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万見
- PDB-9s5n: Cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9s5n
タイトルCryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae KMN junction complex containing the Mis12c(Mtw1c) head 2 domain
要素
  • (Kinetochore protein ...) x 2
  • (Kinetochore-associated protein ...) x 4
  • (Outer kinetochore KNL1 complex subunit ...) x 2
キーワードCELL CYCLE / Kinetochore / chromosome segregation / mitosis
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of meiosis I spindle assembly checkpoint / Knl1/Spc105 complex / positive regulation of meiosis I spindle assembly checkpoint / homologous chromosome orientation in meiotic metaphase I / centromere clustering / MIS12/MIND type complex / Ndc80 complex / mitotic sister chromatid biorientation / spindle attachment to meiosis I kinetochore / sister chromatid biorientation ...regulation of meiosis I spindle assembly checkpoint / Knl1/Spc105 complex / positive regulation of meiosis I spindle assembly checkpoint / homologous chromosome orientation in meiotic metaphase I / centromere clustering / MIS12/MIND type complex / Ndc80 complex / mitotic sister chromatid biorientation / spindle attachment to meiosis I kinetochore / sister chromatid biorientation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / kinetochore assembly / outer kinetochore / protein localization to kinetochore / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / mitotic sister chromatid segregation / chromosome, centromeric region / Neutrophil degranulation / chromosome segregation / kinetochore / spindle pole / microtubule binding / cell division / mitochondrion / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Spindle pole body component Kre28 / Spindle pole body component Kre28 / Spc7 kinetochore protein domain / Spc105/Spc7 / Spc7 kinetochore protein / Spc7 kinetochore protein / Kinetochore-associated protein Nnf1 / Spc24, Fungi, globular domain superfamily / Knl1, C-terminal RWD domain / Knl1 RWD C-terminal domain ...Spindle pole body component Kre28 / Spindle pole body component Kre28 / Spc7 kinetochore protein domain / Spc105/Spc7 / Spc7 kinetochore protein / Spc7 kinetochore protein / Kinetochore-associated protein Nnf1 / Spc24, Fungi, globular domain superfamily / Knl1, C-terminal RWD domain / Knl1 RWD C-terminal domain / Kinetochore Mis14/Nsl1 / Kinetochore protein Mis14 like / Nuclear MIS12/MIND complex subunit PMF1/Nnf1 / Centromere protein Mis12 / Nnf1 / Mis12 protein / Kinetochore-associated protein Dsn1/Mis13 / Mis12-Mtw1 protein family / Kinetochore-Ndc80 subunit Spc24 / Spc24 subunit of Ndc80 / EF-Hand 1, calcium-binding site
類似検索 - ドメイン・相同性
Kinetochore-associated protein MTW1 / Kinetochore protein SPC25 / Kinetochore-associated protein DSN1 / Kinetochore-associated protein NNF1 / Outer kinetochore KNL1 complex subunit SPC105 / Outer kinetochore KNL1 complex subunit KRE28 / Kinetochore protein SPC24 / Kinetochore-associated protein NSL1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å
データ登録者Turner, N.N. / Barford, D.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Cancer Research UKC576/A25675 英国
Cancer Research UKC576/A14109 英国
UK Research and Innovation (UKRI)MC_UP_1201/6 英国
引用ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2026
タイトル: Assembly and phosphoregulatory mechanisms of the budding yeast outer kinetochore KMN complex.
著者: Noah N Turner / Ziguo Zhang / Jing Yang / Kyle W Muir / Stephen H McLaughlin / Tomos Morgan / David Barford /
要旨: During mitosis and meiosis, kinetochores mediate interactions between chromosomes and spindle microtubules. Kinetochores are multi-megadalton protein complexes essential for chromosome segregation; ...During mitosis and meiosis, kinetochores mediate interactions between chromosomes and spindle microtubules. Kinetochores are multi-megadalton protein complexes essential for chromosome segregation; however, recent structural, functional, and evolutionary studies have revealed divergent mechanisms of kinetochore assembly. Here, we use cryo-EM to understand the structural mechanisms by which the budding yeast microtubule-binding outer kinetochore KMN complex assembles, and how its interactions with the centromere-binding inner kinetochore are regulated. The KMN complex comprises three subcomplexes: Knl1c, Mis12cMtw1c, and Ndc80c. We show how C-terminal motifs of the Mis12cMtw1c subunits Dsn1, Mis12Mtw1, and Nnf1 bind Knl1c and Ndc80c. At the opposite end of the Mis12cMtw1c stalk, an N-terminal auto-inhibitory segment of Dsn1 (Dsn1AI) folds into two α-helices that engage the Mis12cMtw1c head 1 domain, thereby occluding binding sites for the inner kinetochore subunits CENP-CMif2 and CENP-UAme1, reducing their affinity for Mis12cMtw1. Our structure reveals how Aurora BIpl1 phosphorylation of Dsn1AI would release this auto-inhibition to substantially strengthen preexisting connections between the inner and outer kinetochore.
履歴
登録2025年7月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年4月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12026年4月22日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Nn: Kinetochore-associated protein NNF1
Mt: Kinetochore-associated protein MTW1
Zw: Outer kinetochore KNL1 complex subunit KRE28
Kl: Outer kinetochore KNL1 complex subunit SPC105
Ds: Kinetochore-associated protein DSN1
24: Kinetochore protein SPC24
25: Kinetochore protein SPC25
Ns: Kinetochore-associated protein NSL1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)302,1558
ポリマ－302,1558
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Kinetochore-associated protein ... , 4種, 4分子 NnMtDsNs

