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- PDB-9rss: Cryo-EM structure of the Target of Rapamycin Complex 2 (TORC2) wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rss
タイトルCryo-EM structure of the Target of Rapamycin Complex 2 (TORC2) with the Avo1 PH domain
要素
  • (Target of rapamycin complex 2 subunit ...) x 4
  • Serine/threonine-protein kinase TOR2
  • Target of rapamycin complex subunit LST8
キーワードSIGNALING PROTEIN / cell growth / metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


PIP3 activates AKT signaling / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / TOR complex / regulation of snRNA pseudouridine synthesis / mitochondria-nucleus signaling pathway / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Regulation of TP53 Degradation / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity ...PIP3 activates AKT signaling / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / TOR complex / regulation of snRNA pseudouridine synthesis / mitochondria-nucleus signaling pathway / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Regulation of TP53 Degradation / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity / VEGFR2 mediated vascular permeability / HSF1-dependent transactivation / fungal-type cell wall organization / Amino acids regulate mTORC1 / TORC2 complex / TORC1 complex / sphingolipid biosynthetic process / TORC2 signaling / fungal-type vacuole membrane / cellular response to nitrogen starvation / vacuolar membrane / negative regulation of macroautophagy / positive regulation of Rho protein signal transduction / TORC1 signaling / TOR signaling / positive regulation of endocytosis / protein-membrane adaptor activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cytoskeleton organization / response to nutrient / nuclear periphery / guanyl-nucleotide exchange factor activity / negative regulation of autophagy / protein serine/threonine kinase activator activity / cell periphery / protein localization to plasma membrane / regulation of actin cytoskeleton organization / regulation of cell growth / ribosome biogenesis / molecular adaptor activity / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / endosome membrane / Golgi membrane / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein-containing complex binding / signal transduction / mitochondrion / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
TORC2 component Bit61/PRR5 / HbrB-like / : / AVO1 ubiquitin-like domain / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, N-terminal domain / Pianissimo family / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, middle domain / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, domain 5 / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, domain 4 / Rapamycin-insensitive companion of mTOR RasGEF_N domain ...TORC2 component Bit61/PRR5 / HbrB-like / : / AVO1 ubiquitin-like domain / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, N-terminal domain / Pianissimo family / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, middle domain / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, domain 5 / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, domain 4 / Rapamycin-insensitive companion of mTOR RasGEF_N domain / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, N-term / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, middle domain / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, domain 5 / Rapamycin-insensitive companion of mTOR RasGEF_N domain / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, middle domain / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, N-term / Rapamycin-insensitive companion of mTOR, domain 5 / TORC2 component Sin1/Avo1 / SAPK-interacting protein 1, Pleckstrin-homology domain / Sin1, middle CRIM domain / SAPK-interacting protein 1 (Sin1), middle CRIM domain / SAPK-interacting protein 1 (Sin1), Pleckstrin-homology / Target of rapamycin complex subunit LST8 / Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Serine/threonine-protein kinase mTOR domain / Domain of unknown function / FKBP12-rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase TOR / FKBP12-rapamycin binding domain superfamily / FKBP12-rapamycin binding domain / Rapamycin binding domain / : / Serine/threonine-protein kinase ATR-like, HEAT repeats / : / FATC domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Armadillo-like helical / PH-like domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / Serine/threonine-protein kinase TOR2 / Target of rapamycin complex 2 subunit TSC11 / Target of rapamycin complex subunit LST8 / Target of rapamycin complex 2 subunit BIT61 / Target of rapamycin complex 2 subunit AVO2 / Target of rapamycin complex 2 subunit AVO1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Tafur, L. / Zou, L. / Loewith, R.
資金援助European Union, スイス, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2026
タイトル: Structural basis for TORC2 activation.
著者: Luoming Zou / Maria G Tettamanti / Caroline Gabus / Ariane Bergmann / Robbie Loewith / Lucas Tafur /
要旨: The target of rapamycin complex 2 (TORC2) is a central node in signaling feedback loops, serving to maintain the biophysical homeostasis of the plasma membrane (PM). How TORC2 is regulated by ...The target of rapamycin complex 2 (TORC2) is a central node in signaling feedback loops, serving to maintain the biophysical homeostasis of the plasma membrane (PM). How TORC2 is regulated by mechanical perturbation of the PM is not well understood. To address this, we determined the cryo-electron microscopy structure of endogenous yeast TORC2 at up to 2.2 Å resolution. Our model refines the position and interactions of TORC2-specific subunits, providing a structural basis for the differential assembly of Tor2 into TORC2. Furthermore, we observe the insertion of the pleckstrin-homology domain of the Avo1 subunit into the Tor2 active site, providing a regulatory mechanism mediated by phosphoinositides. Structure-guided functional experiments reveal a potential TORC2 membrane-binding surface and a positively charged pocket in the Avo3 subunit that is necessary for TORC2 activation. Collectively, our data suggest that signaling phosphoinositides activate TORC2 by membrane-induced structural rearrangements via the concerted action of conserved regulatory subunits.
履歴
登録2025年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年5月6日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年5月6日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年5月6日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年5月6日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年5月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年5月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Target of rapamycin complex subunit LST8
I: Target of rapamycin complex subunit LST8
A: Serine/threonine-protein kinase TOR2
C: Target of rapamycin complex 2 subunit TSC11
D: Target of rapamycin complex 2 subunit AVO2
E: Target of rapamycin complex 2 subunit BIT61
G: Target of rapamycin complex 2 subunit AVO1
F: Serine/threonine-protein kinase TOR2
J: Target of rapamycin complex 2 subunit TSC11
K: Target of rapamycin complex 2 subunit AVO2
L: Target of rapamycin complex 2 subunit BIT61
M: Target of rapamycin complex 2 subunit AVO1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,441,82914
ポリマ－1,440,50912
非ポリマー1,3202
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 BIAF

