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- PDB-9qxt: E. coli JetABC dimer in the DNA boarding-holding state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9qxt
タイトルE. coli JetABC dimer in the DNA boarding-holding state
要素
  • Circular plasmid DNA (1843-MER)
  • JetA
  • JetB
  • JetC
キーワードDNA BINDING PROTEIN / SMC complexes / Wadjet / JetABCD / DNA loop extrusion
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.13 Å
データ登録者Roisne-Hamelin, F. / Gruber, S.
資金援助European Union, スイス, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)724482European Union
Swiss National Science Foundation10001017 スイス
引用ジャーナル: Molecular Cell / 年: 2025
タイトル: Mechanism of DNA Entrapment by a Loop-Extruding Wadjet SMC Motor
著者: Roisne-Hamelin, F. / Liu, H.W. / Gruber, S.
履歴
登録2025年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: JetB
D: JetB
E: JetA
A: JetC
B: JetC
H: JetB
I: JetB
J: JetA
P: Circular plasmid DNA (1843-MER)
Q: Circular plasmid DNA (1843-MER)
F: JetC
G: JetC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)762,82812
ポリマ－762,82812
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
JetB


分子量: 28004.350 Da / 分子数: 4 / 変異: C19S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The last "G" in the theorical sequence is the result of a DNA cloning scar.
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: GF4-3 / 遺伝子: ECIG_04711 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: タンパク質 JetA


分子量: 57786.848 Da / 分子数: 2 / 変異: C36A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The last "G" in the theorical sequence is the result of a DNA cloning scar. "GPAA" at the begining of the theorical sequence is the remaining of the purification tag after tag cleavage. The ...詳細: The last "G" in the theorical sequence is the result of a DNA cloning scar. "GPAA" at the begining of the theorical sequence is the remaining of the purification tag after tag cleavage. The last "G" in the theorical sequence is the result of a DNA cloning scar.
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: GF4-3 / 遺伝子: GP975_00950, GQA06_02520 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#3: タンパク質
JetC


分子量: 124570.797 Da / 分子数: 4 / 変異: C61L,C336H,C401R,C568A,N721C,C753S,C942S,C1006S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The last "G" in the theorical sequence is the result of a DNA cloning scar.
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: GF4-3 / 遺伝子: C9160_20650 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#4: DNA鎖 Circular plasmid DNA (1843-MER)


分子量: 18477.025 Da / 分子数: 2 / 変異: The DNA was modelled as polyAT track. / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Only a portion of the plasmid (pSG6085, 1843 bp) has been modelled as polyAT track, because the complex is expected to load at random positions and the local resolution of the DNA does not ...詳細: Only a portion of the plasmid (pSG6085, 1843 bp) has been modelled as polyAT track, because the complex is expected to load at random positions and the local resolution of the DNA does not allow any sequence assignment.
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pirHC
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Middle-crosslinked JetABC loading on plasmid DNA / タイプ: COMPLEX
詳細: E. coli cysteine-less JetABC crosslinked at the "middle" position was incubated with plasmid DNA in presence of ATP prior grid freezing.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: GF4-3
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Escherichia coli (BL21)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 26586

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
12cryoSPARCV4.6３次元再構成
13PHENIX1.21.2_5419:モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 63069 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

IDPDB-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ詳細
18as8

8as8

8as81PDBexperimental model
28bfn

8bfn

8bfn2PDBexperimental model
38q72

8q72

8q723PDBexperimental model
4Otherin silico modelIdealized B-form DNA was flexibly fitted
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00541608
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.62556790
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.156692
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0396384
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0057056

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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