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- PDB-9rog: Human alpha3 Na+,K+-ATPase in the Na+-occluded E1P-ADP state obta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rog
タイトルHuman alpha3 Na+,K+-ATPase in the Na+-occluded E1P-ADP state obtained under turnover conditions
要素
  • (Sodium/potassium-transporting ATPase subunit ...) x 2
  • Phospholemman
キーワードMETAL TRANSPORT / active ion transport / P-type ATPase / Na/K-ATPase / E1P / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein glutathionylation / protein transport into plasma membrane raft / neuron to neuron synapse / Na+/K+-exchanging ATPase / regulation of cardiac muscle cell membrane potential / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / regulation of resting membrane potential / photoreceptor inner segment membrane / steroid hormone binding ...negative regulation of protein glutathionylation / protein transport into plasma membrane raft / neuron to neuron synapse / Na+/K+-exchanging ATPase / regulation of cardiac muscle cell membrane potential / positive regulation of sodium ion export across plasma membrane / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / regulation of resting membrane potential / photoreceptor inner segment membrane / steroid hormone binding / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / P-type sodium:potassium-exchanging transporter activity / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / regulation of calcium ion transmembrane transport / membrane repolarization / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / sodium ion export across plasma membrane / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / intracellular sodium ion homeostasis / response to glycoside / relaxation of cardiac muscle / regulation of heart contraction / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / chloride transport / Basigin interactions / cellular response to steroid hormone stimulus / ATPase activator activity / neuronal cell body membrane / chloride channel activity / organelle membrane / intracellular potassium ion homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / Ion transport by P-type ATPases / intercalated disc / lateral plasma membrane / sodium channel regulator activity / transporter activator activity / sperm flagellum / ATP metabolic process / cardiac muscle contraction / Ion homeostasis / neuron projection maintenance / photoreceptor inner segment / muscle contraction / proton transmembrane transport / T-tubule / protein localization to plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / sarcolemma / caveola / intracellular calcium ion homeostasis / cellular response to amyloid-beta / regulation of gene expression / MHC class II protein complex binding / amyloid-beta binding / extracellular vesicle / ATPase binding / protein-folding chaperone binding / response to hypoxia / Potential therapeutics for SARS / basolateral plasma membrane / transmembrane transporter binding / protein-macromolecule adaptor activity / cell adhesion / protein stabilization / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / innate immune response / axon / neuronal cell body / synapse / protein kinase binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Ion-transport regulator, FXYD motif / : / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 2. / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. ...: / Ion-transport regulator, FXYD motif / : / ATP1G1/PLM/MAT8 family / FXYD family signature. / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 2. / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. / : / P-type ATPase subfamily IIC, subunit alpha / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / : / P-type ATPase actuator domain / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / CHOLESTEROL / PHOSPHITE ION / Phospholemman / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Christensen, M.E. / Habeck, M. / Katz, A. / Fruergaard, M.U. / Karlish, S.J.D. / Nissen, P.
資金援助European Union, デンマーク, 5件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission793086European Union
LundbeckfondenR310-2018-3713 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF20OC0060483 デンマーク
The Carlsberg FoundationCF22-1535 デンマーク
The Carlsberg FoundationCF23-1394 デンマーク
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Active conformations of neuronal Na+, K+-ATPase isoforms and a disease-causing mutant
著者: Christensen, M.E. / Habeck, M. / Katz, A. / Fruergaard, M.U. / Peleg, Y. / Pick, U. / Karlish, S.J.D. / Nissen, P.
履歴
登録2025年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月12日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月12日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年8月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-3
B: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
C: Phospholemman
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,22913
ポリマ－157,8523
非ポリマー2,37710
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Sodium/potassium-transporting ATPase subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-3 / Na(+)/K(+) ATPase alpha-3 subunit / Na(+)/K(+) ATPase alpha(III) subunit / Sodium pump subunit alpha-3


分子量: 111864.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATP1A3 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P13637, Na+/K+-exchanging ATPase
#2: タンパク質 Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 / Sodium/potassium-dependent ATPase subunit beta-1


分子量: 37232.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATP1B1, ATP1B / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P05026

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 C

#3: タンパク質 Phospholemman / FXYD domain-containing ion transport regulator 1 / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit FXYD1


分子量: 8754.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FXYD1, PLM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00168
#9: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 7分子

#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL


分子量: 386.654 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-PO3 / PHOSPHITE ION


分子量: 78.972 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO3
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human Na,K-ATPase alpha3/beta1/FXYD1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
41NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM3-(Morpholin-4-yl)propane-1-sulfonic acidC7H15NO4S1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
320 mMPotassium chlorideKCl1
43 mMmagnesium chlorideMgCl21
51 mMAdenosine 5-triphosphateC10H16N5O13P31
60.015 mg/mlLauryl maltose neopentyl glycolC47H88O221
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 168521 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00310368
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5514071
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.1731429
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0421607
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031788

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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