PDB-9nzz: Adeno-associated virus 9 variant AAV9.AAA.VQVGRTS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9nzz

タイトル

Adeno-associated virus 9 variant AAV9.AAA.VQVGRTS

要素

Capsid protein VP1

キーワード

VIRUS LIKE PARTICLE / parvovirus / virion / targeting / engineered

機能・相同性

Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein VP1

機能・相同性情報

生物種

Adeno-associated virus 9 (アデノ随伴ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Choi, H. / Hou, C.F.D. / Firnberg, E. / Wei, H. / Petrou, V.I. / Kaelber, J.T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Performance of low-voltage cryo-electron microscopes
著者: Choi, H. / Hou, C.F.D. / Firnberg, E. / Wei, H. / Petrou, V.I. / Kaelber, J.T.

履歴

登録	2025年4月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月23日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9nzz.cif.gz	122.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9nzz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9nzz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/9nzz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/9nzz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	49965MC 49970C 49971C 9o0eC 9o0fC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#125 - 2010年5月パルボウイルス (Parvoviruses) 類似性 (7) #2 - 2000年2月バクテリオファージφX174 (Bacteriophage phiX174) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Capsid protein VP1

59.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Capsid protein VP1

x 60

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
3.54 MDa, 60 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

#1: タンパク質	Capsid protein VP1 分子量: 59074.168 Da / 分子数: 1 / 変異: N496A N497A N498A 455VQVGRTS / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Adeno-associated virus 9 (アデノ随伴ウイルス) 株: AAA.NVG7 / 遺伝子: cap / Variant: AAA.NVG7 / プラスミド: pRGX.CMV / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6JC40
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Adeno-associated virus 9 / タイプ: VIRUS
詳細: NNN495-497AAA triple point mutation and insertion after S454 of VQVGRTS
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT

分子量

値: 5 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Adeno-associated virus 9 (アデノ随伴ウイルス)
株: AAA.NVG7

由来(組換発現)

生物種:

Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293 / プラスミド: pRGX.CMV

ウイルスについての詳細

中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE

天然宿主

生物種: Homo sapiens

ウイルス殻

直径: 226 nm / 三角数 (T数): 1

緩衝液

pH: 7.4 / 詳細: PBS pH 7.4

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	0.2 g/L	potassium chloride	KCl	1
2	0.2 g/L	monopotassium phosphate	KH₂PO₄	1
3	8 g/L	sodium chloride	NaCl	1
4	1.15 g/L	disodium phosphate	Na₂HPO₄	1

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Concentration ~10^14 gc/mL

試料支持

グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 298 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm / Calibrated defocus min: 400 nm / 最大デフォーカス（補正後）: 1700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 28.36 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2685
画像スキャン	横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC	4	粒子像選択
2	SerialEM	3	画像取得
4	cryoSPARC	4	CTF補正
10	cryoSPARC	4	最終オイラー角割当
12	cryoSPARC	4	３次元再構成
13	PHENIX	1.19.2	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 67287

対称性

点対称性: I (正20面体型対称)

3次元再構成

解像度: 1.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 66738 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

PDB-ID: 7MTZ

7mtz

PDB chain-ID: A / Accession code: 7MTZ / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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