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- PDB-9jzi: Tetrameric complex (3D class 1) of the Borna disease virus 1 nucl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jzi
タイトルTetrameric complex (3D class 1) of the Borna disease virus 1 nucleoprotein
要素Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / nucleoprotein / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
P40 nucleoprotein, Borna disease virus / P40 nucleoprotein, subdomain 1, Borna disease virus / P40 nucleoprotein superfamily, Borna disease virus / Borna disease virus P40 protein / P40 nucleoprotein, subdomain 2, Borna disease virus
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Borna disease virus 1 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Sugita, Y. / Hirai, Y. / Horie, M.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Science and Technology21460759 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)24K02284 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tetrameric nucleoprotein complex of the Borna disease virus 1 nucleoprotein (3D class 1)
著者: Sugita, Y. / Hirai, Y. / Horie, M.
履歴
登録2024年10月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02026年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月11日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5771
ポリマ－43,5771
非ポリマー00
水00
1
A: Nucleoprotein

A: Nucleoprotein

A: Nucleoprotein

A: Nucleoprotein

A: Nucleoprotein

A: Nucleoprotein

A: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)305,0387
ポリマ－305,0387
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation6
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(-1), (1), (1)121.8171
3generate(-1), (-1), (1)121.8171, 121.8171
4generate(1), (-1), (1)121.8171

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / N protein / Nucleocapsid protein / p38 / p40


分子量: 43576.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Full-length nucleoprotein of the Borna disease virus 1 strain He/80 with N-terminal hexahistidine tag
由来: (組換発現) Borna disease virus 1 (ウイルス) / 株: He/80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C796
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Nucleoprotein complex of the Borna disease virus 1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Borna disease virus 1 (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 0.056 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Topaz粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10Servalcatモデル精密化
11cryoSPARC初期オイラー角割当
12cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC分類
14cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 10212934
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 154548 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL
原子モデル構築PDB-ID: 1n93

1n93


Accession code: 1n93 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 3.09→3.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / SU B: 10.966 / SU ML: 0.186 / ESU R: 0.157
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射
Rwork0.26865 --
obs0.26865 86934 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 114.263 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 2616
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0090.0122673
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.0162572
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.5951.8253619
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.6921.7495943
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg4.7925334
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg9.866516
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg12.1210464
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0860.2413
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0080.023077
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0040.02585
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it15.70810.3621345
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other15.70810.3611345
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it23.31418.6311676
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other23.3118.6411677
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it19.27112.1181328
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other19.26412.1291329
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other29.64521.2921944
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined39.614235.1540680
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other39.614235.1540681
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.232 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork1.229 6487 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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