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万見
- PDB-9oup: Native GABA-A receptor from rat cerebella, beta2-alpha1-beta1-alp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9oup
タイトルNative GABA-A receptor from rat cerebella, beta2-alpha1-beta1-alpha6-gamma2 subtype, in complex with GABA
要素
  • (Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha- ...) x 2
  • (Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta- ...) x 2
  • 8E3 fab heavy chain
  • 8E3 fab light chain
  • Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / neurotransmitter receptor / cys-loop receptor / ligand-gated ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


cerebellar Golgi cell to granule cell synapse / GABA receptor activation / inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / ovulation cycle / diazepam binding / : / response to methamphetamine hydrochloride / inhibitory synapse / response to auditory stimulus / GABA receptor complex ...cerebellar Golgi cell to granule cell synapse / GABA receptor activation / inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / ovulation cycle / diazepam binding / : / response to methamphetamine hydrochloride / inhibitory synapse / response to auditory stimulus / GABA receptor complex / monoatomic anion channel activity / GABA receptor binding / cellular response to histamine / inner ear receptor cell development / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / GABA-A receptor activity / innervation / heterocyclic compound binding / chloride transport / response to anesthetic / postsynaptic specialization membrane / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / neuronal cell body membrane / synaptic transmission, GABAergic / central nervous system neuron development / cellular response to zinc ion / chloride channel activity / adult behavior / cochlea development / ligand-gated monoatomic ion channel activity / neuron development / chloride channel complex / monoatomic ion transport / response to progesterone / presynaptic active zone membrane / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / cytoplasmic vesicle membrane / chloride transmembrane transport / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / post-embryonic development / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / GABA-ergic synapse / Schaffer collateral - CA1 synapse / response to toxic substance / nuclear envelope / presynaptic membrane / dendritic spine / chemical synaptic transmission / response to ethanol / postsynaptic membrane / signaling receptor complex / postsynapse / axon / dendrite / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 6 subunit / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, gamma 2 subunit / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-1/4 / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 1 subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain ...Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 6 subunit / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, gamma 2 subunit / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-1/4 / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 1 subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-1 / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-6 / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Sun, C. / Gouaux, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2026
タイトル: Molecular assemblies and pharmacology of cerebellar GABA receptors.
著者: Chang Sun / Jennifer N Jahncke / Kevin M Wright / Eric Gouaux /
要旨: GABA receptors (GABARs) mediate fast inhibitory neurotransmission in the brain and are assembled from 19 subunit isoforms into multiple pentameric assemblies. Although α1-containing GABARs are ...GABA receptors (GABARs) mediate fast inhibitory neurotransmission in the brain and are assembled from 19 subunit isoforms into multiple pentameric assemblies. Although α1-containing GABARs are broadly expressed and are pharmacologically important, the molecular diversity of native α1-based assemblies in specific brain regions remains incompletely understood. Here, we use immunofluorescence, mass spectrometry, and cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to characterize the spatial distribution, subunit composition, and structural architecture of native α1-containing GABARs in the rat cerebellum. Confocal microscopy reveals robust colocalization of α1 and γ2 subunits across cerebellar layers, including prominent labeling at glomerular synapses. Biochemical purification and proteomic analysis identify a range of α, β, and γ subunits, along with abundant α6 and δ subunits. Using cryo-EM and automated subunit identification, we resolve eight α1-containing receptor assemblies, including the first structure of α6-containing receptors. We further determine the binding mode of the α6-selective pyrazoloquinolinone modulator PZ-II-029 at the α/γ interface, showing ligand-induced expansion of the entire extracellular domain (ECD). Together, our study defines the structure and subunit composition of the α1-containing cerebellar GABARs and elaborates the molecular interactions between native receptors and pyrazoloquinolinone, thereby laying the groundwork for brain region and subunit-specific pharmacology.
履歴
登録2025年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
B: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-1
C: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-6
D: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2
E: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-2
H: 8E3 fab heavy chain
L: 8E3 fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,92218
ポリマ－313,8027
非ポリマー5,12011
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha- ... , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 / GABA(A) receptor subunit alpha-1 / GABAAR subunit alpha-1


分子量: 51818.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P62813
#3: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-6 / GABA(A) receptor subunit alpha-6 / GABAAR subunit alpha-6


分子量: 51232.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P30191

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Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta- ... , 2種, 2分子 BE

#2: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-1 / GABA(A) receptor subunit beta-1 / GABAAR subunit beta-1


分子量: 54133.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P15431
#5: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-2 / GABA(A) receptor subunit beta-2 / GABAAR subunit beta-2


分子量: 54697.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P63138

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#6: 抗体 8E3 fab heavy chain


分子量: 24159.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#7: 抗体 8E3 fab light chain


分子量: 23624.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 3分子 D

#11: 化合物 ChemComp-ABU / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID


分子量: 103.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 神経伝達物質, 阻害剤*YM
#4: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 / GABA(A) receptor subunit gamma-2 / GABAAR subunit gamma-2


分子量: 54136.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P18508

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糖 , 4種, 9分子

#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#12: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Native GABA-A receptor from rat cerebella, beta2-alpha1-beta1-alpha6-gamma2 subtype, in complex with GABA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.3 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.05 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 43 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 251382 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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