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Structure paper

タイトルStructural basis for TORC2 activation.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 86, Issue 8, Page 1560-11573.e5, Year 2026
掲載日2026年4月16日
著者Luoming Zou / Maria G Tettamanti / Caroline Gabus / Ariane Bergmann / Robbie Loewith / Lucas Tafur /
PubMed 要旨The target of rapamycin complex 2 (TORC2) is a central node in signaling feedback loops, serving to maintain the biophysical homeostasis of the plasma membrane (PM). How TORC2 is regulated by ...The target of rapamycin complex 2 (TORC2) is a central node in signaling feedback loops, serving to maintain the biophysical homeostasis of the plasma membrane (PM). How TORC2 is regulated by mechanical perturbation of the PM is not well understood. To address this, we determined the cryo-electron microscopy structure of endogenous yeast TORC2 at up to 2.2 Å resolution. Our model refines the position and interactions of TORC2-specific subunits, providing a structural basis for the differential assembly of Tor2 into TORC2. Furthermore, we observe the insertion of the pleckstrin-homology domain of the Avo1 subunit into the Tor2 active site, providing a regulatory mechanism mediated by phosphoinositides. Structure-guided functional experiments reveal a potential TORC2 membrane-binding surface and a positively charged pocket in the Avo3 subunit that is necessary for TORC2 activation. Collectively, our data suggest that signaling phosphoinositides activate TORC2 by membrane-induced structural rearrangements via the concerted action of conserved regulatory subunits.
リンクMol Cell / PubMed:41997113
手法EM (単粒子)
解像度2.2 - 3.83 Å
構造データ

EMDB-54222, PDB-9rsq:
Cryo-EM structure of the Target of Rapamycin Complex 2 (TORC2) with the Avo1 PH domain (monomer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

EMDB-54223, PDB-9rss:
Cryo-EM structure of the Target of Rapamycin Complex 2 (TORC2) with the Avo1 PH domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.01 Å

EMDB-54224, PDB-9rst:
Cryo-EM structure of the Target of Rapamycin Complex 2 (TORC2) in autoinhibted conformation (monomer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.93 Å

EMDB-54227: Cryo-EM structure of the Target of Rapamycin Complex 2 (TORC2) (consensus refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

EMDB-54228: Cryo-EM structure of the Target of Rapamycin Complex 2 (TORC2) (monomer focused)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.32 Å

EMDB-54229: Cryo-EM structure of the Target of Rapamycin Complex 2 (TORC2) (Avo3 focused)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.2 Å

EMDB-54230: Cryo-EM structure of the Target of Rapamycin Complex 2 (TORC2) (Bit61 focused)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-54231: Cryo-EM structure of the Target of Rapamycin Complex 2 (TORC2) with Avo1 PH (Lst8 monomer focused)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-54232: Cryo-EM structure of the Target of Rapamycin Complex 2 (TORC2) in autoinhibited conformation (monomer Lst8 focused)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-54233: Cryo-EM structure of the Target of Rapamycin Complex 2 (TORC2) (Lst8-Avo1 CRIM focused)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.83 Å

EMDB-54234: Cryo-EM structure of the Target of Rapamycin Complex 2 (TORC2) with the Avo1 PH domain (composite map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

EMDB-54235: Cryo-EM structure of the Target of Rapamycin Complex 2 (TORC2) in autoinhibited conformation (composite map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.93 Å

化合物

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cell growth / metabolism

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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