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万見
- PDB-9swn: Cryo-EM structure of yeast telomerase holoenzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9swn
タイトルCryo-EM structure of yeast telomerase holoenzyme
要素
  • (Ribonucleases P/MRP protein subunit ...) x 3
  • TLC1 RNA
  • Telomerase reverse transcriptase
  • Telomere elongation protein EST1
  • Telomere replication protein EST3
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Telomerase / Telomerase RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear-transcribed mRNA catabolic process, RNase MRP-dependent / intronic box C/D snoRNA processing / G-quadruplex DNA formation / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / DNA/RNA helicase activity / telomerase catalytic core complex / ribonuclease P / telomerase activity / regulation of telomere maintenance via telomerase ...nuclear-transcribed mRNA catabolic process, RNase MRP-dependent / intronic box C/D snoRNA processing / G-quadruplex DNA formation / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / DNA/RNA helicase activity / telomerase catalytic core complex / ribonuclease P / telomerase activity / regulation of telomere maintenance via telomerase / rRNA primary transcript binding / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / telomerase holoenzyme complex / telomerase RNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / tRNA processing / maturation of 5.8S rRNA / telomeric repeat DNA binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / telomere maintenance via telomerase / telomere maintenance / RNA-directed DNA polymerase / rRNA processing / single-stranded DNA binding / chromosome, telomeric region / viral translational frameshifting / GTPase activity / nucleolus / RNA binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease P/MRP subunit Pop7, fungi / Telomerase activating protein Est1-like, N-terminal / Telomerase activating protein Est1 / DNA/RNA-binding domain, Est1-type / Est1/Ebs1-like / Est1 DNA/RNA binding domain / Pop1, N-terminal / POPLD domain / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop1 / : ...Ribonuclease P/MRP subunit Pop7, fungi / Telomerase activating protein Est1-like, N-terminal / Telomerase activating protein Est1 / DNA/RNA-binding domain, Est1-type / Est1/Ebs1-like / Est1 DNA/RNA binding domain / Pop1, N-terminal / POPLD domain / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop1 / : / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1, N-terminal / POPLD (NUC188) domain / POP1 C-terminal domain / Ribonucleases P/MRP protein subunit Rpp20/Pop7 / Rpp20 subunit of nuclear RNase MRP and P / Shelterin complex subunit TPP1/Est3 / Shelterin complex subunit, TPP1/ACD / DNA/RNA-binding protein Alba-like / Alba / Alba-like domain superfamily / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Telomerase reverse transcriptase / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA-binding domain / Telomerase ribonucleoprotein complex - RNA binding domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Telomere elongation protein EST1 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 / Telomere replication protein EST3 / Telomerase reverse transcriptase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Hu, H. / Franco-Echevarria, E. / Nguyen, T.H.D.
資金援助 英国, European Union, 2件
組織認可番号国
UK Research and Innovation (UKRI)MC_UP_1201/19 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)European Union
引用ジャーナル: Science / 年: 2026
タイトル: Cryo-electron microscopy structure of the budding yeast telomerase holoenzyme.
著者: Hongmiao Hu / Hannah Neumann / Gabriela M Teplitz / Elsa Franco-Echevarría / Pascal Chartrand / Raymund J Wellinger / Thi Hoang Duong Nguyen /
要旨: Telomerase is a reverse transcriptase that synthesizes telomeric repeats at chromosome ends, safeguarding genome integrity. We present the cryo-electron microscopy structure of the budding yeast ...Telomerase is a reverse transcriptase that synthesizes telomeric repeats at chromosome ends, safeguarding genome integrity. We present the cryo-electron microscopy structure of the budding yeast telomerase, which exhibits substantial divergence from its ciliate and vertebrate counterparts. The structure reveals a stable core formed by telomerase RNA TLC1; the three ever shorter telomere (Est) proteins, Est1, Est2 and Est3; and the Pop1/Pop6/Pop7 complex (Pop1/6/7). TLC1, Est3, and Pop1/6/7 serve critical roles in complex assembly. We identified a zinc finger (ZnF) motif in the telomerase reverse transcriptase (TERT) subunit Est2 that is crucial for telomerase function. Structure prediction suggests the presence of ZnFs in TERT from diverse species. These findings offer insights into the functional organization of yeast telomerase and underscore the evolutionary diversity of telomerase holoenzymes.
履歴
登録2025年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Telomere replication protein EST3
E: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6
G: Telomere elongation protein EST1
F: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7
D: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1
B: TLC1 RNA
A: Telomerase reverse transcriptase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)710,30710
ポリマ－710,1527
非ポリマー1553
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 CGA

#1: タンパク質 Telomere replication protein EST3 / Ever shorter telomeres protein 3


分子量: 20577.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: EST3, YIL009C-A / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03096
#3: タンパク質 Telomere elongation protein EST1 / Ever shorter telomeres protein 1


