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- PDB-9pqr: Cryo-EM structure of ATPgammaS-bound Vientovirus FB Rep double he... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9pqr
タイトルCryo-EM structure of ATPgammaS-bound Vientovirus FB Rep double hexamer with C6 symmetry
要素Replication-associated protein
キーワードREPLICATION / SF3 helicase / DNA binding protein / Viral protein
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotidyltransferase activity / endonuclease activity / DNA replication / RNA helicase activity / hydrolase activity / host cell nucleus / DNA binding / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / CRESS-DNA virus replication initiator protein (Rep) endonuclease domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Replication-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human lung-associated vientovirus FB (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Montermoso, S. / Gupta, K. / Pumroy, R.A. / Moiseenkova-Bell, V. / Bushman, F.D. / Van Duyne, G.D.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P30AI045008 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM108751 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32AI007632 米国
Department of Health & Human Services (HHS)S10OD018483 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR2342336 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1P30GM124166 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2026
タイトル: Structures of nucleotide-bound Redondovirus Rep protein link conformation and function.
著者: Saira Montermoso / Kushol Gupta / Ruth Anne Pumroy / Vera Moiseenkova-Bell / Frederic D Bushman / Gregory D Van Duyne /
要旨: Circular Rep-encoding single-stranded DNA (CRESS-DNA) virus Rep proteins are multidomain enzymes that mediate viral DNA rolling-circle replication. Reps nick viral DNA to expose a 3' end for ...Circular Rep-encoding single-stranded DNA (CRESS-DNA) virus Rep proteins are multidomain enzymes that mediate viral DNA rolling-circle replication. Reps nick viral DNA to expose a 3' end for polymerase extension, provide an NTP-dependent helicase activity for DNA unwinding, and join nicked ends to form circular viral genomes. Here, we present the first structures of a Rep protein from the Redondoviridae family, a newly discovered family of human-associated CRESS-DNA viruses that replicates within the oral protozoan Entamoeba gingivalis. Using cryo-EM, we characterized the hexameric structures of a Redondovirus Rep helicase bound with ATPγS, representing the initial ATP-bound state, and with ADP, reflecting the protein state after hydrolysis. The ADP state, but not the ATP state of Rep shows a staircase arrangement of DNA-binding loops that plays a central role in current models for SF3 helicase function. Additionally, we determined a head-to-tail dodecameric structure of ATPγS-bound Rep, in which both the helicase and endonuclease domains are ordered. Conservation of residues involved in stabilizing the dodecamer suggest that this assembly may be functionally relevant for many CRESS-DNA viruses. The positioning of endonuclease domains in the Rep hexamer, combined with our biophysical analyses of Rep oligomerization, provide new insights into Rep function during viral replication.
履歴
登録2025年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月25日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月25日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月25日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月25日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月25日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年3月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12026年3月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replication-associated protein
B: Replication-associated protein
C: Replication-associated protein
D: Replication-associated protein
E: Replication-associated protein
F: Replication-associated protein
G: Replication-associated protein
H: Replication-associated protein
I: Replication-associated protein
J: Replication-associated protein
K: Replication-associated protein
L: Replication-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)462,61742
ポリマ－455,90112
非ポリマー6,71630
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Replication-associated protein / ATP-dependent helicase Rep / RepP


分子量: 37991.738 Da / 分子数: 12 / 変異: T2S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human lung-associated vientovirus FB (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A4D6K5Y8, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'- ...参照: UniProt: A0A4D6K5Y8, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE


分子量: 523.247 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ATPgammaS-bound Vientovirus FB Rep double hexamer with C6 symmetry
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Vientovirus FB (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 300 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 2.5% glycerol added with 5 mM MgCl2 and 5mM ATPgammaS
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM4-(2-Hydroxyethyl)piperazine-1-ethanesulfonic acidHEPES1
2300 mMsodium chlorideNaCl1
30.1 mMtris(2-carboxyethyl)phosphineTCEP1
42.5 %glycerolC3H8O31
55 mMmagnesium chlorideMgCl21
65 mMAdenosine 5'-O-(3-thiotriphosphateC10H16N5O12P3S1
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影平均露光時間: 1.42 sec. / 電子線照射量: 41.3 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5605

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4.5.3粒子像選択Manual picking for initial particle picking
2Topaz0.2.4粒子像選択Topaz training and picking
5cryoSPARC4.5.3CTF補正Patch CTF estimation
6RELION5.0-betaCTF補正CTFFind-4.1.14
9UCSF ChimeraX1.9モデルフィッティング
10Coot0.9.8.96モデルフィッティング
12cryoSPARC4.5.3初期オイラー角割当nonuniform refinement
13RELION5.0-beta最終オイラー角割当3D auto-refinement
14RELION5.0-beta分類
15RELION5.0-beta３次元再構成
16PHENIX1.21_5207モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 138554
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 28346 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 41.66 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: Initial rigid body fitting was done in ChimeraX followed by manual building and flexible fitting in coot
原子モデル構築PDB-ID: 9PQJ

9pqj


Accession code: 9PQJ / Chain residue range: 121-327 / Pdb chain residue range: 121-327 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00327324
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.53836966
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.6273708
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0423990
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0044632

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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