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- PDB-9src: Cryo-EM structure of P. abyssi 70S ribosome in complex with hiber... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9src
タイトルCryo-EM structure of P. abyssi 70S ribosome in complex with hibernation factor HibA in PTC conformation
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 25
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 32
  • 50S ribosomal protein L7Ae
  • C2H2-type domain-containing protein
  • Dehydrogenase
  • Small ribosomal subunit protein eS32
  • Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation
  • rRNA 16S
  • rRNA 23S
  • rRNA 5S
キーワードRIBOSOME / 70S / Hibernation / Pyrococcus abyssi
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised conserved protein, 2xCBS, MJ1404 type / Ribosomal protein L14e / : / : / Ribosomal protein L14, KOW motif / Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Ribosomal protein aS21 / Ribosomal protein S27ae / Ribosomal protein L40e, archaeal ...Uncharacterised conserved protein, 2xCBS, MJ1404 type / Ribosomal protein L14e / : / : / Ribosomal protein L14, KOW motif / Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Ribosomal protein aS21 / Ribosomal protein S27ae / Ribosomal protein L40e, archaeal / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea / Ribosomal protein S3, archaeal / 30S ribosomal protein S3Ae / : / Ribosomal protein S7, archaeal / Ribosomal protein S19e, archaeal / Ribosomal protein S11, archaeal / Ribosomal protein S2, archaeal / Ribosomal protein S14, type Z, archaeal / Ribosomal protein S8e, archaeal / Ribosomal protein L15e, archaeal / Ribosomal protein L30, archaeal / Ribosomal protein L6P, archaea / Ribosomal protein L14P, archaeal / Ribosomal protein L21e, archaeal / Ribosomal protein L18e, archaea / Ribosomal protein L10e, archaea / Ribosomal protein L3, archaeal / Ribosomal protein L4, archaea / Ribosomal protein L5, archaeal / Ribosomal protein L32e, archaeal / : / : / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / : / Ribosomal protein L30e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / : / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L2, archaeal-type / metallochaperone-like domain / TRASH domain / zinc finger / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L30e signature 1. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / : / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / : / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / : / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L30/YlxQ
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation / C2H2-type domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS31 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS12 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation / C2H2-type domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS31 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein eL40 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL39 / CBS domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein eS6 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS15
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Madru, C.M. / Bourgeois, G.B. / Mechulam, Y.M. / Schmitt, E.S.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: A family of ribosome hibernation factors widespread in Archaea.
著者: Clément Madru / Gabrielle Bourgeois / Rémi Dulermo / Régine Capeyrou / Gwendoline Joncour / Karima Figuigui / Magalie Duchateau / Julia Chamot-Rooke / Claire Duboc / Stéphane l'Haridon / ...著者: Clément Madru / Gabrielle Bourgeois / Rémi Dulermo / Régine Capeyrou / Gwendoline Joncour / Karima Figuigui / Magalie Duchateau / Julia Chamot-Rooke / Claire Duboc / Stéphane l'Haridon / Logan Mc Teer / Marta Kwapisz / Béatrice Clouet-d'Orval / Marie Bouvier / Yves Mechulam / Guillaume Borrel / Emmanuelle Schmitt / Didier Flament /
