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- PDB-9j8r: MprF from Pseudomonas aeruginosa in GDN micelle, C1 symmetry -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9j8r
タイトルMprF from Pseudomonas aeruginosa in GDN micelle, C1 symmetry
要素Phosphatidylglycerol lysyltransferase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Multiple peptide resistance factor / Membrane Enzyme / Synthase / Flippase / aminoacylated lipid
機能・相同性
機能・相同性情報


lysyltransferase / phosphatidylglycerol alanyltransferase activity / phosphatidylglycerol lysyltransferase activity / phospholipid homeostasis / lipid metabolic process / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lysylphosphatidylglycerol synthetase/glycosyltransferase AglD / Lysylphosphatidylglycerol synthase TM region / : / Phosphatidylglycerol lysyltransferase, C-terminal / Phosphatidylglycerol lysyltransferase, C-terminal / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J4U / Chem-PGT / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Phosphatidylglycerol lysyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Jha, S. / Vinothkumar, K.R.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Other governmentDepartment of Atomic Energy, Government of India, RTI 4006 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)DBT/PR12422/MED/31/287/2014 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures of Multiple Peptide Resistance Factor from Pseudomonas aeruginosa
著者: Jha, S. / Vinothkumar, K.R.
履歴
登録2024年8月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylglycerol lysyltransferase
B: Phosphatidylglycerol lysyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,32338
ポリマ－196,6612
非ポリマー27,66236
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylglycerol lysyltransferase / Lysylphosphatidylglycerol synthase / phosphatidylglycerol alanyltransferase


分子量: 98330.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 1-9: MWSHPQFEK - (Strep Tag II), 10-13: GGSG - (Linker), 14-894: PaMprF, 895-899 (RNSSS) - additional residues, from fusion protein 900-903 - VDAL - (N terminus of CPD after cleavage), 1-32, ...詳細: 1-9: MWSHPQFEK - (Strep Tag II), 10-13: GGSG - (Linker), 14-894: PaMprF, 895-899 (RNSSS) - additional residues, from fusion protein 900-903 - VDAL - (N terminus of CPD after cleavage), 1-32, 713-726, 805-832, 873-881 - Not modelled (numbering based on Uniprot and doesn't include the fusion construct)
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: PA0920 / プラスミド: pET22b-CPD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I537, lysyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-J4U / (2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{S})-2-(hydroxymethyl)-6-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-2-(hydroxymethyl)-6-[2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-6-(hydroxymethyl)-5-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxymethyl]-4-[(1~{R},2~{R},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{R},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxy-butoxy]-4,5-bis(oxidanyl)oxan-3-yl]oxy-oxane-3,4,5-triol


分子量: 1165.315 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H92O25
#3: 化合物...
ChemComp-PGT / (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 1-PALMITOYL-2-OLEOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-RAC-(1-GLYCEROL)](SODIUM SALT)


分子量: 751.023 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H79O10P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MprF dimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.18 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 細胞内の位置: Cell membrane
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 (DE3) C41 / プラスミド: pET22b-CPD
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTrisC4H11NO31
2200 mMSodium ChlorideNaCl1
35 mM2-mercaptoethanolC2H6OS1
40.006 %GDNC56H92O251
試料濃度: 5.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Grids were glow discharged at 25 mA using PELCO easyglow
グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 289 K / 詳細: Blot force, 0

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 倍率（補正後）: 130841 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 60 sec. / 電子線照射量: 28.75 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3877
詳細: Images were collected in movie-mode at 40 frames per second
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz粒子像選択
2EPU画像取得
4Gctf1.06CTF補正
5RELION4CTF補正
8Coot0.9.8.8モデルフィッティング
9UCSF Chimera1.17.3モデルフィッティング
11PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
12REFMAC5.8.0411モデル精密化
13RELION4初期オイラー角割当
14cryoSPARC4.3最終オイラー角割当
15cryoSPARC4.3分類
16cryoSPARC4.3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1239668
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 109157 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 170.7 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL
原子モデル構築Accession code: D_1300050528 / 詳細: complete dimer was used to dock in C1 map / Source name: Other / タイプ: experimental model
精密化解像度: 3.4→154.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.886 / SU B: 16.393 / SU ML: 0.27 / ESU R: 0.73
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射
Rwork0.34339 --
obs0.34339 85667 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 168.413 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 13056
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0020.01213314
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.01613868
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg0.6721.63517918
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.2231.55231876
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg4.45651592
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg3.184.882136
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg14.6102016
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0350.22060
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0020.0214786
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.022982
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it6.19916.2166386
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other6.19916.2166386
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it10.60229.1527972
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other10.60129.1557973
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it6.51617.6756928
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other6.51517.6756929
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other11.79932.0439947
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined17.64314914202
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other17.64314914203
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork1.297 6271 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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