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- PDB-9mlc: Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome activate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mlc
タイトルPol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome activated elongation complex Composite map T
要素
  • (DNA (194-MER)) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerase II subunit ...) x 5
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 3
  • (RNA polymerase II subunit ...) x 2
  • (RNA polymerase-associated protein ...) x 3
  • (Transcription elongation factor ...) x 5
  • DNA-directed RNA polymerase subunit beta
  • Parafibromin
  • Protein IWS1 homolog
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*CP*UP*GP*GP*GP*UP*GP*GP*UP*G)-3')
  • RNA polymerase II-associated factor 1 homolog
  • RPOL4c domain-containing protein
  • WDR61
キーワードTRANSCRIPTION / polymerase / elongation factor / nucleosome
機能・相同性
機能・相同性情報


B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / blastocyst growth / Ski complex / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease ...B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / blastocyst growth / Ski complex / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / inner cell mass cell differentiation / positive regulation of mRNA 3'-end processing / regulation of mRNA export from nucleus / Cdc73/Paf1 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / endodermal cell fate commitment / negative regulation of myeloid cell differentiation / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / regulation of mRNA processing / DSIF complex / trophectodermal cell differentiation / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / blastocyst hatching / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA 3'-end processing / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / poly(A)+ mRNA export from nucleus / transcription factor TFIID complex / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / interleukin-6-mediated signaling pathway / stem cell population maintenance / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of gene expression, epigenetic / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II complex binding / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / positive regulation of macroautophagy / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / protein localization to nucleus / positive regulation of Wnt signaling pathway / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / RNA polymerase I complex / negative regulation of fibroblast proliferation / RNA polymerase III complex / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / transcription by RNA polymerase I / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / rescue of stalled cytosolic ribosome / DNA-directed RNA polymerase complex / SH2 domain binding / RNA splicing / transcription elongation factor complex / erythrocyte differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / regulation of cell growth / transcription elongation by RNA polymerase II / DNA-templated transcription initiation / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / euchromatin / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex
類似検索 - 分子機能
Paf1 complex subunit Cdc73, N-terminal domain / Paf1 complex subunit CDC73 N-terminal / : / Leo1-like protein / Leo1-like protein / RNA polymerase II associated factor Paf1 / Paf1 / Cdc73/Parafibromin / RNA polymerase-associated protein Ctr9 / Cell division control protein 73, C-terminal ...Paf1 complex subunit Cdc73, N-terminal domain / Paf1 complex subunit CDC73 N-terminal / : / Leo1-like protein / Leo1-like protein / RNA polymerase II associated factor Paf1 / Paf1 / Cdc73/Parafibromin / RNA polymerase-associated protein Ctr9 / Cell division control protein 73, C-terminal / Cell division control protein 73, C-terminal domain superfamily / : / RNA pol II accessory factor, Cdc73 family, C-terminal / Transcription elongation factor, TFIIS / Transcription elongation factor, IIS-type / Transcription elongation factor 1 / Transcription elongation factor 1 superfamily / Transcription elongation factor Elf1 like / Transcription factor S-II (TFIIS), central domain / Domain in the central regions of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Transcription elongation factor S-II, central domain / Transcription elongation factor S-II, central domain superfamily / TFIIS central domain profile. / Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Spt5, KOW domain repeat 6 / Transcription elongation factor SPT5, seventh KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, sixth KOW domain / Tetratricopeptide repeat / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / TFIIS N-terminal domain profile. / Transcription factor IIS, N-terminal / TFIIS helical bundle-like domain / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Transcription elongation factor SPT5, second KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fifth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, KOWx domain / Transcription elongation factor SPT5, KOW1 domain / Transcription elongation factor SPT5, fourth KOW domain / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5 C-terminal domain / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / Tetratricopeptide repeat / TFIIS/LEDGF domain superfamily / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / Tetratricopeptide repeat / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 ...DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerase II subunit J / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / Transcription elongation factor SPT5 / Transcription elongation factor A protein 1 / Transcription elongation factor 1 homolog / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Transcription elongation factor SPT4 / Parafibromin / RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog / RNA polymerase II-associated factor 1 homolog / RNA polymerase-associated protein LEO1 / Protein IWS1 homolog / Superkiller complex protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Sus scrofa (ブタ)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Syau, D. / Farnung, L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Richard and Susan Smith Family Foundation 米国
Damon Runyon Cancer Research Foundation 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)DP2-ES036404 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and function of IWS1 in transcription elongation
著者: Syau, D. / Farnung, L.
履歴
登録2024年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
D: RPOL4c domain-containing protein
E: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
G: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: RNA polymerase II subunit J
L: RNA polymerase II subunit K
M: Transcription elongation factor SPT6
N: DNA (194-MER)
O: Transcription elongation factor 1 homolog
P: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*CP*UP*GP*GP*GP*UP*GP*GP*UP*G)-3')
Q: RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog
R: RNA polymerase-associated protein RTF1 homolog
S: Transcription elongation factor A protein 1
T: DNA (194-MER)
U: RNA polymerase-associated protein LEO1
V: RNA polymerase II-associated factor 1 homolog
W: WDR61
X: Parafibromin
Y: Transcription elongation factor SPT4
Z: Transcription elongation factor SPT5
i: Protein IWS1 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,593,94738
ポリマ－1,593,26927
非ポリマー67811
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 5種, 5分子 ACEGI

