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- PDB-9shs: Head to Head tau filament with the Alzheimer's fold -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9shs
タイトルHead to Head tau filament with the Alzheimer's fold
要素Isoform Tau-D of Microtubule-associated protein tau
キーワードPROTEIN FIBRIL / TAU / HELICAL / FILAMENT / FIBRIL / AMYLOID / ALZHEIMER'S DISEASE / PAIRED HELICAL FILAMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / phosphatidylinositol bisphosphate binding / generation of neurons ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / phosphatidylinositol bisphosphate binding / generation of neurons / rRNA metabolic process / axonal transport of mitochondrion / regulation of mitochondrial fission / axon development / regulation of microtubule-based movement / regulation of chromosome organization / intracellular distribution of mitochondria / central nervous system neuron development / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / lipoprotein particle binding / microtubule polymerization / negative regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of microtubule polymerization / dynactin binding / apolipoprotein binding / protein polymerization / main axon / axolemma / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of mitochondrial fission / glial cell projection / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of axon extension / positive regulation of microtubule polymerization / regulation of cellular response to heat / Activation of AMPK downstream of NMDARs / positive regulation of protein localization / positive regulation of superoxide anion generation / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / regulation of long-term synaptic depression / supramolecular fiber organization / cytoplasmic microtubule organization / regulation of calcium-mediated signaling / somatodendritic compartment / axon cytoplasm / synapse assembly / astrocyte activation / phosphatidylinositol binding / nuclear periphery / enzyme inhibitor activity / protein phosphatase 2A binding / stress granule assembly / regulation of microtubule cytoskeleton organization / regulation of autophagy / cellular response to reactive oxygen species / microglial cell activation / cellular response to nerve growth factor stimulus / Hsp90 protein binding / protein homooligomerization / SH3 domain binding / PKR-mediated signaling / regulation of synaptic plasticity / synapse organization / response to lead ion / microtubule cytoskeleton organization / memory / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron projection development / cell-cell signaling / single-stranded DNA binding / cellular response to heat / growth cone / protein-folding chaperone binding / microtubule cytoskeleton / actin binding / cell body / double-stranded DNA binding / microtubule binding / sequence-specific DNA binding / amyloid fibril formation / dendritic spine / microtubule / protein-macromolecule adaptor activity / learning or memory / neuron projection / membrane raft / negative regulation of gene expression / axon / neuronal cell body / DNA damage response / dendrite / protein kinase binding / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated protein tau
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Scheres, S.H.W. / Goedert, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Seeding biosensor cell line that reproduces the Alzheimer tau fold.
著者: Taxiarchis Katsinelos / Sofia Lövestam / Chao Qi / Benjamin Ryskeldi-Falcon / Jennifer A Macdonald / Gabriel Stephenson / Bernardino Ghetti / Ann McKee / Sjors H W Scheres / Michel Goedert /
要旨: The assembly of tau protein into amyloid filaments through templated seeding is believed to underlie the propagation of pathology in neurodegenerative diseases, such as Alzheimer's disease (AD) and ...The assembly of tau protein into amyloid filaments through templated seeding is believed to underlie the propagation of pathology in neurodegenerative diseases, such as Alzheimer's disease (AD) and other tauopathies. A commonly used model system for studying this process is through the induction of tau filament formation in cultured cells following the addition of tau seeds isolated from the human brain. However, little is known about the structures of seeded filaments; some biosensor cell lines are unable to reproduce the tau filament structures from AD, because they overexpress tau fragments that do not cover the whole of the ordered filament core. Here, we describe a novel tau seeding biosensor model in human embryonic kidney 293T cells that overexpress residues K297-E391 of human 4R tau. The construct contains an N-terminal hemagglutinin tag, which allows the specific detection of the amplified template. The biosensor cells detected filaments seeded by material from sporadic three-repeat (3R) + four-repeat (4R) tauopathies, with little activity by seeds from 3R-only or 4R-only tauopathies. The sensitivity of seed detection from 3R + 4R tauopathies in our system was similar to or higher than for previously reported biosensors. We also structurally characterized the AD-seeded tau filaments by cryo-EM. Most of the cell-derived filaments consisted of two protofilaments with the Alzheimer's fold but with a "head-to-head" interprotofilament packing. Our results establish a sensitive biosensor cell line with specificity toward seeds from 3R + 4R tauopathies.
履歴
登録2025年8月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月1日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年12月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年12月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin / Item: _citation.journal_volume / _em_admin.last_update
改定 1.12025年12月24日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _citation.journal_volume / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform Tau-D of Microtubule-associated protein tau
C: Isoform Tau-D of Microtubule-associated protein tau
E: Isoform Tau-D of Microtubule-associated protein tau
G: Isoform Tau-D of Microtubule-associated protein tau
B: Isoform Tau-D of Microtubule-associated protein tau
D: Isoform Tau-D of Microtubule-associated protein tau


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4496
ポリマ－49,4496
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27860 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area25200 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Isoform Tau-D of Microtubule-associated protein tau / Neurofibrillary tangle protein / Paired helical filament-tau / PHF-tau


分子量: 8241.465 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPT, MAPTL, MTBT1, TAU / Cell (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10636
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Tau filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293T
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 1.2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION粒子像選択
13RELION5３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -0.93 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.83 Å / らせん対称軸の対称性: C2
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 22000 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築B value: 72.8 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: FOURIER SHELL CORRELATION
詳細: FOURIER-SPACE REFINEMENT OF THE COMPLETE ATOMIC MODEL AGAINST THE NARROW PICK FILAMENT MAP WAS PERFORMED IN REFMAC. A STACK OF THREE CONSECUTIVE MONOMERS WAS REFINED TO PRESERVE NEAREST- ...詳細: FOURIER-SPACE REFINEMENT OF THE COMPLETE ATOMIC MODEL AGAINST THE NARROW PICK FILAMENT MAP WAS PERFORMED IN REFMAC. A STACK OF THREE CONSECUTIVE MONOMERS WAS REFINED TO PRESERVE NEAREST-NEIGHBOUR INTERACTIONS FOR THE MIDDLE CHAIN.
精密化最高解像度: 3.4 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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