PDB-9uaz: Cryo-EM structure of the M1 muscarinic acetylcholine receptor bou...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9uaz

タイトル

Cryo-EM structure of the M1 muscarinic acetylcholine receptor bound to atropine and nanobody NbA12

要素

M1 muscarinic acetylcholine receptor, de novo design protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / GPCR / inactive-state / atropine / de novo protein / nanobody

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å

データ登録者

Zhang, X. / Gao, K. / Liu, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the M1 muscarinic acetylcholine receptor bound to atropine and nanobody NbA12
著者: Zhang, X. / Gao, K. / Liu, X.

履歴

登録	2025年4月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月29日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月29日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月29日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月29日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月29日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9uaz.cif.gz	82.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9uaz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9uaz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9uaz_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9uaz_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9uaz_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	9uaz_validation.cif.gz	32.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/9uaz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/9uaz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	63998MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

B: M1 muscarinic acetylcholine receptor, de novo design protein

ヘテロ分子

55 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	M1 muscarinic acetylcholine receptor, de novo design protein 分子量: 54691.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: 化合物	ChemComp-A1EBT / [(1R,5S)-8-methyl-8-azabicyclo[3.2.1]octan-3-yl] (2S)-3-oxidanyl-2-phenyl-propanoate / Atropine sulfate 分子量: 289.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₃NO₃
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Cryo-EM structure of the M1 muscarinic acetylcholine receptor bound to atropine and nanobody NbA12 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1100 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC		粒子像選択
2	PHENIX	1.20.1_4487	モデル精密化
10	cryoSPARC		初期オイラー角割当
13	cryoSPARC		３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING ONLY

3次元再構成

解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 254687 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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