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- PDB-9p0e: Flavobacterium johnsoniae ZAM64 mutant 70S initiation complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9p0e
タイトルFlavobacterium johnsoniae ZAM64 mutant 70S initiation complex with rpsU mRNA containing Shine-Dalgarno sequence.
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 19
  • (50S ribosomal protein ...) x 30
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • fMet-tRNA
  • rpsU mRNA
キーワードRIBOSOME / 70S / Initiation complex / translation.
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / transferase activity / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / transferase activity / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF4295 / Domain of unknown function (DUF4295) / : / Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 signature. ...Protein of unknown function DUF4295 / Domain of unknown function (DUF4295) / : / Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / : / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / 30S ribosomal protein S17 / : / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / L28p-like / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / :
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL22 ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL25 / DUF4295 domain-containing protein / 50S ribosomal protein L31 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL18 / AURKAIP1/COX24 domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS13
類似検索 - 構成要素
生物種Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ortega, J. / Arpin, D.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2026
タイトル: Structure of a specialized 70S initiation complex.
著者: Dominic Arpin / Bappaditya Roy / Fawwaz M Naeem / Kurt Fredrick / Joaquin Ortega /
要旨: Bacteria of class Bacteroidia lack Shine-Dalgarno (SD) sequences and instead rely on other messenger RNA (mRNA) features, including upstream adenines, for start codon selection. Bacteroidia ribosomes ...Bacteria of class Bacteroidia lack Shine-Dalgarno (SD) sequences and instead rely on other messenger RNA (mRNA) features, including upstream adenines, for start codon selection. Bacteroidia ribosomes contain the anti-SD (ASD) sequence of 16S ribosomal RNA (rRNA) but are "blind" to SD sequences. This occurs due to the sequestration of the ASD through interactions with bS21, bS18, and bS6 on the 30S platform domain. In many Bacteroidia, including Flavobacterium johnsoniae, there is one gene with an extended SD-rpsU, which encodes bS21. Ribosomes lacking bS21 exhibit high-level translation of rpsU, establishing an autoregulatory circuit in the cell. In this work, we investigate the structural basis of initiation on rpsU mRNA. We find using cryo-electron microscopy that initiation entails the formation of a 13-base pair SD-ASD helix that sterically occludes bS21. Mutations of bS21, bS18, or bS6 that compromise the platform pocket liberate the 3' tail of 16S rRNA, enable SD-ASD pairing, and enhance initiation. As initiation on rpsU mRNA depends on SD-ASD pairing, we infer that dissociation of bS21 from replete ribosomes limits their initiation rate. This work shows how a compositional change of the ribosome can govern translation of a specific gene.
履歴
登録2025年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月15日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月15日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月15日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月15日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月15日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月15日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: 23S rRNA
2: 16S rRNA
3: 5S rRNA
4: 50S ribosomal protein L38
5: 30S ribosomal protein S22
6: rpsU mRNA
A: fMet-tRNA
B: 50S ribosomal protein L2
C: 50S ribosomal protein L3
D: 50S ribosomal protein L4
E: 50S ribosomal protein L5
F: 50S ribosomal protein L6
G: 50S ribosomal protein L9
J: 50S ribosomal protein L13
K: 50S ribosomal protein L14
L: 50S ribosomal protein L15
M: 50S ribosomal protein L16
N: 50S ribosomal protein L17
O: 50S ribosomal protein L18
P: 50S ribosomal protein L19
Q: 50S ribosomal protein L20
R: 50S ribosomal protein L21
S: 50S ribosomal protein L22
T: 50S ribosomal protein L23
U: 50S ribosomal protein L24
V: 50S ribosomal protein L25
W: 50S ribosomal protein L27
X: 50S ribosomal protein L28
Y: 50S ribosomal protein L29
Z: 50S ribosomal protein L30
a: 50S ribosomal protein L31
b: 50S ribosomal protein L32
c: 50S ribosomal protein L33
d: 50S ribosomal protein L34
e: 50S ribosomal protein L35
f: 50S ribosomal protein L36
h: 30S ribosomal protein S3
i: 30S ribosomal protein S4
j: 30S ribosomal protein S5
k: 30S ribosomal protein S6
l: 30S ribosomal protein S7
m: 30S ribosomal protein S8
n: 30S ribosomal protein S9
o: 30S ribosomal protein S10
p: 30S ribosomal protein S11
q: 30S ribosomal protein S12
r: 30S ribosomal protein S13
s: 30S ribosomal protein S14
t: 30S ribosomal protein S15
u: 30S ribosomal protein S16
v: 30S ribosomal protein S17
w: 30S ribosomal protein S18
x: 30S ribosomal protein S19
y: 30S ribosomal protein S20


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,162,16354
ポリマ－2,162,16354
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 1236A

