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万見
- PDB-9lon: Cryo-EM structure of alpha-synuclein P8 fibril -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9lon
タイトルCryo-EM structure of alpha-synuclein P8 fibril
要素Alpha-synuclein
キーワードPROTEIN FIBRIL / amyloid
機能・相同性
機能・相同性情報


PKR-mediated signaling / regulation of neurotransmitter secretion / platelet alpha granule membrane / membrane organization / synaptic transmission, dopaminergic / neutral lipid metabolic process / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / response to desipramine ...PKR-mediated signaling / regulation of neurotransmitter secretion / platelet alpha granule membrane / membrane organization / synaptic transmission, dopaminergic / neutral lipid metabolic process / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / response to desipramine / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber / arachidonate binding / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of protein localization to cell periphery / mitochondrial membrane organization / negative regulation of exocytosis / regulation of glutamate secretion / dopamine biosynthetic process / response to iron(II) ion / positive regulation of neurotransmitter secretion / regulation of macrophage activation / negative regulation of dopamine metabolic process / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / SNARE complex assembly / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / regulation of locomotion / negative regulation of microtubule polymerization / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / synaptic vesicle priming / regulation of norepinephrine uptake / transporter regulator activity / dopamine metabolic process / synaptic vesicle transport / protein complex oligomerization / regulation of dopamine secretion / positive regulation of receptor recycling / positive regulation of exocytosis / cuprous ion binding / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / nuclear outer membrane / dynein complex binding / response to magnesium ion / synaptic vesicle exocytosis / positive regulation of endocytosis / regulation of neuronal synaptic plasticity / negative regulation of serotonin uptake / response to type II interferon / kinesin binding / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / regulation of presynapse assembly / positive regulation of synaptic transmission / synaptic vesicle endocytosis / alpha-tubulin binding / beta-tubulin binding / phospholipase binding / phospholipid metabolic process / behavioral response to cocaine / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / inclusion body / Hsp70 protein binding / enzyme inhibitor activity / response to interleukin-1 / axon terminus / cytoplasmic vesicle membrane / cellular response to copper ion / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of microtubule cytoskeleton organization / SNARE binding / adult locomotory behavior / glutathione metabolic process / protein tetramerization / excitatory postsynaptic potential / protein sequestering activity / phosphoprotein binding / microglial cell activation / ferrous iron binding / fatty acid metabolic process / synapse organization / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / receptor internalization / phospholipid binding / protein destabilization / tau protein binding / enzyme activator activity / terminal bouton / positive regulation of inflammatory response / synaptic vesicle / long-term synaptic potentiation / synaptic vesicle membrane / actin cytoskeleton / growth cone / presynapse / actin binding / cellular response to oxidative stress / neuron apoptotic process / cell cortex / histone binding
類似検索 - 分子機能
Synuclein / Alpha-synuclein / Synuclein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Xia, W.C. / Liu, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2025
タイトル: Fibril fuzzy coat is important for α-synuclein pathological transmission activity.
著者: Yuliang Han / Juan Li / Wencheng Xia / Qintong Li / Zihan Sun / Wen Zeng / Yingxin Hu / Kelvin C Luk / Cong Liu / ShengQi Xiang / Zhuohao He /
要旨: α-synuclein transmission and propagation are hallmarks of synucleinopathies, yet the molecular mechanisms remain elusive. Using α-synuclein preformed fibrils as pathological seeds, we observed a ...α-synuclein transmission and propagation are hallmarks of synucleinopathies, yet the molecular mechanisms remain elusive. Using α-synuclein preformed fibrils as pathological seeds, we observed a gradual decline in neuronal transmission activity during serial propagation. Fibril polymorphisms were identified from the initial generation: mini-P, with higher neuronal seeding activity, and mini-S, which accelerated recombinant α-synuclein aggregation. Changes in their proportions during propagation explained the overall decline in transmission activity. Cryoelectron microscopy and solid-state nuclear magnetic resonance revealed that both fibrils shared similar core regions but differed in their fuzzy coat flexibilities. The interaction between the fuzzy coat and fibril core substantially influenced neuronal transmission, a model further supported by hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry. A mini-P-selective antibody identified active fibril types in newly propagated brain regions in human synucleinopathies. This study highlights the fuzzy coat's pivotal role in pathological protein transmission and suggests it as a potential therapeutic target for synucleinopathies.
履歴
登録2025年1月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-synuclein
B: Alpha-synuclein
C: Alpha-synuclein
E: Alpha-synuclein
D: Alpha-synuclein
F: Alpha-synuclein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0076
ポリマ－87,0076
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Alpha-synuclein / Non-A beta component of AD amyloid / Non-A4 component of amyloid precursor / NACP


分子量: 14501.185 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Snca, Syn / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: O55042
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of alpha-synuclein P8 fibril / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 55 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: 179.58 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.4 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 112926 / 対称性のタイプ: HELICAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0092784
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5643762
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.3581632
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.051492
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.002468

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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