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- PDB-9spf: CRYO-EM STRUCTURE OF HUMAN 80S RIBOSOME WITH A/P/E-SITE TRNA AND ... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 9spf
タイトルCRYO-EM STRUCTURE OF HUMAN 80S RIBOSOME WITH A/P/E-SITE TRNA AND MRNA CONTAINING N1-METHYLPSEUDOURIDINE
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 28
  • (60S ribosomal protein ...) x 32
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 9
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 2
  • 18S rRNA
  • 28S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • A-site-tRNA-Ile-AAT-9-1
  • E site tRNA
  • P-site tRNA-Arg-ACG
  • Receptor of activated protein C kinase 1
  • Ubiquitin
  • Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein
  • Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein
  • synthetic mRNA
キーワードRIBOSOME / CRYO-EM STRUCTURE / HUMAN / 80S / N1-METHYLPSEUDOURIDINE
機能・相同性
機能・相同性情報


embryonic brain development / translation at presynapse / exit from mitosis / optic nerve development / response to insecticide / eukaryotic 80S initiation complex / negative regulation of protein neddylation / regulation of translation involved in cellular response to UV / axial mesoderm development / negative regulation of formation of translation preinitiation complex ...embryonic brain development / translation at presynapse / exit from mitosis / optic nerve development / response to insecticide / eukaryotic 80S initiation complex / negative regulation of protein neddylation / regulation of translation involved in cellular response to UV / axial mesoderm development / negative regulation of formation of translation preinitiation complex / regulation of G1 to G0 transition / retinal ganglion cell axon guidance / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / positive regulation of base-excision repair / ribosomal protein import into nucleus / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of gastrulation / 90S preribosome assembly / protein tyrosine kinase inhibitor activity / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / nucleolus organization / IRE1-RACK1-PP2A complex / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / TNFR1-mediated ceramide production / alpha-beta T cell differentiation / negative regulation of DNA repair / negative regulation of RNA splicing / GAIT complex / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / TORC2 complex binding / G1 to G0 transition / supercoiled DNA binding / NF-kappaB complex / neural crest cell differentiation / oxidized purine DNA binding / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / middle ear morphogenesis / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / negative regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of establishment of cell polarity / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / rRNA modification in the nucleus and cytosol / negative regulation of phagocytosis / erythrocyte homeostasis / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / protein kinase A binding / laminin receptor activity / homeostatic process / ion channel inhibitor activity / Ribosomal scanning and start codon recognition / pigmentation / Translation initiation complex formation / positive regulation of mitochondrial depolarization / macrophage chemotaxis / lung morphogenesis / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / fibroblast growth factor binding / negative regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of natural killer cell proliferation / monocyte chemotaxis / TOR signaling / negative regulation of translational frameshifting / BH3 domain binding / positive regulation of activated T cell proliferation / Protein hydroxylation / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / iron-sulfur cluster binding / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of cell division / cellular response to ethanol / mTORC1-mediated signalling / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / cellular response to actinomycin D / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Eukaryotic Translation Termination / blastocyst development / positive regulation of GTPase activity / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / ubiquitin ligase inhibitor activity / Viral mRNA Translation / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / protein localization to nucleus / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression
類似検索 - 分子機能
40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L23 ...40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / metallochaperone-like domain / TRASH domain / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L10e, conserved site / : / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L10e / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein S30 / : / Ribosomal protein S30 / : / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein S17e, conserved site / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain
類似検索 - ドメイン・相同性
HYGROMYCIN B / : / 1,4-DIAMINOBUTANE / SPERMIDINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...HYGROMYCIN B / : / 1,4-DIAMINOBUTANE / SPERMIDINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL38 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein eL36