#1: タンパク質 Kinetochore-associated protein NNF1


分子量: 23668.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NNF1, YJR112W, J2011 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P47149
#2: タンパク質 Kinetochore-associated protein MTW1 / Mis12-like protein


分子量: 33291.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: MTW1, DSN3, NSL2, YAL034W-A, YAL034AW / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P39731
#5: タンパク質 Kinetochore-associated protein DSN1


分子量: 65777.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: DSN1, YIR010W, YIB10W / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P40568
#8: タンパク質 Kinetochore-associated protein NSL1


分子量: 25448.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: NSL1, YPL233W / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12143

-
Outer kinetochore KNL1 complex subunit ... , 2種, 2分子 ZwKl

#3: タンパク質 Outer kinetochore KNL1 complex subunit KRE28 / Spindle pole body component KRE28


分子量: 48468.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: KRE28, YDR532C / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q04431
#4: タンパク質 Outer kinetochore KNL1 complex subunit SPC105 / 105 kDa spindle pole component protein / Spindle pole body component SPC105


分子量: 55581.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SPC105, KNL1, YGL093W / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P53148

-
Kinetochore protein ... , 2種, 2分子 2425

#6: タンパク質 Kinetochore protein SPC24


分子量: 24639.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SPC24, YMR117C, YM9718.16C / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q04477
#7: タンパク質 Kinetochore protein SPC25


分子量: 25280.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SPC25, YER018C / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P40014

-
詳細

Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Saccharomyces cerevisiae outer kinetochore KMN junction complexCOMPLEXImaged sample also contained Saccharomyces cerevisiae kinetochore protein NDC80 (UniProtKB accession P40460), and Saccharomyces cerevisiae kinetochore protein NUF2 (UniProtKB accession P33895) with a C-terminal HRV-3C protease cleavage site and twin-strep-tag II affinity tag.all0RECOMBINANT
2Saccharomyces cerevisiae outer kinetochore Mis12c(Mtw1c) subcomplexCOMPLEX#1-#2, #5, #81RECOMBINANT
3Saccharomyces cerevisiae outer kinetochore Knl1c subcomplexCOMPLEXN-terminal truncation of Knl1(Spc105) residues 1-444#3-#41RECOMBINANT
4Saccharomyces cerevisiae outer kinetochore Ndc80cCOMPLEXAlso contains Saccharomyces cerevisiae kinetochore protein NDC80 (UniProtKB accession P40460), and Saccharomyces cerevisiae kinetochore protein NUF2 (UniProtKB accession P33895) with a C-terminal HRV-3C protease cleavage site and twin-strep-tag II affinity tag that were present in the imaged sample.#6-#71RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
11438.876 kDa/nmNO
21147.937 kDa/nmYES
31103.894 kDa/nmNO
41187.080 kDa/nmYES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
21Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932288c
32Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932288c
43Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932288c
54Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932288c
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
21Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111High five
32Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111High five
43Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111High five
54Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111High five
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES1
2150 mMSodium chlorideNaCl1
31 mMTCEP1
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Crosslinked using glutaraldehyde with GraFix methodology. Crosslinker was quenched with 20 mM Tris pH 7.5.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.66 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 26390
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz粒子像選択
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10RELION5初期オイラー角割当
11RELION5最終オイラー角割当
13RELION5３次元再構成
14PHENIX1.21.2_5419:モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2592458
詳細: Selected using Topaz particle picker trained on manually picked micrographs
3次元再構成解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18160 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 詳細: Refined using Blush regularization / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain-IDChain residue rangeInitial refinement model-IDPdb chain residue range
19S4Q

9s4q

Mt9S4QMt1-28911-289
29S4Q

9s4q

Nn9S4QNn1-20111-201
39S4Q

9s4q

Ds9S4QDs435-5761435-576
49S53

9s53

Ds9S53Ds229-3652229-365
59S4Q

9s4q

Ns9S4QNs97-216197-216
69S53

9s53

Ns9S53Ns2-9622-96
79S4Q

9s4q

Kl9S4QKl719-9171719-917
89S4Q

9s4q

Zw9S4QZw280-3851280-385
99S4Q

9s4q

249S4Q24143-2131143-213
109S4Q

9s4q

259S4Q25124-2211124-221
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01811404
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.44615354
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.1821476
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0361762
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031969

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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