PDB-9jsu: Wild-type native PMEL amyloid - polymorph 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9jsu

タイトル

Wild-type native PMEL amyloid - polymorph 2

要素

M-alpha

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / melanosome / melanoma / pigment / melanin / amyloid / glaucoma

機能・相同性

機能・相同性情報

cis-Golgi network membrane / positive regulation of melanin biosynthetic process / melanin biosynthetic process / melanosome membrane / melanosome organization / multivesicular body, internal vesicle / multivesicular body membrane / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / melanosome / endoplasmic reticulum membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Oda, T. / Yanagisawa, H.

資金援助

日本,

フランス, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM of PMEL Amyloids Reveals Pathogenic Mechanism of G175S in Pigment Dispersion Syndrome.
著者: Yanagisawa, H. / Oda, T.

履歴

登録	2024年10月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9jsu.cif.gz	88.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9jsu.ent.gz	68.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9jsu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9jsu_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9jsu_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9jsu_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	9jsu_validation.cif.gz	28.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/9jsu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/9jsu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	61783MC 61782C 61784C 61785C 61786C 9jstC 9jsvC 9jswC 9jsxC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1)

登録構造単位

A: M-alpha

B: M-alpha

C: M-alpha

D: M-alpha

E: M-alpha

F: M-alpha

G: M-alpha

H: M-alpha

28.9 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質・ペプチド	M-alpha / 95 kDa melanocyte-specific secreted glycoprotein / P26 / Secreted melanoma-associated ME20 antigen ...95 kDa melanocyte-specific secreted glycoprotein / P26 / Secreted melanoma-associated ME20 antigen / ME20-S / ME20S 分子量: 3611.115 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HMV-II / 参照: UniProt: P40967
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Wild-type native PMEL amyloid extracted from melanoma cell line タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト) / Organelle: Melanosome
緩衝液	pH: 4.4
緩衝液成分	濃度: 150 mM / 名称: Sodium acetate / 式: CH₃COONa
試料	濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse.
試料支持	グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN
撮影	平均露光時間: 5.5 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 1.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 352878 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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