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Rajan, K.S. / Yonath, A.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
The Helen and Milton A. Kimmelman Center for Biomolecular Structure and Assembly イスラエル
引用ジャーナル: Nature / 年: 2026
タイトル: N-Methylpseudouridine directly modulates translation dynamics.
著者: Batsheva Rozman / Karin Broennimann / K Shanmugha Rajan / Aharon Nachshon / Chiranjeet Saha / Tamar Arazi / Vishnu Mohan / Tamar Geiger / Clayton J Wollner / Justin M Richner / Eric Westhof / ...著者: Batsheva Rozman / Karin Broennimann / K Shanmugha Rajan / Aharon Nachshon / Chiranjeet Saha / Tamar Arazi / Vishnu Mohan / Tamar Geiger / Clayton J Wollner / Justin M Richner / Eric Westhof / Ada Yonath / Anat Bashan / Noam Stern-Ginossar /
要旨: The considerable success of mRNA vaccines against SARS-CoV-2 has underscored the potential of synthetic mRNA as a transformative biomedical technology. A critical feature of this approach is the ...The considerable success of mRNA vaccines against SARS-CoV-2 has underscored the potential of synthetic mRNA as a transformative biomedical technology. A critical feature of this approach is the incorporation of the modified nucleoside N-methylpseudouridine (mΨ), which enhances antigen expression while reducing immunogenicity. However, a comprehensive understanding of how mΨ influences translation remains incomplete. Here we use ribosome profiling at the subcodon resolution to show that mΨ increases ribosome density on synthetic mRNAs, leading to higher protein production independent of innate immune activation or eIF2α phosphorylation. We find that mΨ directly slows ribosome movement in defined sequence contexts while simultaneously promoting translation initiation. Structural studies using cryo-electron microscopy reveal that mΨ alters interactions within the ribosomal decoding centre, providing a mechanistic basis for slowed elongation. Furthermore, by introducing synonymous recoding that disrupts the modification-mediated changes in elongation, we show that the mΨ-dependent enhancement of protein output is modulated by codon composition, and that mΨ impact is strongest in mRNAs containing non-optimal codons with uridines at the wobble position. Together, these findings demonstrate that mΨ directly modulates translation dynamics, thereby increasing protein yield from synthetic mRNAs in specific sequence contexts.
履歴
登録2025年9月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
At: A-site-tRNA-Ile-AAT-9-1
Et: E site tRNA
L5: 28S rRNA
L7: 5S rRNA
L8: 5.8S rRNA
LB: Large ribosomal subunit protein uL3
LC: 60S ribosomal protein L4
LD: 60S ribosomal protein L5
LE: Large ribosomal subunit protein eL6
LF: Large ribosomal subunit protein uL30
LG: 60S ribosomal protein L7a
LH: 60S ribosomal protein L9
LI: 60S ribosomal protein L10
LJ: 60S ribosomal protein L11
LL: Large ribosomal subunit protein eL13
LM: 60S ribosomal protein L14
LN: 60S ribosomal protein L15
LO: 60S ribosomal protein L13a
LP: 60S ribosomal protein L17
LQ: 60S ribosomal protein L18
LR: 60S ribosomal protein L19
LS: 60S ribosomal protein L18a
LT: 60S ribosomal protein L21
LU: 60S ribosomal protein L22
LV: 60S ribosomal protein L23
LW: 60S ribosomal protein L24
LX: 60S ribosomal protein L23a
LY: 60S ribosomal protein L26
LZ: 60S ribosomal protein L27
La: Large ribosomal subunit protein uL15
Lb: Large ribosomal subunit protein eL29
Lc: 60S ribosomal protein L30
Ld: 60S ribosomal protein L31
Le: 60S ribosomal protein L32
Lf: 60S ribosomal protein L35a
Lg: 60S ribosomal protein L34
Lh: 60S ribosomal protein L35
Li: 60S ribosomal protein L36
Lk: 60S ribosomal protein L38
Ll: 60S ribosomal protein L39
Lm: Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein
Ln: 60S ribosomal protein L41
Lo: Large ribosomal subunit protein eL42
Lp: 60S ribosomal protein L37a
Lr: 60S ribosomal protein L28
Mr: synthetic mRNA
Pt: P-site tRNA-Arg-ACG
S2: 18S rRNA
SB: 40S ribosomal protein S3a
SC: 40S ribosomal protein S2
SD: 40S ribosomal protein S3
SE: Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform
SF: 40S ribosomal protein S5
SG: 40S ribosomal protein S6
SH: 40S ribosomal protein S7
SI: 40S ribosomal protein S8
SJ: 40S ribosomal protein S9
SK: 40S ribosomal protein S10
SL: 40S ribosomal protein S11
SM: 40S ribosomal protein S12
SN: 40S ribosomal protein S13
SO: 40S ribosomal protein S14
SP: 40S ribosomal protein S15
SQ: 40S ribosomal protein S16
SR: 40S ribosomal protein S17
SS: 40S ribosomal protein S18
ST: 40S ribosomal protein S19
SU: 40S ribosomal protein S20
SV: 40S ribosomal protein S21
SW: 40S ribosomal protein S15a
SY: 40S ribosomal protein S24
SZ: 40S ribosomal protein S25
Sa: 40S ribosomal protein S26
Sb: 40S ribosomal protein S27
Sc: 40S ribosomal protein S28
Sd: 40S ribosomal protein S29
Se: Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein
Sf: Ubiquitin
Sg: Receptor of activated protein C kinase 1
LA: Large ribosomal subunit protein uL2
SA: Small ribosomal subunit protein uS2
SX: 40S ribosomal protein S23
Lj: Large ribosomal subunit protein eL37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,881,377530
ポリマ－3,864,66183
非ポリマー16,715447
水9,314517
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 8種, 8分子 AtEtL5L7L8MrPtS2

