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- PDB-9sec: mechanosensitive channel MscS from Francisella tularensis in DDM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9sec
タイトルmechanosensitive channel MscS from Francisella tularensis in DDM
要素Small-conductance mechanosensitive channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN / mechanosensitive channel / lipid interaction / bacteria
機能・相同性
機能・相同性情報


mechanosensitive monoatomic ion channel activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Conserved TM helix / Mechanosensitive ion channel, conserved TM helix / Mechanosensitive ion channel MscS, archaea/bacteria type / Mechanosensitive ion channel MscS, transmembrane-2 / Mechanosensitive ion channel MscS / Mechanosensitive ion channel, beta-domain / Mechanosensitive ion channel MscS, beta-domain superfamily / LSM domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRADECANE / DECANE / DODECANE / N-OCTANE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Small-conductance mechanosensitive channel
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Rasmussen, A. / Hemmelmann, N. / Hove, T.T. / Flegler, V.J. / Rasmussen, T. / Bottcher, B.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)538122946 ドイツ
German Research Foundation (DFG)359471283 ドイツ
German Research Foundation (DFG)525040890 ドイツ
German Research Foundation (DFG)456578072 ドイツ
引用ジャーナル: to be published
タイトル: An asymmetric gate in the homoheptameric mechanosensitive channel MscS from Francisella tularensis
著者: Rasmussen, A. / Hemmelmann, N. / Bahner, J. / Hove, T.T. / Flegler, V.J. / Kraft, C. / Hedrich, R. / Rasmussen, T. / Bottcher, B.
履歴
登録2025年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small-conductance mechanosensitive channel
B: Small-conductance mechanosensitive channel
C: Small-conductance mechanosensitive channel
D: Small-conductance mechanosensitive channel
E: Small-conductance mechanosensitive channel
F: Small-conductance mechanosensitive channel
G: Small-conductance mechanosensitive channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,96277
ポリマ－130,6127
非ポリマー15,35070
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 1種, 7分子 ABCDEFG

#1: タンパク質
Small-conductance mechanosensitive channel


分子量: 18658.873 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal His6-tag
由来: (組換発現) Francisella tularensis (バクテリア)
遺伝子: FWI86_02060, FWJ04_01320 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B3VCY4

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非ポリマー , 5種, 70分子

#2: 化合物
ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#3: 化合物
ChemComp-OCT / N-OCTANE


分子量: 114.229 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物...
ChemComp-C14 / TETRADECANE


分子量: 198.388 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-D10 / DECANE


分子量: 142.282 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-D12 / DODECANE


分子量: 170.335 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: homoheptameric complex of detergent solubilised MscS
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.13 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Francisella tularensis (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHEPESC8H18N2O4S1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
30.15 %DDMC24H46O111
45 mMEDTAC10H16N2O81
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3.63 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10734
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 5 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.7粒子像選択
2EPU3.7.0画像取得
4cryoSPARC4.7CTF補正
7Coot0.9.8.93モデルフィッティング
9cryoSPARC4.7初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.7最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.7３次元再構成
13PHENIX1.20.1_4487モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1995814
対称性点対称性: C7 (7回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1457286 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 60 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6RLD

6rld


Accession code: 6RLD / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 2.4 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0049359
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.47912355
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.0861869
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411470
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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