分子量: 81920.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: EST1, YLR233C, L8083.15 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P17214
#7: タンパク質 Telomerase reverse transcriptase / Telomerase catalytic subunit


分子量: 102768.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: EST2, YLR318W, L8543.12 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06163, RNA-directed DNA polymerase

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Ribonucleases P/MRP protein subunit ... , 3種, 3分子 EFD

#2: タンパク質 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 / RNA-processing protein POP6 / RNases P/MRP 18.2 kDa subunit


分子量: 18234.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53218, ribonuclease P
#4: タンパク質 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 / RNA-processing protein POP7 / RNases P/MRP 15.8 kDa subunit


分子量: 15844.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38291, ribonuclease P
#5: タンパク質 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 / RNA-processing protein POP1 / RNases P/MRP 100.4 kDa subunit


分子量: 100559.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P41812, ribonuclease P

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 B

#6: RNA鎖 TLC1 RNA


分子量: 370246.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: U14595.1

-
非ポリマー , 3種, 5分子

#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1Yeast telomerase holoenzymeCOMPLEX#1-#70MULTIPLE SOURCES
2Yeast telomerase holoenzymeCOMPLEX#1-#71NATURALYeast telomerase holoenzyme consists of protein components: Est2, Est1, Est3, Pop1-6-7, Sm proteins,Ku70/80, and a RNA component TLC1
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
22NO
31NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
詳細: 150 mM NaCl, 20 mM HEPES NaOH pH 8.0, 2 mM MgCl2, 1% glycerol, 0.05% IGEPAL CA-630, 1 mM DTT, 0.2 mM PMSF
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMSodium chlorideNaCl1
220 mMHEPESC8H18N2O4S1
32 mMMagnesium chlorideMgCl21
41 %glycerolC3H8O31
50.05 %Igepal CA-630(C2H4O)nC14H22O1
61 mMDithiothreitolC4H10O2S21
70.2 mMPhenylmethanesulfonyl fluorideC7H7FO2S1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: Blot Force: 10 Blot Time: 7.0 s Wait Time: 5 min

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最低温度: 78 K
撮影平均露光時間: 4.4 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 24936
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION5粒子像選択
2REFMAC5.8.0430モデル精密化
5cryoSPARC4.5CTF補正
10cryoSPARC4.5初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.5最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.5分類
13cryoSPARC4.5３次元再構成
画像処理詳細: Images were processed using RELION5.0 and cryoSPARC
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1876851
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 125104 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3→233.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / WRfactor Rwork: 0.329 / SU B: 14.45 / SU ML: 0.258 / Average fsc free: 0 / Average fsc overall: 0.8026 / Average fsc work: 0.8026 / ESU R: 0.292 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rwork0.3294 400326 -
all0.329 --
Rfree--0 %
obs--100 %
溶媒の処理溶媒モデル: NONE
原子変位パラメータBiso mean: 143.84 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0750.01227173
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0010.01622990
ELECTRON MICROSCOPYr_ext_dist_refined_b0.0270.134531
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.3631.82737547
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.6491.76153269
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg12.1586.743775
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg4.9995125
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_other_2_deg1.7825152
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg11.032103993
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_6_deg15.439101003
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0870.2034444
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0060.0227503
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0030.025957
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined0.2130.24307
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbd_other0.1760.218347
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined0.1810.212282
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbtor_other0.0650.211846
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2384
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0480.24
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined0.4010.22
ELECTRON MICROSCOPYr_paralell_plane_angle_deg9.46186
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it4.89113.51610279
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other4.89113.51610279
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it7.96524.37612833
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other7.96524.37812834
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it5.19115.94316894
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other5.1915.94316895
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it8.54728.94424714
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other8.54728.94524715
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_it14.963235.726136880
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_other14.963235.727136881
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc workWRfactor Rwork
3-3.0780.847295290.847295290.5350.847
3.078-3.1620.602289080.602289080.6390.602
3.162-3.2540.532281270.532281270.7030.532
3.254-3.3540.484272280.484272280.7440.484
3.354-3.4640.433264950.433264950.7760.433
3.464-3.5860.395255170.395255170.7940.395
3.586-3.7210.355246860.355246860.8210.355
3.721-3.8730.314237790.314237790.8650.314
3.873-4.0450.313227050.313227050.8840.313
4.045-4.2420.319217580.319217580.8950.319
4.242-4.4720.317206560.317206560.9090.317
4.472-4.7430.323196030.323196030.9130.323
4.743-5.070.308183880.308183880.9070.308
5.07-5.4760.299171090.299171090.8940.299
5.476-5.9990.306157450.306157450.8660.306
5.999-6.7060.319142730.319142730.850.319
6.706-7.7420.331125300.331125300.8410.331
7.742-9.480.32106200.32106200.8540.32
9.48-13.3950.26581880.26581880.9050.265
13.395-233.020.24644820.24644820.9730.246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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