[日本語] English
万見
- PDB-9rwb: Egalitarian-BicD in complex with hSL1 and hSL2 of the hairy local... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rwb
タイトルEgalitarian-BicD in complex with hSL1 and hSL2 of the hairy localization element
要素
  • Egalitarian, isoform B
  • Protein bicaudal D
  • hairy localization element
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Complex / Transport / Localization
機能・相同性
機能・相同性情報


larval salivary gland morphogenesis / oocyte nucleus migration involved in oocyte dorsal/ventral axis specification / intracellular mRNA localization involved in pattern specification process / microtubule anchoring at microtubule organizing center / germarium-derived egg chamber formation / bicoid mRNA localization / regulation of oskar mRNA translation / oocyte microtubule cytoskeleton polarization / oocyte microtubule cytoskeleton organization / germarium-derived oocyte fate determination ...larval salivary gland morphogenesis / oocyte nucleus migration involved in oocyte dorsal/ventral axis specification / intracellular mRNA localization involved in pattern specification process / microtubule anchoring at microtubule organizing center / germarium-derived egg chamber formation / bicoid mRNA localization / regulation of oskar mRNA translation / oocyte microtubule cytoskeleton polarization / oocyte microtubule cytoskeleton organization / germarium-derived oocyte fate determination / pole plasm oskar mRNA localization / positive regulation of synaptic vesicle exocytosis / protein transport along microtubule / cargo adaptor activity / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / positive regulation of clathrin-dependent endocytosis / chaeta development / transport along microtubule / RNA transport / oocyte axis specification / clathrin heavy chain binding / cytoskeletal anchor activity / intracellular mRNA localization / nucleobase-containing compound metabolic process / oogenesis / regulation of endocytosis / dynein complex binding / dynactin binding / mRNA transport / synaptic vesicle endocytosis / 3'-5' exonuclease activity / regulation of microtubule cytoskeleton organization / small GTPase binding / presynapse / cytoskeleton / mRNA binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Egalitarian winged helix domain / Bicaudal-D protein / Microtubule-associated protein Bicaudal-D / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Protein bicaudal D / Egalitarian, isoform B
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Singh, K. / Chilaeva, S. / McClintock, M.A. / Bullock, S.L. / Carter, A.P.
資金援助 英国, European Union, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_A025_1011 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 197-2021European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures of Egl-BicD reveal how diverse mRNAs are selected for subcellular localization
著者: Singh, K. / Chilaeva, S. / McClintock, M.A. / Bullock, S.L. / Carter, A.P.
履歴
登録2025年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein bicaudal D
B: Protein bicaudal D
C: Egalitarian, isoform B
D: Egalitarian, isoform B
E: hairy localization element


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)452,9445
ポリマ－452,9445
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質 Protein bicaudal D


分子量: 89073.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: BicD, CG6605
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P16568
#2: タンパク質 Egalitarian, isoform B / Egalitarian / isoform C


分子量: 113198.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: egl, Dmel\CG4051, egal, EGL, Egl, CG4051, Dmel_CG4051
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9W1K4
#3: RNA鎖 hairy localization element


分子量: 48400.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Egalitarian-BicD in complex with hSL1 and hSL2 of the hairy localization element
タイプ: COMPLEX
詳細: Egalitarian-BicD in complex with stem loop 1 (hSL1) and stem loop 2 (hSL2) of the hairy localization element
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
緩衝液pH: 7.3
詳細: 25 mM HEPES pH 7.3, 150 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1mM DTT, 0.00125% IGEPAL
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影電子線照射量: 48 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9PHENIX1.20_4459モデル精密化
10cryoSPARC4初期オイラー角割当
11RELION5最終オイラー角割当
13RELION5３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 202684 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築詳細: Predicted models used for all components / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化最高解像度: 3.4 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0058071
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.03511339
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.0322183
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0611360
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0111104

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る