#1: RNA鎖 A-site-tRNA-Ile-AAT-9-1


分子量: 24794.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: RNA鎖 E site tRNA


分子量: 24231.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 174924
#3: RNA鎖 28S rRNA


分子量: 1640856.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#4: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 23898
#5: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50171.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#46: RNA鎖 synthetic mRNA


分子量: 2185.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#47: RNA鎖 P-site tRNA-Arg-ACG


分子量: 24579.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#48: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 603566.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

-
Large ribosomal subunit protein ... , 9種, 9分子 LBLELFLLLaLbLoLALj

#6: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3 / 60S ribosomal protein L3 / HIV-1 TAR RNA-binding protein B / TARBP-B


分子量: 46224.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P39023
#9: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL6 / 60S ribosomal protein L6 / Neoplasm-related protein C140 / Tax-responsive enhancer element-binding ...60S ribosomal protein L6 / Neoplasm-related protein C140 / Tax-responsive enhancer element-binding protein 107 / TaxREB107


分子量: 32810.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02878
#10: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30 / 60S ribosomal protein L7


分子量: 29290.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18124
#15: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL13 / 60S ribosomal protein L13 / Breast basic conserved protein 1


分子量: 24321.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P26373
#30: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 16619.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46776
#31: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL29 / 60S ribosomal protein L29 / Cell surface heparin-binding protein HIP


分子量: 17817.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P47914
#43: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL42 / 60S ribosomal protein L36a / 60S ribosomal protein L44 / Cell growth-inhibiting gene 15 protein / ...60S ribosomal protein L36a / 60S ribosomal protein L44 / Cell growth-inhibiting gene 15 protein / Cell migration-inducing gene 6 protein


分子量: 12489.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P83881
#80: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2 / 60S ribosomal protein L8


分子量: 28103.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62917
#83: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL37 / 60S ribosomal protein L37 / G1.16


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61927

+
60S ribosomal protein ... , 32種, 32分子 LCLDLGLHLILJLMLNLOLPLQLRLSLTLULVLWLXLYLZLcLdLeLfLgLhLiLkLlLnLpLr

#7: タンパク質 60S ribosomal protein L4 / 60S ribosomal protein L1 / Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 47804.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36578
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 34426.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46777
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L7a / Large ribosomal subunit protein eL8 / PLA-X polypeptide / Surfeit locus protein 3


分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62424
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L9 / Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 21899.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32969
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / Laminin receptor homolog / Large ribosomal subunit protein uL16 / Protein QM / Ribosomal protein ...Laminin receptor homolog / Large ribosomal subunit protein uL16 / Protein QM / Ribosomal protein L10 / Tumor suppressor QM


分子量: 24630.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P27635
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L11 / CLL-associated antigen KW-12 / Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62913
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L14 / CAG-ISL 7 / Large ribosomal subunit protein eL14


分子量: 23485.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P50914
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein eL15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61313
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L13a / 23 kDa highly basic protein / Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 23633.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P40429
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L17 / 60S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein uL22 / PD-1


分子量: 21443.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18621
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein eL18


分子量: 21687.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q07020
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein eL19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P84098
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L18a / Large ribosomal subunit protein eL20


分子量: 20808.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02543
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L21 / Large ribosomal subunit protein eL21


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46778
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L22 / EBER-associated protein / EAP / Epstein-Barr virus small RNA-associated protein / Heparin-binding ...EBER-associated protein / EAP / Epstein-Barr virus small RNA-associated protein / Heparin-binding protein HBp15 / Large ribosomal subunit protein eL22


分子量: 14813.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35268
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L17 / Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62829
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L24 / 60S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein eL24


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P83731
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L23a / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62750
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L26 / Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61254
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L27 / Large ribosomal subunit protein eL27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61353
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein eL30


分子量: 12805.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62888
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L31 / Large ribosomal subunit protein eL31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62899
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62910
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L35a / Cell growth-inhibiting gene 33 protein / Large ribosomal subunit protein eL33


