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万見
- PDB-9ppq: Locally-refined Mu-Opioid Receptor bound with novel compound 0505... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ppq
タイトルLocally-refined Mu-Opioid Receptor bound with novel compound 0505 (3-[({[(1P)-1-(3-chlorophenyl)-1H-pyrazol-3-yl]methyl}amino)methyl]phenol)
要素Mu-type opioid receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / Mu-Opioid / Partial Agonist / Active
機能・相同性
機能・相同性情報


Opioid Signalling / beta-endorphin receptor activity / morphine receptor activity / negative regulation of Wnt protein secretion / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / regulation of cellular response to stress / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / behavioral response to ethanol / regulation of NMDA receptor activity ...Opioid Signalling / beta-endorphin receptor activity / morphine receptor activity / negative regulation of Wnt protein secretion / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / regulation of cellular response to stress / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / behavioral response to ethanol / regulation of NMDA receptor activity / sensory perception / neuropeptide binding / positive regulation of neurogenesis / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / G-protein alpha-subunit binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / voltage-gated calcium channel activity / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / sensory perception of pain / Peptide ligand-binding receptors / neuropeptide signaling pathway / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein activation / G-protein beta-subunit binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / G alpha (i) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / perikaryon / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endosome / neuron projection / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / axon / synapse / dendrite / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mu opioid receptor / Opioid receptor / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Mu-type opioid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Kim, J.Y. / Wu, Y. / Manglik, A. / Shoichet, B.K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Defense Advanced Research Projects Agency (DARPA)HR0011-19-2-0020 米国
ARPA-H1AY1AX000035 米国
引用ジャーナル: J Med Chem / 年: 2026
タイトル: Large Library Docking for Polypharmacology.
著者: Yujin Wu / Seth Vigneron / Joao Braz / Karthik Srinivasan / Elissa A Fink / Xi-Ping Huang / Xinyu Xu / Harald Huebner / Joseph Y Kim / Jing Wang / Tara Pfeiffer / Kensuke Sakamoto / Dmytro S ...著者: Yujin Wu / Seth Vigneron / Joao Braz / Karthik Srinivasan / Elissa A Fink / Xi-Ping Huang / Xinyu Xu / Harald Huebner / Joseph Y Kim / Jing Wang / Tara Pfeiffer / Kensuke Sakamoto / Dmytro S Radchenko / Ramona M Rodriguiz / Yurii S Moroz / John J Irwin / Peter Gmeiner / Christian Billesboelle / Bryan L Roth / Allan I Basbaum / Aashish Manglik / William C Wetsel / Brian K Shoichet /
要旨: Polypharmacological molecules are attractive for complex illnesses. Here, we explored large library docking for joint activity against target pairs. Retrospectively, as libraries grew, so too did the ...Polypharmacological molecules are attractive for complex illnesses. Here, we explored large library docking for joint activity against target pairs. Retrospectively, as libraries grew, so too did the number of likely dual-activity molecules. In prospective docking of a 900-million molecule library against three target pairs (α/SERT, MOR/SERT, and α/MOR), we sought analgesic compounds. Both the α/SERT and SERT/MOR campaigns led to dual binders with low μM to high nM activities with high hit rates; tetrahydropyridines from the α/SERT campaign were also active against 5-HT. However, even though cryo-EM structures confirmed the docking-predicted poses, optimization struggled to improve potency. Still, in mouse behavioral assays, the most potent α/SERT compound (') was effective against pain without inducing conditioned place preference, and the molecule had potent antidepression and anxiolytic drug-like behavior, consistent with its SERT/5-HT activities. This study reveals both advantages and challenges of docking for polypharmacology.
履歴
登録2025年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年3月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.12026年3月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Mu-type opioid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4592
ポリマ－38,1451
非ポリマー3141
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Mu-type opioid receptor / M-OR-1 / MOR-1 / Mu opiate receptor / Mu opioid receptor / MOP / hMOP


分子量: 38145.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OPRM1, MOR1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35372
#2: 化合物 ChemComp-A1CIX / 3-[({[(1P)-1-(3-chlorophenyl)-1H-pyrazol-3-yl]methyl}amino)methyl]phenol


分子量: 313.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16ClN3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Active-state Mu-opioid receptor fused with miniG protein, bound with GBetaGamma, scFv16, and compound 0505
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.0725 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2100 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 47.7 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置位相板: OTHER

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIX1.21.1_5286:モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 52988 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 7T2G

7t2g


Accession code: 7T2G / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0032339
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5133192
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.461315
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.037388
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004378

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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