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万見
- PDB-9nel: The flexible portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9nel
タイトルThe flexible portion of Cryo-EM structure of Herpesvirus Helicase-Primase complex with amenamevir
要素
  • DNA primase
  • DNA replication helicase
キーワードREPLICATION / TRANSFERASE/INHIBITOR / Inhibitor / Herpesvirus / Helicase / Primase / Pritelivir / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA replication / hydrolase activity / host cell nucleus / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA replication helicase domain / DNA replication helicase, Herpesvirus / Helicase / DNA primase / Herpesviridae UL52/UL70 DNA primase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA replication helicase / DNA primase
類似検索 - 構成要素
生物種Herpesviridae (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Yao, Q. / Yu, X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2025
タイトル: Structural and mechanistic insights into herpesvirus helicase-primase and its therapeutic inhibitors.
著者: Qing Yao / Alexandre Mercier / Arabinda Nayak / Lindsey May / Pui Yan Ho / Ariel Lewis-Ballester / Varsha Nair / Annapurna Sapre / Thomas Aeschbacher / Jit Mukherjee / Christopher Richards / ...著者: Qing Yao / Alexandre Mercier / Arabinda Nayak / Lindsey May / Pui Yan Ho / Ariel Lewis-Ballester / Varsha Nair / Annapurna Sapre / Thomas Aeschbacher / Jit Mukherjee / Christopher Richards / Roberto Mateo / Aesop Cho / Eric Lansdon / Xinchao Yu /
要旨: The herpes simplex virus (HSV) helicase-primase (HP) complex is a promising anti-herpes therapeutic target. However, progress in developing highly effective small-molecule HP inhibitors (HPIs) for ...The herpes simplex virus (HSV) helicase-primase (HP) complex is a promising anti-herpes therapeutic target. However, progress in developing highly effective small-molecule HP inhibitors (HPIs) for the treatment of genital herpes has been hindered by the lack of structural information on the HP complex and the incomplete understanding of the mechanism of action of HPIs. Here we present the cryogenic electron microscopy structure of the HSV-1 HP apo-complex (3.8 Å), along with structures bound to pritelivir (3.2 Å) and amenamevir (3.2 Å)-two clinically active, chemically distinct HPIs. The potency of both inhibitors against HSV variants bearing mutations within the HPI binding pocket supports the high-resolution mapping of key molecular interactions while revealing residues that govern their antiviral spectrum against alphaherpesviruses. Our results provide important insight into the unique architecture of the HP complex and the mechanism of inhibition of HPIs, paving the way for the development of next-generation antivirals to treat herpesvirus infections.
履歴
登録2025年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月13日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年2月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12026年2月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA primase
B: DNA replication helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,8393
ポリマ－209,3562
非ポリマー4831
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 DNA primase


分子量: 114602.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Herpesviridae (ウイルス) / 遺伝子: UL52
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P10236, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: タンパク質 DNA replication helicase


分子量: 94753.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Herpesviridae (ウイルス) / 遺伝子: HELI, UL5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P10189, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#3: 化合物 ChemComp-A1BXD / Amenamevir


分子量: 482.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H26N4O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The ternary complex of HSV-1 UL8/UL52/UL5 helicase-primase complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Herpesviridae (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
11cryoSPARC2.11最終オイラー角割当
13RELION5３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 115543 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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