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- PDB-9kzc: Cryo-EM structure of the LGI1 LRR-LGI1 EPTP-ADAM22 ECD complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9kzc
タイトルCryo-EM structure of the LGI1 LRR-LGI1 EPTP-ADAM22 ECD complex
要素
  • Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 22
  • Leucine-rich glioma-inactivated protein 1
キーワードCELL ADHESION / epilepsy / synapse / adam / eptp / ed40
機能・相同性
機能・相同性情報


LGI-ADAM interactions / negative regulation of cell adhesion / axon initial segment / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of synaptic transmission / synaptic cleft / axon guidance / central nervous system development / postsynaptic density membrane / metalloendopeptidase activity ...LGI-ADAM interactions / negative regulation of cell adhesion / axon initial segment / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of synaptic transmission / synaptic cleft / axon guidance / central nervous system development / postsynaptic density membrane / metalloendopeptidase activity / neuron projection development / integrin binding / nervous system development / positive regulation of cell growth / cell adhesion / axon / signaling receptor binding / dendrite / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich glioma-inactivated , EPTP repeat / EAR / : / EPTP domain / EAR repeat profile. / ADAM cysteine-rich / ADAM, cysteine-rich domain / ADAM Cysteine-Rich Domain / Disintegrin, conserved site / Disintegrins signature. ...Leucine-rich glioma-inactivated , EPTP repeat / EAR / : / EPTP domain / EAR repeat profile. / ADAM cysteine-rich / ADAM, cysteine-rich domain / ADAM Cysteine-Rich Domain / Disintegrin, conserved site / Disintegrins signature. / Peptidase M12B, propeptide / Reprolysin family propeptide / Reprolysin domain, adamalysin-type / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Disintegrin / Disintegrin domain profile. / Homologues of snake disintegrins / Disintegrin domain / Disintegrin domain superfamily / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucine-rich glioma-inactivated protein 1 / Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 22
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Yamaguchi, T. / Okatsu, K. / Kubota, M. / Mitsumori, A. / Yamagata, A. / Fukai, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Elife / 年: 2025
タイトル: Structural insights into heterohexameric assembly of epilepsy-related ligand-receptor complex LGI1-ADAM22.
著者: Yamagachi, T. / Okatsu, K. / Kubota, M. / Mitsumori, A. / Yamagata, A. / Fukata, Y. / Fukata, M. / Shibata, M. / Fukai, S.
履歴
登録2024年12月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 22
B: Leucine-rich glioma-inactivated protein 1
D: Leucine-rich glioma-inactivated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,0457
ポリマ－178,8853
非ポリマー1604
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 22 / ADAM 22 / Metalloproteinase-disintegrin ADAM22-3 / Metalloproteinase-like / disintegrin-like / and ...ADAM 22 / Metalloproteinase-disintegrin ADAM22-3 / Metalloproteinase-like / disintegrin-like / and cysteine-rich protein 2


分子量: 53743.102 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 233-729 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADAM22, MDC2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0K1
#2: タンパク質 Leucine-rich glioma-inactivated protein 1 / Epitempin-1


分子量: 62570.785 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 37-557 / Mutation: R470A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGI1, EPT, UNQ775/PRO1569 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95970
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The LGI1 LRR-LGI1 EPTP-ADAM22 ECD complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影平均露光時間: 2.79627 sec. / 電子線照射量: 60.8046 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 7625

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 557450 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0028011
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.45510826
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.3511061
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431187
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031394

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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