang /
要旨: BACKGROUND: Plasmablast-derived HBV surface antigen (HBsAg)-specific monoclonal antibody (mAb) and structural basis for binding to native HBsAg are poorly known.
OBJECTIVE: We aimed to identify plasmablast-derived HBsAg-specific mAbs, evaluate their antiviral activities and resolve their structure for binding to native HBsAg.
DESIGN: A previously vaccinated volunteer was enrolled in this study, who was boosted with a dose of recombinant hepatitis B vaccine and donated the blood sample. Activated plasmablasts were sorted ...DESIGN: A previously vaccinated volunteer was enrolled in this study, who was boosted with a dose of recombinant hepatitis B vaccine and donated the blood sample. Activated plasmablasts were sorted from fresh peripheral blood mononuclear cells and mAbs were expressed. Their gene features, cross-genotypic binding activities and antiviral functions in vitro and in vivo were comprehensively analysed. The cryo-electron microscopy (cryo-EM) was used to determine the structure of representative mAb bound to the native HBsAg.
RESULTS: In this study, we cloned a series of HBsAg-specific mAbs directly from clonally expanded plasmablasts from a vaccinated individual. Most of the mAbs displayed cross-reactivities of binding ...RESULTS: In this study, we cloned a series of HBsAg-specific mAbs directly from clonally expanded plasmablasts from a vaccinated individual. Most of the mAbs displayed cross-reactivities of binding to different genotype HBsAg proteins and antiviral functions such as neutralisation and antibody-dependent cellular phagocytosis. These human anti-HBsAg mAbs, especially SY-4-class and SY-23-class, could be good candidates for antibody drugs. The cryo-EM structure of SY-23 bound to the dimeric HBsAg was determined, revealing its binding mechanism and unprecedented structural detail of the major antigenic loop (AGL) of HBsAg.
CONCLUSION: Overall, our work has uncovered the diverse gene features and varied anti-HBV activities of plasmablast-derived mAbs, providing a series of antibody drug candidates and the long-sought- ...CONCLUSION: Overall, our work has uncovered the diverse gene features and varied anti-HBV activities of plasmablast-derived mAbs, providing a series of antibody drug candidates and the long-sought-after atomic model of AGL has paved the way for a wholistic characterisation of the AGL's dynamic conformation during HBV infection and immune response.
履歴
登録2025年4月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab light chain
B: Fab heavy chain
C: Middle S protein
E: Middle S protein
D: Fab light chain
F: Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,1116
ポリマ－117,1116
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: 抗体 Fab light chain


分子量: 23425.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 24121.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Middle S protein / HBsAg


分子量: 11008.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence of organism hepatitis B virus genotype A is not available during the biocuration, replaced by B8QJB4 temporarily.
由来: (組換発現) hepatitis B virus genotype A (ウイルス)
発現宿主: Yeast centromeric expression vector p416CYC (その他)
参照: UniProt: B8QJB4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: complex of HBsAg dimer with Fab / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
21hepatitis B virus genotype A (ウイルス)489455
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
21Yeast centromeric expression vector p416CYC (その他)422498
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53213 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0038283
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.61511272
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.9241146
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0441265
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0081440

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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