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万見
- PDB-9jsr: 50S precursor - Erm complex (C-I) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9jsr
タイトル50S precursor - Erm complex (C-I)
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 16
  • 23S Ribosomal RNA
  • rRNA adenine N-6-methyltransferase
キーワードRIBOSOME / 50S precursor / Erm / methyltransferase / antibiotic resistance / ribosome-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA (adenine2085-N6)-dimethyltransferase / 23S rRNA (adenine(2085)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / translation repressor activity / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome ...23S rRNA (adenine2085-N6)-dimethyltransferase / 23S rRNA (adenine(2085)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / negative regulation of cytoplasmic translation / translation repressor activity / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosome assembly / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. ...rRNA adenine dimethylase-like, C-terminal / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / : / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / : / : / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p / Large ribosomal subunit protein uL24, C-terminal domain / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L30, conserved site / Ribosomal protein L30 signature. / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein L13 signature. / Ribosomal protein L13, conserved site / Ribosomal protein L22/L17, conserved site / Ribosomal protein L22 signature. / Ribosomal protein L14P, conserved site / Ribosomal protein L14 signature. / Ribosomal L29 protein / Ribosomal protein L29/L35 / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal protein L24 signature. / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 superfamily / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain / Ribosomal protein L30p/L7e / Ribosomal protein L25/L23 / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain superfamily / Ribosomal protein L15 / Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L14P / Ribosomal protein L14 superfamily / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal protein L22p/L17e / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein L26/L24, KOW domain / Ribosomal protein L3, conserved site / Ribosomal protein L3 signature. / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L18e/L15P / Ribosomal L18e/L15P superfamily / Ribosomal protein L4/L1e / Ribosomal protein L4 domain superfamily / Ribosomal protein L4/L1 family / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / Translation protein SH3-like domain superfamily / Zinc-binding ribosomal protein / KOW motif / KOW / Translation protein, beta-barrel domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AN6 / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein uL29 ...Chem-AN6 / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / rRNA adenine N-6-methyltransferase / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Bacillus subtilis (枯草菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Sengupta, S. / Mukherjee, R. / Pilsl, M. / Bagale, S. / Adhikary, A.D. / Borkar, A. / Pradeepkumar, P.I. / Engel, C. / Chowdhury, A. / Kaushal, P.S. / Anand, R.
資金援助 英国, インド, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
Science and Engineering Research Board (SERB) インド
Department of Biotechnology (DBT, India) インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanistic Insights into 50S Precursor Recognition and Targeting by Erythromycin Resistance Methyltransferase
著者: Sengupta, S. / Mukherjee, R. / Pilsl, M. / Bagale, S. / Adhikary, A.D. / Borkar, A. / Pradeepkumar, P.I. / Engel, C. / Chowdhury, A. / Kaushal, P.S. / Anand, R.
履歴
登録2024年10月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 50S ribosomal protein L32
2: 50S ribosomal protein L34
A: 23S Ribosomal RNA
C: rRNA adenine N-6-methyltransferase
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
J: 50S ribosomal protein L13
K: 50S ribosomal protein L14
L: 50S ribosomal protein L15
N: 50S ribosomal protein L17
P: 50S ribosomal protein L19
Q: 50S ribosomal protein L20
R: 50S ribosomal protein L21
S: 50S ribosomal protein L22
T: 50S ribosomal protein L23
U: 50S ribosomal protein L24
Y: 50S ribosomal protein L29
Z: 50S ribosomal protein L30
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,173,17119
ポリマ－1,172,77518
非ポリマー3951
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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50S ribosomal protein ... , 16種, 16分子 02DEJKLNPQRSTUYZ

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein bL32


分子量: 6463.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpmF, b1089, JW1075 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N4
#2: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 / Large ribosomal subunit protein bL34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpmH, rimA, ssaF, b3703, JW3680 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7P5
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplC, b3320, JW3282 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60438
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplD, eryA, b3319, JW3281 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60723
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplM, b3231, JW3200 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA10
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L14 / Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplN, b3310, JW3272 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY3
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplO / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02413
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L17 / Large ribosomal subunit protein bL17


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplQ, b3294, JW3256 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG44
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein bL19


分子量: 13159.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplS, b2606, JW2587 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7K6
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L20 / Large ribosomal subunit protein bL20


分子量: 13528.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplT, pdzA, b1716, JW1706 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L3
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / Large ribosomal subunit protein bL21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplU, b3186, JW3153 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG48
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplV, eryB, b3315, JW3277 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P61175
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplW, b3318, JW3280 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ0
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 11339.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rplX, b3309, JW3271 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60624
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpmC, b3312, JW3274 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M6
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 6554.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpmD, b3302, JW3264 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG51

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RNA鎖 / タンパク質 / 非ポリマー , 3種, 3分子 AC

#19: 化合物 ChemComp-AN6 / 5'-{[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl](ethyl)amino}-5'-deoxyadenosine


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 395.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N7O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: RNA鎖 23S Ribosomal RNA


分子量: 941612.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 1929590828
#4: タンパク質 rRNA adenine N-6-methyltransferase / Erythromycin resistance protein / Macrolide-lincosamide-streptogramin B resistance protein


分子量: 28955.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: ermC' / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
参照: UniProt: P13956, 23S rRNA (adenine2085-N6)-dimethyltransferase

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 50S precursor-Erm complex (C-2) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#18 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Escherichia coli K-12 (大腸菌)83333
21Bacillus subtilis (枯草菌)1423
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 750 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 41.25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION粒子像選択
7Coot0.9.8.93モデルフィッティング
12RELION4.0.1３次元再構成
19PHENIX1.21.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 205807
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 6081 / 詳細: Final map deposited has been subjected LPF / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6GC7

6gc7


Accession code: 6GC7 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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