[日本語] English
万見
- PDB-9o5k: Cryo-EM structure of human SWELL1-PSA heterocomplex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9o5k
タイトルCryo-EM structure of human SWELL1-PSA heterocomplex
要素
  • Puromycin-sensitive aminopeptidase
  • Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Hetero-complex / Ion channel / Modulator
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosol alanyl aminopeptidase / pre-B cell differentiation / Miscellaneous transport and binding events / volume-sensitive anion channel activity / aspartate transmembrane transport / alanyl aminopeptidase activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / taurine transmembrane transport / monoatomic anion transmembrane transport ...cytosol alanyl aminopeptidase / pre-B cell differentiation / Miscellaneous transport and binding events / volume-sensitive anion channel activity / aspartate transmembrane transport / alanyl aminopeptidase activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / taurine transmembrane transport / monoatomic anion transmembrane transport / cell volume homeostasis / monoatomic anion transport / protein hexamerization / response to osmotic stress / : / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / monoatomic ion channel complex / aminopeptidase activity / positive regulation of myoblast differentiation / intracellular glucose homeostasis / chloride transmembrane transport / protein polyubiquitination / positive regulation of insulin secretion / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / spermatogenesis / cellular response to hypoxia / lysosomal membrane / cell surface / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / membrane / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
LRRC8, pannexin-like TM region / Pannexin-like TM region of LRRC8 / Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / : / ERAP1-like C-terminal domain / : / : / Leucine-rich repeat region / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase ...LRRC8, pannexin-like TM region / Pannexin-like TM region of LRRC8 / Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / : / ERAP1-like C-terminal domain / : / : / Leucine-rich repeat region / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Puromycin-sensitive aminopeptidase / Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Hagino, T. / Twomey, E.C. / Qiu, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM124824 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2025
タイトル: Puromycin-sensitive aminopeptidase acts as an inhibitory auxiliary subunit of volume-regulated anion channels and regulates cGAMP transport.
著者: Wenqiang Zheng / Tatsuya Hagino / Hao Wang / Henry Yi Cheng / Nicholas Koylass / Kevin Hong Chen / Haobo Wang / Sepehr Mani / Anish Kumar Mondal / Edward C Twomey / Zhaozhu Qiu /
要旨: Volume-regulated anion channels (VRACs) are large-pore channels expressed in most vertebrate cells and are critical for cell volume regulation and autocrine/paracrine signaling. Here, we identify the ...Volume-regulated anion channels (VRACs) are large-pore channels expressed in most vertebrate cells and are critical for cell volume regulation and autocrine/paracrine signaling. Here, we identify the ubiquitously expressed puromycin-sensitive aminopeptidase (PSA) as a binding partner of the obligatory VRAC subunit SWELL1 (also known as LRRC8A) and determine the cryo-electron microscopy structure of the SWELL1-PSA complex. Three PSA molecules bind a single SWELL1 hexamer, coupling adjacent leucine-rich repeat (LRR) domains into local dimers. Functionally, PSA overexpression suppresses VRAC activation, whereas PSA deletion dramatically elevates basal channel activity. Notably, PSA's modulation of VRACs requires physical binding but not aminopeptidase activity, indicating a structural mechanism. Our findings identify PSA as an auxiliary subunit of VRACs, highlight the role of intracellular LRR domains in allosteric channel gating, and suggest a strategy to tune VRAC function in diverse physiological contexts, including 2'3'-cyclic GMP-AMP (cGAMP) transport and downstream stimulator of interferon genes (STING) signaling.
履歴
登録2025年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年12月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12025年12月24日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年12月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update
改定 1.22025年12月31日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
G: Puromycin-sensitive aminopeptidase
I: Puromycin-sensitive aminopeptidase
H: Puromycin-sensitive aminopeptidase
A: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
B: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
E: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
F: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
C: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
D: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)868,4499
ポリマ－868,4499
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質 Puromycin-sensitive aminopeptidase / PSA / Cytosol alanyl aminopeptidase / AAP-S


分子量: 99482.414 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NPEPPS, PSA / 細胞株 (発現宿主): ExpiSf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P55786, cytosol alanyl aminopeptidase
#2: タンパク質
Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A / Leucine-rich repeat-containing protein 8A / HsLRRC8A / Swelling protein 1


分子量: 95000.328 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRRC8A, KIAA1437, LRRC8, SWELL1, UNQ221/PRO247 / 細胞株 (発現宿主): ExpiSf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8IWT6
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Heterocomplex of SWELL1 and PSA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.03% GDN
緩衝液成分濃度: 150 mM / 名称: sodium chloride / 式: NaCl
試料濃度: 3.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.6.0粒子像選択
4cryoSPARC4.6.0CTF補正
10cryoSPARC4.6.0初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.6.0最終オイラー角割当
13cryoSPARC4.6.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 240320 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る