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- PDB-9s8d: Cryo-EM structure of Rat NHE6 in detergent -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9s8d
タイトルCryo-EM structure of Rat NHE6 in detergent
要素Sodium/hydrogen exchanger 6
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Na+/H+ exchanger / Nhe6
機能・相同性: / Chem-LPP
機能・相同性情報
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Yeo, H. / Jung, S. / Reichenbach, T. / Kokane, S. / Gulati, A. / Drew, D.
資金援助European Union, スウェーデン, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of NHE6 and its lipid-mediated interactions regulating endosomal pH
著者: Jung, S. / Yeo, H. / Reichenbach, T. / Kokane, S. / Gulati, A. / Albano, G. / Kirschbaum, C. / Manh Ho, T. / Li, H. / Landreh, M. / Abramsson, M. / Robinson, C. / Fuster, D. / Drew, D.
履歴
登録2025年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月29日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月29日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月29日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月29日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月29日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月29日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月29日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月29日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Sodium/hydrogen exchanger 6
A: Sodium/hydrogen exchanger 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,8798
ポリマ－157,7532
非ポリマー3,1266
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細 (eV)
d_1ens_1chain "B"
d_2ens_1chain "A"

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11SERSERTYRTYRBA72 - 61172 - 611
d_12LPPLPPLPPLPPBC801
d_13A1JMMA1JMMA1JMMA1JMMBD802
d_21SERSERTYRTYRAB72 - 61172 - 611
d_22LPPLPPLPPLPPAF801
d_23A1JMMA1JMMA1JMMA1JMMAG802

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999999998917, 3.96131759921E-5, 2.44432287057E-5), (-3.95902260687E-5, -0.999999559112, 0.000938194440607), (2.44803827904E-5, 0.000938193471878, 0.999999559597) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999999998917, 3.96131759921E-5, 2.44432287057E-5), (-3.95902260687E-5, -0.999999559112, 0.000938194440607), (2.44803827904E-5, 0.000938193471878, 0.999999559597)
ベクター: 248.829553616, 248.720849597, -0.0961261584393)

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要素

#1: タンパク質 Sodium/hydrogen exchanger 6


分子量: 78876.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Slc9a6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-LPP / 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE / 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / L-B,G-DIPALMITOYL-A-PHOSPHATIDIC ACID DISODIUM SALT / 3-SN-PHOSPHATIDIC ACID / 1,2-DIPALMITOYLDISODIUM SALT


分子量: 648.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H69O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物 ChemComp-A1JMM / [(2~{S})-2-hexadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1~{S},2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-2,3,4,6-tetrakis(oxidanyl)-5-phosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] hexadecanoate


分子量: 891.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H80O16P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Dimeric Rat NHE6 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm
撮影電子線照射量: 56.87 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 256599 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 96.6 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00277832
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.481910616
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03151230
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00461282
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.05941128
Refine LS restraints NCSタイプ: NCS constraints / Rms dev position: 1.56844412604E-12 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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