[日本語] English
万見
- PDB-9u02: Medin fibril generated from the heterotypic interaction of Abeta4... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9u02
タイトルMedin fibril generated from the heterotypic interaction of Abeta40 and Medin.
要素Lactadherin
キーワードPROTEIN FIBRIL / Medin / Amyloid / Aggregation / MFGE8 / Neurodegeneration
機能・相同性
機能・相同性情報


acrosomal membrane / apoptotic cell clearance / phosphatidylserine binding / single fertilization / Post-translational protein phosphorylation / integrin binding / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / extracellular vesicle / extracellular matrix / angiogenesis ...acrosomal membrane / apoptotic cell clearance / phosphatidylserine binding / single fertilization / Post-translational protein phosphorylation / integrin binding / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / extracellular vesicle / extracellular matrix / angiogenesis / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / external side of plasma membrane / : / extracellular exosome / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. ...: / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Pradhan, B. / Kumar, S.T. / Wagner, J. / Gallardo, R. / Zorzini, V. / Orlando, G. / Vleeschouwer, M.D. / Madine, J. / Louros, N. / Neher, J. ...Pradhan, B. / Kumar, S.T. / Wagner, J. / Gallardo, R. / Zorzini, V. / Orlando, G. / Vleeschouwer, M.D. / Madine, J. / Louros, N. / Neher, J. / Schymkowitz, J. / Rousseau, F.
資金援助 ベルギー, 米国, 3件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)G0C3522N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)12AWB24N ベルギー
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)R01AG079234 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Medin drives Abeta40 to adopt Abeta42-like fibril polymorphs in vitro
著者: Pradhan, B. / Kumar, S.T. / Wagner, J. / Gallardo, R. / Zorzini, V. / Orlando, G. / Vleeschouwer, M.D. / Madine, J. / Louros, N. / Neher, J. / Schymkowitz, J. / Rousseau, F.
履歴
登録2026年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lactadherin
B: Lactadherin
F: Lactadherin
G: Lactadherin
C: Lactadherin
H: Lactadherin
D: Lactadherin
I: Lactadherin
E: Lactadherin
J: Lactadherin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,34910
ポリマ－54,34910
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
Lactadherin / Breast epithelial antigen BA46 / HMFG / MFGM / Milk fat globule-EGF factor 8 / MFG-E8 / SED1


分子量: 5434.945 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: MFGE8 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q08431
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素名称: In vitro assembled Medin, resulting from the co-aggregation of recombinantly purified Amyloid Beta 40 peptide with synthetically produced Medin.
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 98 % / 凍結前の試料温度: 298 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.67 sec. / 電子線照射量: 1.313326186 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.7粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC4.7CTF補正
7Cootモデルフィッティング
12cryoSPARC4.7.1３次元再構成
13PHENIX1.21.2_5419モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -2.008 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.804 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47541 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築空間: REAL
精密化最高解像度: 2.7 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0033910
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4535280
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.229520
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.066550
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.002700

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る