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万見
- PDB-9la9: Munc13-4-Rab27a complex with GppNHp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9la9
タイトルMunc13-4-Rab27a complex with GppNHp
要素
  • Protein unc-13 homolog D
  • Ras-related protein Rab-27A
キーワードEXOCYTOSIS / Vesicle tethering / Familial hemophagocytic lymphohistiocytosis type 3 /FHL3 / Griscelli syndrome type 2 /GS2
機能・相同性
機能・相同性情報


multivesicular body organization / cytotoxic T cell degranulation / positive regulation of constitutive secretory pathway / positive regulation of regulated secretory pathway / granuloma formation / melanosome localization / natural killer cell degranulation / exosomal secretion / regulation of mast cell degranulation / Weibel-Palade body ...multivesicular body organization / cytotoxic T cell degranulation / positive regulation of constitutive secretory pathway / positive regulation of regulated secretory pathway / granuloma formation / melanosome localization / natural killer cell degranulation / exosomal secretion / regulation of mast cell degranulation / Weibel-Palade body / exocytic vesicle / multivesicular body sorting pathway / melanocyte differentiation / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / melanosome membrane / melanosome transport / multivesicular body membrane / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / complement-dependent cytotoxicity / germinal center formation / Insulin processing / synaptic vesicle transport / antigen processing and presentation / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / exocytosis / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / positive regulation of exocytosis / protein secretion / photoreceptor outer segment / phagocytosis / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / secretion / positive regulation of phagocytosis / secretory granule / small monomeric GTPase / recycling endosome / small GTPase binding / specific granule lumen / blood coagulation / GDP binding / azurophil granule lumen / melanosome / late endosome / G protein activity / defense response to virus / lysosome / apical plasma membrane / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / dendrite / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / GTP binding / Golgi apparatus / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Rab27a/b / Mammalian uncoordinated homology 13, domain 2 / Munc13-homology domain 2 (MHD2) profile. / MUN domain / Munc13 homology 1 / MUN domain / Munc13-homology domain 1 (MHD1) profile. / : / Small GTPase Rab domain profile. ...: / Rab27a/b / Mammalian uncoordinated homology 13, domain 2 / Munc13-homology domain 2 (MHD2) profile. / MUN domain / Munc13 homology 1 / MUN domain / Munc13-homology domain 1 (MHD1) profile. / : / Small GTPase Rab domain profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / C2 domain superfamily / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ras-related protein Rab-27A / Protein unc-13 homolog D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.38 Å
データ登録者Zheng, X. / Liu, C.Q. / Wang, S. / Guan, J.L. / He, J. / Ma, C.
資金援助 中国, 6件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32225024, 92254302 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2022YFA1206001 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32241021 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32170189 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)3231163669 中国
Other private2024A04J6348
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Munc13-4 mediates tumor immune evasion by regulating the sorting and secretion of PD-L1 via exosomes
著者: Liu, C.Q. / Liu, D.X. / Zheng, X. / Guan, J.L. / Zhou, X.Y. / Zhang, H.K. / Wang, S. / Li, Q.B. / Gan, L. / He, J. / Ma, C.
履歴
登録2025年1月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein unc-13 homolog D
B: Ras-related protein Rab-27A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,8583
ポリマ－156,3362
非ポリマー5221
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Protein unc-13 homolog D / Munc13-4


分子量: 126816.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UNC13D
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q70J99
#2: タンパク質 Ras-related protein Rab-27A / Rab-27 / GTP-binding protein Ram


分子量: 29520.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB27A, RAB27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51159, small monomeric GTPase
#3: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Munc13-4-Rab27a complex with GppNHpCOMPLEX#1-#20RECOMBINANT
2Munc13-4COMPLEX#21RECOMBINANT
3Rab27aCOMPLEX#21RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
32Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
43Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 8.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
4cryoSPARCCTF補正
9PHENIX1.20.1_4487モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 102381 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
精密化最高解像度: 4.38 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0059430
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.94512785
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.7731253
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.051443
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0071662

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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