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- PDB-9meu: CXCR4 tetramer bound to 4 CXCL12 dimers -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9meu
タイトルCXCR4 tetramer bound to 4 CXCL12 dimers
要素
  • C-X-C chemokine receptor type 4
  • Stromal cell-derived factor 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / CXCR4 / CXCL12
機能・相同性
機能・相同性情報


telencephalon cell migration / chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / response to ultrasound / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / regulation of actin polymerization or depolymerization / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / myosin light chain binding / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / Specification of primordial germ cells ...telencephalon cell migration / chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / response to ultrasound / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / regulation of actin polymerization or depolymerization / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / myosin light chain binding / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / Specification of primordial germ cells / chemokine receptor binding / myelin maintenance / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / Developmental Lineage of Multipotent Pancreatic Progenitor Cells / CXCR chemokine receptor binding / C-X-C chemokine receptor activity / positive regulation of vasculature development / Signaling by ROBO receptors / induction of positive chemotaxis / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / Formation of definitive endoderm / integrin activation / positive regulation of dopamine secretion / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to chemokine / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / positive regulation of monocyte chemotaxis / anchoring junction / chemokine activity / blood circulation / Chemokine receptors bind chemokines / dendritic cell chemotaxis / positive regulation of calcium ion import / cellular response to cytokine stimulus / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / cell leading edge / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / animal organ regeneration / Binding and entry of HIV virion / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of T cell migration / Nuclear signaling by ERBB4 / regulation of cell adhesion / coreceptor activity / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of neuron differentiation / neurogenesis / positive regulation of cell adhesion / axon guidance / chemokine-mediated signaling pathway / adult locomotory behavior / growth factor activity / cell chemotaxis / ubiquitin binding / calcium-mediated signaling / defense response / brain development / response to peptide hormone / integrin binding / G protein-coupled receptor activity / neuron migration / response to virus / chemotaxis / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / intracellular calcium ion homeostasis / late endosome / positive regulation of cold-induced thermogenesis / virus receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / extracellular matrix / actin binding / cytoplasmic vesicle / Estrogen-dependent gene expression / G alpha (i) signalling events / response to hypoxia / early endosome / lysosome / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / : / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 4 N-terminal domain / CXCR4 Chemokine receptor N terminal / CXC chemokine receptor 4/atypical chemokine receptor 2 / CXC Chemokine domain / Chemokine receptor family / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like ...CXC chemokine receptor 4 N-terminal domain / CXCR4 Chemokine receptor N terminal / CXC chemokine receptor 4/atypical chemokine receptor 2 / CXC Chemokine domain / Chemokine receptor family / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / : / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Stromal cell-derived factor 1 / C-X-C chemokine receptor type 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Zhang, Z. / Patel, D.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30 CA008748 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: CXCR4 mediated recognition of HIV envelope spike and inhibition by CXCL12.
著者: Zhiying Zhang / Hongwei Zhang / Lyuqin Zheng / Shihua Chen / Shuo Du / Junyu Xiao / Dinshaw J Patel /
要旨: CCR5 and CXCR4 both act as HIV co-receptors, though CXCR4 is less explored. CXCR4 binds the chemokine CXCL12 to regulate cellular processes and mediate HIV entry, a process that CXCL12 inhibits. ...CCR5 and CXCR4 both act as HIV co-receptors, though CXCR4 is less explored. CXCR4 binds the chemokine CXCL12 to regulate cellular processes and mediate HIV entry, a process that CXCL12 inhibits. Using cryo-EM, we investigate HIV-2 envelope (Env) spike recognition by CXCR4 and how CXCL12 inhibit this interaction. We discover that CXCR4 unexpected forms a tetramer, both alone and in complex. It binds CXCL12 with 4:8 and 8:8 stoichiometries, with the CXCL12 N-terminus inserting into the CXCR4 pocket. Structures of CXCR4-gp120 complex show one or two gp120 molecules per CXCR4 tetramer, with the V3 loop occupying the major sub-pocket of CXCR4 through deep embedment of its GFKF motif. The CXCL12 N-terminus chashes with gp120 V3 loops, explain its inhibitory effect. Docking analyses of other HIV antagonists further clarify their mechanisms. The CXCR4-gp120 model illustrate how V3 loop residues define co-receptor specificity, offering insights into co-receptor switching and therapeutic design.
履歴
登録2024年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年3月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12026年3月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: C-X-C chemokine receptor type 4
A: C-X-C chemokine receptor type 4
N: Stromal cell-derived factor 1
O: Stromal cell-derived factor 1
C: C-X-C chemokine receptor type 4
D: C-X-C chemokine receptor type 4
P: Stromal cell-derived factor 1
M: Stromal cell-derived factor 1
J: Stromal cell-derived factor 1
F: Stromal cell-derived factor 1
G: Stromal cell-derived factor 1
H: Stromal cell-derived factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,32412
ポリマ－240,32412
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
C-X-C chemokine receptor type 4 / CXC-R4 / CXCR-4 / FB22 / Fusin / HM89 / LCR1 / Leukocyte-derived seven transmembrane domain ...CXC-R4 / CXCR-4 / FB22 / Fusin / HM89 / LCR1 / Leukocyte-derived seven transmembrane domain receptor / LESTR / Lipopolysaccharide-associated protein 3 / LAP-3 / LPS-associated protein 3 / NPYRL / Stromal cell-derived factor 1 receptor / SDF-1 receptor


分子量: 40784.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCR4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61073
#2: タンパク質
Stromal cell-derived factor 1 / SDF-1 / hSDF-1 / C-X-C motif chemokine 12 / Intercrine reduced in hepatomas / IRH / hIRH / Pre-B ...SDF-1 / hSDF-1 / C-X-C motif chemokine 12 / Intercrine reduced in hepatomas / IRH / hIRH / Pre-B cell growth-stimulating factor / PBSF


分子量: 9648.379 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCL12, SDF1, SDF1A, SDF1B / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P48061
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CXCR4 tetramer with 4 CXCL12 dimers / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 52.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 181836 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.46 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00512297
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.87916800
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.0531746
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0512031
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0072090

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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