#1: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 927297.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: GenBank: 1735479352
#2: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 491833.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
#3: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 35661.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: GenBank: 146152184
#6: RNA鎖 rpsU mRNA


分子量: 7445.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
#7: RNA鎖 fMet-tRNA


分子量: 24786.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: GenBank: 2512344223

+
50S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 4BCDEFGJKLMNOPQRSTUVWXYZabcdef

#4: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L38


分子量: 5569.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: SAMN05444388_102562 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M5JJE6
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29991.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rplB, SAMN05444388_103383 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1B2U0Q0
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 21975.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rplC, SAMN05444388_103386 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M5L9Q4
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 23187.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rplD, SAMN05444388_103385 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M7D775
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20799.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19420.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rplF, SAMN05444388_103371 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M5L807
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 15968.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rplI, SAMN05444388_10496 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M5M9Q7
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16578.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rplM, SAMN05444388_101316 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M5GAA6
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13339.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rplN, Fjoh_0387 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A5FMZ0
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15994.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rplO, SAMN05444388_103367 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M7D8T3
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 16075.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rplP, SAMN05444388_103379 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1B2U0I0
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 18092.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rplQ, SAMN05444388_103360 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M5L6R0
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12660.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rplR, SAMN05444388_103370 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M7D8T4
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13316.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rplS, SAMN05444388_10678 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M5PX52
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13244.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rplT, BKM63_01510, DFS20_4202, SAMN05444388_1035 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1B2U1H3
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 15901.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rplU, SAMN05444388_101389 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M5GFZ4
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 15475.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rplV, BKM63_03295, DFS20_4234, SAMN05444388_103381
発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1B2U0F3
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10690.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rplW, BKM63_03310, DFS20_4237, SAMN05444388_103384
発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1J7BX85
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11439.517 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rplX, DFS20_4228, SAMN05444388_103375 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1B2U0F5
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 21891.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rplY, ctc, SAMN05444388_101814 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M5HDD0
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9422.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpmA, SAMN05444388_101388 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M6R2K9
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 8942.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpmB, BKM63_00965, DFS20_2513, SAMN05444388_102564
発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1B2U1R1
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7189.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpmC, Fjoh_0389 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A5FMZ2
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6643.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpmD, DFS20_4221, SAMN05444388_103368 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M5L7Z6
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 9646.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: DFS20_4118, SAMN05444388_10390 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M5KIG2
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 7518.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpmF, BKM63_04440, DFS20_0146, SAMN05444388_111146
発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1B2U029
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6935.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpmG, BKM63_00960, DFS20_2514, SAMN05444388_102563
発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1B2U200
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L34


分子量: 6324.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpmH, BKM63_01870, DFS20_4126, SAMN05444388_10381
発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1B2U1E7
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7522.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpmI, BKM63_01505, DFS20_4203, SAMN05444388_1034 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1J7BZ40
#36: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4557.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpmJ, Fjoh_0375 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A5FMZ9

-
30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 5hijklmnopqrstuvwxy

#5: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S22


分子量: 3696.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: Fjoh_1533 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A5FJQ0
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 27886.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsC, BKM63_03290, DFS20_4233, SAMN05444388_103380
発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1J7CBX1
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 22950.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsD, SAMN05444388_103362 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1B2U0J7
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 18206.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsE, SAMN05444388_103369 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1B2U0I9
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 13376.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsF, BKM63_14855, DFS20_3370, SAMN05444388_10494
発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1J7BSW7
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 18493.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsG, SAMN05444388_103389 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M5L9G3
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14652.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsH, SAMN05444388_103372 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M5L889
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14464.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsI, SAMN05444388_101317 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M6R974
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11446.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsJ, BKM63_03325, DFS20_4240, SAMN05444388_103387
発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1J7CP29
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13700.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsK, BKM63_03205, DFS20_4215, SAMN05444388_103363
発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1J7CBV3
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 14121.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsL, ASD98_02810 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0Q8NJJ8
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 13734.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsM, Z4668, ECs4163 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: P0A7T1
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 10211.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsN, BKM63_03255, DFS20_4226, SAMN05444388_103373
発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1B2U0Q7
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10565.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsO, SAMN05444388_101497 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M6QTP8
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 20106.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsP, SAMN05444388_101644 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M6QGN9
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 10108.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsQ, DFS20_4230, SAMN05444388_103377 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M5L8M4
#52: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 11378.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsR, BKM63_14860, DFS20_3369, SAMN05444388_10495
発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1B2U6N1
#53: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10278.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsS, DFS20_4235, SAMN05444388_103382 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1M5L8S8
#54: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9442.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
遺伝子: rpsT, SAMN05444388_102514 / 発現宿主: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1B2U1X2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 70S initiation complex / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #3-#54, #1-#2 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 249488 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005150121
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.609224771
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.63259435
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03829019
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00511841

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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