要旨: Ribosome hibernation preserves translation machinery during stress, yet its mechanisms in Archaea remain poorly defined. Using cryo-EM analysis, we studied hibernation pathways in Pyrococcus abyssi ...Ribosome hibernation preserves translation machinery during stress, yet its mechanisms in Archaea remain poorly defined. Using cryo-EM analysis, we studied hibernation pathways in Pyrococcus abyssi stressed cells. We identified HibA, a previously unrecognized family of hibernation factors widespread in Archaea. HibA consists of a bacterial-like HPF/RaiA domain fused to a Cystathionine Beta Synthase module. Unexpectedly, HibA binds to the ribosome in three different conformations, occupying the A, P and E sites of tRNAs, as well as that of mRNA, enhancing its ability to protect the ribosome from degradation. Idle ribosomes also frequently accumulate the archaeal homolog of eukaryotic ribosome maturation protein SBDS (aSBDS), suggesting that stressed archaeal cells may engage parallel hibernation routes in which aSBDS can complement HibA. Deletion of hibA in Thermococcus barophilus delays recovery from stationary phase and reduces 70S ribosome pools, establishing its role in ribosome preservation. Taxonomic profiling shows that many archaeal lineages encode distinct repertoires of ribosome-associated protection factors, underscoring the modular and multi-layered nature of archaeal hibernation systems. In addition, a comprehensive phylogenetic analysis highlights the evolutionary relationships between prevalent ribosome hibernation factors across Bacteria and Archaea.
履歴
登録2025年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月22日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月22日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月22日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月22日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月22日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月22日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: rRNA 23S
2: rRNA 16S
3: rRNA 5S
H: Dehydrogenase
AA: 30S ribosomal protein S3Ae
AB: 30S ribosomal protein S2
AC: Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S4e
AF: 30S ribosomal protein S5
AG: 30S ribosomal protein S6e
AH: 30S ribosomal protein S7
AI: 30S ribosomal protein S8
AJ: 30S ribosomal protein S8e
AK: 30S ribosomal protein S9
AL: 30S ribosomal protein S10
AM: 30S ribosomal protein S11
AN: 30S ribosomal protein S12
AP: 30S ribosomal protein S14 type Z
AQ: 30S ribosomal protein S15
AR: 30S ribosomal protein S17
AS: 30S ribosomal protein S17e
AU: 30S ribosomal protein S19e
AV: 30S ribosomal protein S24e
AW: 30S ribosomal protein S27e
AX: 30S ribosomal protein S28e
AY: 30S ribosomal protein S27ae
AZ: 30S ribosomal protein S3
A0: Small ribosomal subunit protein eS32
A3: 50S ribosomal protein L7Ae
AT: 30S ribosomal protein S19
AO: 30S ribosomal protein S13
BB: Large ribosomal subunit protein uL2
BY: Large ribosomal subunit protein uL30
BO: Large ribosomal subunit protein uL18
BC: Large ribosomal subunit protein uL3
B5: Large ribosomal subunit protein eL14
BL: Large ribosomal subunit protein uL15
Bf: Large ribosomal subunit protein eL39
BU: Large ribosomal subunit protein uL24
Bb: Large ribosomal subunit protein eL32
Be: Large ribosomal subunit protein eL37
BE: Large ribosomal subunit protein uL5
Ba: Large ribosomal subunit protein eL31
BT: Large ribosomal subunit protein uL23
BW: Large ribosomal subunit protein uL29
Bi: Large ribosomal subunit protein eL43
BI: Large ribosomal subunit protein uL13
BR: Large ribosomal subunit protein eL21
BK: Large ribosomal subunit protein eL14
BQ: Large ribosomal subunit protein eL19
BV: Large ribosomal subunit protein eL24
Bj: Large ribosomal subunit protein eL42
BG: 50S ribosomal protein L7Ae
BD: Large ribosomal subunit protein uL4
BF: Large ribosomal subunit protein uL6
BZ: Large ribosomal subunit protein eL30
B6: 30S ribosomal protein S24e
BP: Large ribosomal subunit protein eL18
BM: Large ribosomal subunit protein eL15
BS: Large ribosomal subunit protein uL22
Bd: Large ribosomal subunit protein eL34
BN: Large ribosomal subunit protein uL16
Bg: Large ribosomal subunit protein eL40
Bc: Large ribosomal subunit protein eL33
BJ: Large ribosomal subunit protein uL14
Bl: Large ribosomal subunit protein eL20
B4: 50S ribosomal protein L7Ae
Bk: C2H2-type domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,541,081326
ポリマ－2,534,30069
非ポリマー6,781257
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 123