分子量: 12564.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18077
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L34 / Large ribosomal subunit protein eL34


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49207
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L35 / Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 14593.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42766
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L36 / Large ribosomal subunit protein eL36


分子量: 12290.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3U8
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L38 / Large ribosomal subunit protein eL38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63173
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L39 / Large ribosomal subunit protein eL39


分子量: 6426.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62891
#42: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41 / HG12 / Large ribosomal subunit protein eL41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62945
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L37a / Large ribosomal subunit protein eL43


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61513
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / Large ribosomal subunit protein eL28


分子量: 15784.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46779

-
タンパク質 , 4種, 4分子 LmSeSfSg

#41: タンパク質 Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / CEP52 / Ubiquitin A-52 residue ribosomal protein fusion product 1


分子量: 14800.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62987
#77: タンパク質 Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / FAU ubiquitin like and ribosomal protein S30 fusion


分子量: 14415.724 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62861
#78: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62979
#79: タンパク質 Receptor of activated protein C kinase 1 / Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2- ...Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein 12.3 / Human lung cancer oncogene 7 protein / HLC-7 / Receptor for activated C kinase / Small ribosomal subunit protein RACK1


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63244

+
40S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 SBSCSDSFSGSHSISJSKSLSMSNSOSPSQSRSSSTSUSVSWSYSZSaSbScSdSX

#49: タンパク質 40S ribosomal protein S3a / Small ribosomal subunit protein eS1 / v-fos transformation effector protein / Fte-1


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61247
#50: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / 40S ribosomal protein S4 / Protein LLRep3 / Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 31376.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15880
#51: タンパク質 40S ribosomal protein S3 / Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 26729.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P23396, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#53: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46782
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S6 / Phosphoprotein NP33 / Small ribosomal subunit protein eS6


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62753
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein eS7


分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62081
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein eS8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62241
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S9 / Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46781
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S10 / Small ribosomal subunit protein eS10


分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46783
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S11 / Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62280
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS12


分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25398
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62277
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S14 / Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62263
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S15 / RIG protein / Small ribosomal subunit protein uS19


分子量: 17076.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62841
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S16 / Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62249
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein eS17


分子量: 15578.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08708
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S18 / Ke-3 / Ke3 / Small ribosomal subunit protein uS13


分子量: 17759.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62269
#67: タンパク質 40S ribosomal protein S19 / Small ribosomal subunit protein eS19


分子量: 16091.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P39019
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60866
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S21 / Small ribosomal subunit protein eS21


分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63220
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S15a / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62244
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S24 / Small ribosomal subunit protein eS24


分子量: 15463.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62847
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S25 / Small ribosomal subunit protein eS25


分子量: 13776.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62851
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S26 / Small ribosomal subunit protein eS26


分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62854
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S27 / Metallopan-stimulin 1 / MPS-1 / Small ribosomal subunit protein eS27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42677
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S28 / Small ribosomal subunit protein eS28


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62857
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S29 / Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62273
#82: タンパク質 40S ribosomal protein S23


分子量: 15860.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A4W2DI10

-
Small ribosomal subunit protein ... , 2種, 2分子 SESA

#52: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / 40S ribosomal protein S4 / SCR10 / Single copy abundant mRNA protein


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62701
#81: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2 / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 40S ribosomal ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 40S ribosomal protein SA / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Colon carcinoma laminin-binding protein / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40 / Multidrug resistance-associated protein MGr1-Ag / NEM/1CHD4


分子量: 32778.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08865

-
非ポリマー , 8種, 964分子

#84: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#85: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#86: 化合物...
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#87: 化合物
ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#88: 化合物
ChemComp-PUT / 1,4-DIAMINOBUTANE / PUTRESCINE / プトレシン


分子量: 88.151 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12N2
#89: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#90: 化合物 ChemComp-HYG / HYGROMYCIN B / HYGROMIX / ANTIHELMYCIN / HYDROMYCIN B / DESTOMYSIN / ANTIBIOTIC A-396-II


分子量: 527.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H37N3O13 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#91: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CRYO-EM STRUCTURE OF HUMAN 80S RIBOSOME WITH A/P/E-SITE TRNA AND MRNA CONTAINING N1-METHYLPSEUDOURIDINE
タイプ: RIBOSOME
詳細: CRYO-EM STRUCTURE OF HUMAN 80S RIBOSOME WITH A/P/E-SITE TRNA AND MRNA CONTAINING N1-METHYLPSEUDOURIDINE
Entity ID: #1-#83 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 1.077 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION粒子像選択
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 121901 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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