PDB-9kyb: PltBd1/PltBd2 heteropentameric holotoxin from S. diarizonae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9kyb

タイトル

PltBd1/PltBd2 heteropentameric holotoxin from S. diarizonae

要素

(Subtilase cytotoxin subunit B) x 2
Pertussis toxin-like subunit ArtA

キーワード

TOXIN / heteropentamer / virulence factor

機能・相同性

Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1 / Enterotoxin / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / extracellular region / Subtilase cytotoxin subunit B / Pertussis toxin-like subunit ArtA / Subtilase cytotoxin subunit B

機能・相同性情報

生物種

Salmonella enterica subsp. diarizonae (サルモネラ菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Chen, Z. / Wang, D.D. / Gao, X.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Functional Synergy of Heteropentameric B Subunits Underlies Virulence in a Salmonella A2B5 Toxin
著者: Wang, D. / Chen, Z. / Xu, C. / Jiao, X. / Yue, M. / Gao, X.

履歴

登録	2024年12月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9kyb.cif.gz	170 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9kyb.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9kyb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9kyb_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9kyb_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9kyb_validation.xml.gz	36.1 KB	表示
CIF形式データ	9kyb_validation.cif.gz	53.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/9kyb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/9kyb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	62643MC 62644C 62645C 62646C 9kycC 9kydC 9kyeC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (3)

登録構造単位

B: Pertussis toxin-like subunit ArtA

C: Subtilase cytotoxin subunit B

D: Subtilase cytotoxin subunit B

E: Subtilase cytotoxin subunit B

F: Subtilase cytotoxin subunit B

G: Subtilase cytotoxin subunit B

90.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Pertussis toxin-like subunit ArtA / Pertussis-like toxin subunit ArtA 分子量: 25247.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Salmonella enterica subsp. diarizonae (サルモネラ菌) 参照: UniProt: A0A2I5HFM6
#2: タンパク質	Subtilase cytotoxin subunit B 分子量: 13201.585 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Salmonella enterica subsp. diarizonae (サルモネラ菌) 参照: UniProt: A0A627X696
#3: タンパク質	Subtilase cytotoxin subunit B / Subtilase family AB5 toxin binding subunit 分子量: 12823.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Salmonella enterica subsp. diarizonae (サルモネラ菌) 参照: UniProt: A0A2I5HFM4
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Diarizonae toxin (DT) heteropentamer - PltA and PltBd1/Bd2 complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Salmonella enterica subsp. diarizonae (サルモネラ菌)
緩衝液	pH: 7.8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア	名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 2.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1341334 / 対称性のタイプ: POINT
精密化	最高解像度: 2.32 Å 立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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