PDB-9lli: Cryo-EM structure of D1R in complex with de novo designed GEM tar...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 9lli

タイトル

Cryo-EM structure of D1R in complex with de novo designed GEM targeting TM1/2/4 and GEM targeting TM3/4/5, and negative allosteric GEM targeting TM5/6/7

要素

D(1A) dopamine receptor
De novo designed GPCR exoframe modulator targeting TM1/2/4
De novo designed GPCR exoframe modulator targeting TM3/4/5
De novo designed negative allosteric GPCR exoframe modulator targeting TM5/6/7

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / GPCR / GEM / GPCR exoframe modulator / D1R

機能・相同性

機能・相同性情報

dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gs / dopamine neurotransmitter receptor activity / cerebral cortex GABAergic interneuron migration / Dopamine receptors / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / dopamine binding / operant conditioning / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / heterotrimeric G-protein binding / peristalsis ...dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gs / dopamine neurotransmitter receptor activity / cerebral cortex GABAergic interneuron migration / Dopamine receptors / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / dopamine binding / operant conditioning / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / heterotrimeric G-protein binding / peristalsis / G protein-coupled receptor complex / modification of postsynaptic structure / positive regulation of neuron migration / habituation / grooming behavior / regulation of dopamine metabolic process / astrocyte development / sensitization / striatum development / dopamine transport / dentate gyrus development / positive regulation of potassium ion transport / conditioned taste aversion / maternal behavior / arrestin family protein binding / non-motile cilium / long-term synaptic depression / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / mating behavior / adult walking behavior / : / ciliary membrane / temperature homeostasis / dopamine metabolic process / transmission of nerve impulse / G-protein alpha-subunit binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / behavioral fear response / neuronal action potential / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / behavioral response to cocaine / synapse assembly / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / response to amphetamine / synaptic transmission, glutamatergic / visual learning / G protein-coupled receptor activity / vasodilation / GABA-ergic synapse / memory / protein import into nucleus / long-term synaptic potentiation / cellular response to catecholamine stimulus / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / dendritic spine / postsynaptic membrane / positive regulation of MAPK cascade / cilium / positive regulation of cell migration / response to xenobiotic stimulus / endoplasmic reticulum membrane / glutamatergic synapse / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Guo, J. / Zhou, Y. / Cheng, S. / Zhang, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: GPCR exoframe modulators
著者: Cheng, S. / Guo, J. / Zhou, Y. / Zhang, Y.

履歴

登録	2025年1月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2026年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月4日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月4日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月4日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月4日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月4日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2026年3月4日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9lli.cif.gz	128.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9lli.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9lli.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/9lli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/9lli	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	63203MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (6) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (6) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (6) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (6) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (6) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (6) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (6)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (6)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (6)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (6)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (6)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (6)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (6)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (6)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (6)

登録構造単位

R: D(1A) dopamine receptor

O: De novo designed GPCR exoframe modulator targeting TM1/2/4

P: De novo designed GPCR exoframe modulator targeting TM3/4/5

Q: De novo designed negative allosteric GPCR exoframe modulator targeting TM5/6/7

ヘテロ分子

88.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	D(1A) dopamine receptor / Dopamine D1 receptor 分子量: 57222.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DRD1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21728
#2: タンパク質	De novo designed GPCR exoframe modulator targeting TM1/2/4 分子量: 11438.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: タンパク質	De novo designed GPCR exoframe modulator targeting TM3/4/5 分子量: 8862.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#4: タンパク質	De novo designed negative allosteric GPCR exoframe modulator targeting TM5/6/7 分子量: 10962.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#5: 化合物	ChemComp-A1EKL / Flupentixol 分子量: 434.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₅F₃N₂OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Complex of D1R with de novo designed GEM targetingTM1/2/4 and GEM targeting TM3/4/5, and negative allosteric GEM targeting TM5/6/7 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影	電子線照射量: 52 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
1	RELION	粒子像選択
13	cryoSPARC	３次元再構成

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 314295 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

最高解像度: 3 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	4574
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.553	6211
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	10.171	1621
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.036	758
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.005	719

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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