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1


分子量: 218920.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3


分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A481DF93
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit E / RPB5


分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VTX4
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7


分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VKG7
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 ...RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 kDa subunit / RPB14.5


分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P60899

-
タンパク質 , 6種, 6分子 BDVWXi

#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 147938.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LGP4, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 RPOL4c domain-containing protein


分子量: 20962.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1GCS3
#22: タンパク質 RNA polymerase II-associated factor 1 homolog / hPAF1 / Pancreatic differentiation protein 2


分子量: 60052.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAF1, PD2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8N7H5
#23: タンパク質 WDR61


分子量: 33617.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9GZS3
#24: タンパク質 Parafibromin / Cell division cycle protein 73 homolog / Hyperparathyroidism 2 protein


分子量: 60673.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC73, C1orf28, HRPT2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6P1J9
#27: タンパク質 Protein IWS1 homolog / IWS1-like protein


分子量: 92094.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IWS1, IWS1L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96ST2

-
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 3種, 3分子 FHJ

#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit F / RPB6 homolog


分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VEK9
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3


分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1AQR7
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5


分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8W4F9W9

-
RNA polymerase II subunit ... , 2種, 2分子 KL

#11: タンパク質 RNA polymerase II subunit J


分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D0TE17
#12: タンパク質 RNA polymerase II subunit K


分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TRS6

-
Transcription elongation factor ... , 5種, 5分子 MOSYZ

#13: タンパク質 Transcription elongation factor SPT6


分子量: 199330.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#15: タンパク質 Transcription elongation factor 1 homolog


分子量: 9475.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60002
#19: タンパク質 Transcription elongation factor A protein 1 / Transcription elongation factor S-II protein 1 / Transcription elongation factor TFIIS.o


分子量: 34022.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCEA1, GTF2S, TFIIS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23193
#25: タンパク質 Transcription elongation factor SPT4 / hSPT4 / DRB sensitivity-inducing factor 14 kDa subunit / DSIF p14 / DRB sensitivity-inducing factor ...hSPT4 / DRB sensitivity-inducing factor 14 kDa subunit / DSIF p14 / DRB sensitivity-inducing factor small subunit / DSIF small subunit


分子量: 13210.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT4H1, SPT4H, SUPT4H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63272
#26: タンパク質 Transcription elongation factor SPT5 / hSPT5 / DRB sensitivity-inducing factor 160 kDa subunit / DSIF p160 / DRB sensitivity-inducing ...hSPT5 / DRB sensitivity-inducing factor 160 kDa subunit / DSIF p160 / DRB sensitivity-inducing factor large subunit / DSIF large subunit / Tat-cotransactivator 1 protein / Tat-CT1 protein


分子量: 121145.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT5H, SPT5, SPT5H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00267

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#14: DNA鎖 DNA (194-MER)


分子量: 63984.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#20: DNA鎖 DNA (194-MER)


分子量: 66042.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 P

#16: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*GP*UP*CP*UP*GP*GP*GP*UP*GP*GP*UP*G)-3')


分子量: 12544.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
RNA polymerase-associated protein ... , 3種, 3分子 QRU

#17: タンパク質 RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog / SH2 domain-binding protein 1


分子量: 133715.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTR9, KIAA0155, SH2BP1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6PD62
#18: タンパク質 RNA polymerase-associated protein RTF1 homolog


分子量: 80460.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#21: タンパク質 RNA polymerase-associated protein LEO1 / Replicative senescence down-regulated leo1-like protein


分子量: 75514.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LEO1, RDL / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8WVC0

-
非ポリマー , 2種, 11分子

#28: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#29: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#27 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 1.7 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
31Xenopus laevis (アフリカツメガエル)8355
41Sus scrofa (ブタ)9823
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
31Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidHEPES1
250 mMsodium chlorideNaCl1
33 mMmagnesium chlorideMgCl21
41 mM(tris(2-carboxyethyl)phosphine)TCEP1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 30 mA with 10 s hold time / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影平均露光時間: 4.21 sec. / 電子線照射量: 37 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 30316
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / 位相板: VOLTA PHASE PLATE

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC3.2.0粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC3.2.0CTF補正
7UCSF ChimeraX1.7-1.9モデルフィッティング
9cryoSPARC3.2.0初期オイラー角割当
10cryoSPARC3.2.0最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.2.0３次元再構成
13Warp３次元再構成Frankenmap was used to generate composite model
14PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4597368
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 762523 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 63.2 / プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
16TED

6ted

16TED1PDBexperimental model
29EGZ

9egz

19EGZ2PDBexperimental model
36S01

6s01

16S013PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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