PDB-9mta: Cryo-EM structure of the human TRPM4 channel in an apo closed state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9mta

タイトル

Cryo-EM structure of the human TRPM4 channel in an apo closed state

要素

Transient receptor potential cation channel subfamily M member 4

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TRPM4 / Ion channel

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of atrial cardiac muscle cell action potential / positive regulation of regulation of vascular associated smooth muscle cell membrane depolarization / sodium channel complex / regulation of T cell cytokine production / membrane depolarization during AV node cell action potential / membrane depolarization during bundle of His cell action potential / membrane depolarization during Purkinje myocyte cell action potential / negative regulation of bone mineralization / metal ion transport / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å

データ登録者

Teixeira-Duarte, C.M. / Jiang, Y.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35 GM140892	米国
Welch Foundation	I-1578	米国

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2025
タイトル: Structural landscape of activation, desensitization and inhibition in the human TRPM4 channel
著者: Teixeira-Duarte, C.M. / Zeng, W. / Jiang, Y.

履歴

登録	2025年1月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9mta.cif.gz	778 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9mta.ent.gz	626.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9mta.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9mta_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9mta_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	9mta_validation.xml.gz	103.7 KB	表示
CIF形式データ	9mta_validation.cif.gz	158.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/9mta ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/9mta	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	48604MC 48563C 48603C 48605C 9mrtC 9mt8C 9mtcC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 4

B: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 4

C: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 4

D: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 4

538 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Transient receptor potential cation channel subfamily M member 4 / hTRPM4 / Calcium-activated non-selective cation channel 1 / Long transient receptor potential ...hTRPM4 / Calcium-activated non-selective cation channel 1 / Long transient receptor potential channel 4 / LTrpC4 / Melastatin-4 分子量: 134456.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRPM4, LTRPC4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TD43
Has protein modification	N

#1: タンパク質

Transient receptor potential cation channel subfamily M member 4 / hTRPM4 / Calcium-activated non-selective cation channel 1 / Long transient receptor potential ...

分子量: 134456.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRPM4, LTRPC4 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TD43

Has protein modification

N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: human TRPM4 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア	名称: PHENIX / バージョン: 1.21.2_5419 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 78427 / 対称性のタイプ: POINT
精密化	交差検証法: NONE

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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