#1: タンパク質 Target of rapamycin complex subunit LST8 / TORC subunit LST8 / Lethal with SEC13 protein 8


分子量: 34077.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P41318
#2: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase TOR2 / Dominant rapamycin resistance protein 2 / Phosphatidylinositol 4-kinase TOR2 / PI4-kinase TOR2 / ...Dominant rapamycin resistance protein 2 / Phosphatidylinositol 4-kinase TOR2 / PI4-kinase TOR2 / PI4K TOR2 / PtdIns-4-kinase TOR2 / Target of rapamycin kinase 2 / Temperature-sensitive CSG2 suppressor protein 14


分子量: 281915.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P32600, 1-phosphatidylinositol 4-kinase, non-specific serine/threonine protein kinase

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Target of rapamycin complex 2 subunit ... , 4種, 8分子 CJDKELGM

#3: タンパク質 Target of rapamycin complex 2 subunit TSC11 / TORC2 subunit TSC11 / Adheres voraciously to TOR2 protein 3 / Temperature-sensitive CSG2 suppressor protein 11


分子量: 164580.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40061
#4: タンパク質 Target of rapamycin complex 2 subunit AVO2 / TORC2 subunit AVO2 / Adheres voraciously to TOR2 protein 2


分子量: 47206.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q04749
#5: タンパク質 Target of rapamycin complex 2 subunit BIT61 / TORC2 subunit BIT61 / 61 kDa binding partner of TOR2 protein


分子量: 60908.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P47041
#6: タンパク質 Target of rapamycin complex 2 subunit AVO1 / TORC2 subunit AVO1 / Adheres voraciously to TOR2 protein 1


分子量: 131565.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08236

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非ポリマー , 1種, 2分子

#7: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Target of Rapamycin Complex 2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 51729 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.01 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00369646
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.51194196
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.2569200
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04110766
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00411888

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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