#1: RNA鎖 rRNA 23S


分子量: 984301.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
#2: RNA鎖 rRNA 16S


分子量: 492728.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
#3: RNA鎖 rRNA 5S


分子量: 41443.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)

-
タンパク質 , 4種, 6分子 HACA3BGB4Bk

#4: タンパク質 Dehydrogenase


分子量: 44583.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9UYR4
#7: タンパク質 Zn-ribbon RNA-binding protein involved in translation


分子量: 7163.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: G8ZFK7
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L7Ae / Ribosomal protein L8e


分子量: 13442.678 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: P62008
#65: タンパク質 C2H2-type domain-containing protein


分子量: 7795.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: G8ZKB7

+
30S ribosomal protein ... , 25種, 26分子 AAABADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAPAQARASAUAVB6AWAXAYAZATAO

#5: タンパク質 30S ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S1e


分子量: 22888.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V2K7
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 23026.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V191
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 21381.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: P61992
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S4e


分子量: 28246.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V1U8
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 26523.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V1V5
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S6e


分子量: 14029.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9UYS3
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 24662.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V109
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14772.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V1V0
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S8e


分子量: 14293.733 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9UZL4
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 15293.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V195
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11795.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V0V6
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 14772.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: P62010
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 16477.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: P61994
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 6644.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: P62012
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 18697.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V2K9
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 13364.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V1U5
#22: タンパク質 30S ribosomal protein S17e


分子量: 8059.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V0G0
#23: タンパク質 30S ribosomal protein S19e


分子量: 17422.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V0G8
#24: タンパク質 30S ribosomal protein S24e


分子量: 11798.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9UY20
#25: タンパク質 30S ribosomal protein S27e


分子量: 7186.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9UXZ3
#26: タンパク質 30S ribosomal protein S28e


分子量: 8102.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: P61029
#27: タンパク質 30S ribosomal protein S27ae


分子量: 5992.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: P61238
#28: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 23472.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V1U1
#31: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 15307.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V1T9
#32: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 16992.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V1A0

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 A0

#29: タンパク質・ペプチド Small ribosomal subunit protein eS32 / 50S ribosomal protein L41e / Large ribosomal subunit protein eL41


分子量: 5023.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U232

+
Large ribosomal subunit protein ... , 32種, 33分子 BBBYBOBCB5BKBLBfBUBbBeBEBaBTBWBiBIBRBQBVBjBDBFBZBPBMBSBdBNBg...

#33: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2 / 50S ribosomal protein L2


分子量: 26202.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V1T8
#34: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30 / 50S ribosomal protein L30


分子量: 17745.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V1V6
#35: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18 / 50S ribosomal protein L18


分子量: 23308.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V1V4
#36: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3 / 50S ribosomal protein L3


分子量: 40928.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V1T5
#37: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL14 / 50S ribosomal protein L14e


分子量: 8913.618 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9UZJ5
#38: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15 / 50S ribosomal protein L15


分子量: 16360.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V1V7
#39: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL39 / 50S ribosomal protein L39e


分子量: 6316.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9UYI8
#40: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24 / 50S ribosomal protein L24


分子量: 14420.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V1U7
#41: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL32 / 50S ribosomal protein L32e


分子量: 15660.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V1V2
#42: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL37 / 50S ribosomal protein L37e


分子量: 7321.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: P62004
#43: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5 / 50S ribosomal protein L5


分子量: 21549.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V1U9
#44: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL31 / 50S ribosomal protein L31e


分子量: 11052.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9UYI7
#45: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23 / 50S ribosomal protein L23


分子量: 9893.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V1T7
#46: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29 / 50S ribosomal protein L29


分子量: 8182.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V1U2
#47: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL43 / 50S ribosomal protein L37Ae / Ribosomal protein L43e


分子量: 9005.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V202
#48: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13 / 50S ribosomal protein L13


分子量: 16317.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V196
#49: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL21 / 50S ribosomal protein L21e


分子量: 11408.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9UZP1
#50: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL19 / 50S ribosomal protein L19e


分子量: 18240.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V1V3
#51: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL24 / 50S ribosomal protein L24e


分子量: 8135.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V0W3
#52: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL42 / 50S ribosomal protein L44e


分子量: 11274.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9UXZ2
#53: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4 / 50S ribosomal protein L4


分子量: 28758.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V1T6
#54: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6 / 50S ribosomal protein L6


分子量: 20736.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V1V1
#55: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL30 / 50S ribosomal protein L30e


分子量: 10751.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V112
#56: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL18 / 50S ribosomal protein L18e


分子量: 13839.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V197
#57: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL15 / 50S ribosomal protein L15e


分子量: 22657.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V0D2
#58: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22 / 50S ribosomal protein L22


分子量: 17834.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V1U0
#59: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL34 / 50S ribosomal protein L34e


分子量: 10935.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9UZJ7
#60: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16 / 50S ribosomal protein L10e


分子量: 20923.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9UYU9
#61: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL40 / 50S ribosomal protein L40e


分子量: 5900.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: P62006
#62: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL33 / 50S ribosomal protein L35Ae


分子量: 9755.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V1P2
#63: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14 / 50S ribosomal protein L14


分子量: 15318.956 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9V1U6
#64: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL20 / 50S ribosomal protein L18Ae / 50S ribosomal protein L20e / 50S ribosomal protein LX / LXA


分子量: 9364.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 参照: UniProt: Q9UYI5

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非ポリマー , 2種, 257分子

#66: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#67: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of P. abyssi 70S ribosome in complex with hibernation factor HibA in PTC conformation
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#65 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.21.2_5419モデル精密化
13PHENIX３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築Source name: Other / タイプ: other
精密化最高解像度: 2.1 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004183503
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.578270690
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d22.30399260
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03733410
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00516921

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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