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- EMDB-61240: MprF from Pseudomonas aeruginosa in nanodisc, C2 symmetry -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61240
タイトルMprF from Pseudomonas aeruginosa in nanodisc, C2 symmetry
マップデータSharpened Full Map
試料
  • 複合体: MprF dimer
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylglycerol lysyltransferase
  • リガンド: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
キーワードMultiple peptide resistance factor / Membrane Enzyme / Synthase / Flippase / aminoacylated lipid / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lysyltransferase / phosphatidylglycerol alanyltransferase activity / phosphatidylglycerol lysyltransferase activity / phospholipid homeostasis / lipid metabolic process / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lysylphosphatidylglycerol synthetase/glycosyltransferase AglD / Lysylphosphatidylglycerol synthase TM region / : / Phosphatidylglycerol lysyltransferase, C-terminal / Phosphatidylglycerol lysyltransferase, C-terminal / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylglycerol lysyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Jha S / Vinothkumar KR
資金援助 インド, 2件
OrganizationGrant number国
Other governmentDepartment of Atomic Energy, Government of India, RTI 4006
Department of Biotechnology (DBT, India)DBT/PR12422/MED/31/287/2014 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures of Multiple Peptide Resistance Factor from Pseudomonas aeruginosa
著者: Jha S / Vinothkumar KR
履歴
登録2024年8月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月3日-
マップ公開2025年9月3日-
更新2025年9月3日-
現状2025年9月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61240.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61240.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened Full Map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 342.4 Å		1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 342.4 Å		1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 342.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.65
最小 - 最大-6.500617 - 8.546661
平均 (標準偏差)-0.0029716932 (±0.14261058)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 342.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Unsharpened Half Map

ファイルemd_61240_half_map_1.map
注釈Unsharpened Half Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unsharpened Half Map

ファイルemd_61240_half_map_2.map
注釈Unsharpened Half Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MprF dimer

全体名称: MprF dimer
要素
  • 複合体: MprF dimer
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylglycerol lysyltransferase
  • リガンド: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE

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超分子 #1: MprF dimer

超分子名称: MprF dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 細胞中の位置: Cell membrane
分子量理論値: 180 KDa

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分子 #1: Phosphatidylglycerol lysyltransferase

分子名称: Phosphatidylglycerol lysyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: 1-9: MWSHPQFEK - (Strep Tag II), 10-13: GGSG - (Linker), 14-894: PaMprF, 895-899 - Additional residues, 900-903 - VDAL - (N terminus of CPD), 1-32, 716-722, 805-833, 871-881 - Not modelled in ...詳細: 1-9: MWSHPQFEK - (Strep Tag II), 10-13: GGSG - (Linker), 14-894: PaMprF, 895-899 - Additional residues, 900-903 - VDAL - (N terminus of CPD), 1-32, 716-722, 805-833, 871-881 - Not modelled in MprF (numbering based on Uniprot and doesn't include the fusion construct)
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: lysyltransferase
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 98.330453 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MWSHPQFEKG GSGMRTDAPV PEHPAPPSSP ASPQRIRLID RITAYRQPIG LVFTLLLFGL ALVACYHLLR EIDPGALHDA IADVPRPAL LGALSATALG FVILLGYEWS ASRFAGVTLP MRSLATGGFS AFAIGNAVGL SLLSGGSVRY RLYSRHGIGA A EIARMTLF ...文字列:
MWSHPQFEKG GSGMRTDAPV PEHPAPPSSP ASPQRIRLID RITAYRQPIG LVFTLLLFGL ALVACYHLLR EIDPGALHDA IADVPRPAL LGALSATALG FVILLGYEWS ASRFAGVTLP MRSLATGGFS AFAIGNAVGL SLLSGGSVRY RLYSRHGIGA A EIARMTLF ASLSLGCALP VLAALAALCD LDDAASALHL PRALVAVIAI AVLSLAVGLV AFLARHRLPG ERPSPDSLLV RL GRRSLRL PGLRLSLLQL LITALDVAAA ATVLYLLLPE TPPFAAFLLV YLLALAAGVL SHVPGGVGVF EAVLLAAFAG QLG AAPLAA ALLLYRLIYV VLPLLLACLL LLFLEARRLW VTRQAIRVAS GFAAPILAIL VFLSGVVLLF SGATPAIDTR LEHL GFLIP HRLIDASHLV ASLIGVLCLL LAQGLRRRLS AAWALTLVLL LVGALLSLLK GFDWEEASLL SLTAALLAMF RRSFY RPSR LMEVPFSPLY VGASICVVGA SVWLLLFANQ DVHYSNQLWW QFALDADAPR ALRAALGSCL LLLALALGWL LRAAPP AIR EPNAEELQRA ARIIRHSDQP DGGLALTGDK ALLFHESDDA FLMYARRGRS MIALYDPIGP AMQRAELIWQ FRDLCDL HH ARPVFYQVRA ENLPFYMDIG LTALKLGEEA RVDLLRFDLE NKGKEMKDLR YTWNRGQRDG LALEFHEPGQ APLDELKA I SDAWLGGKQV REKGFSLGRF TPAYLNFFRI AIVRHQGKPV AFANLLETDS RELASLDLMR VHPDAPKLTM EFLMLGLIL HYKAQGHARF SLGMVPLAGL QPRRGAPLTQ RLGALVFRRG EQFYNFQGLR RFKDKFQPDW EPRYLAVPAG LDPLVALADT AALIAGGLT GLVKRRNSSS VDAL

UniProtKB: Phosphatidylglycerol lysyltransferase

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分子 #2: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: PGT
分子量理論値: 751.023 Da
Chemical component information

ChemComp-PGT:
(1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H11NO3Tris
200.0 mMNaClSodium Chloride
5.0 mMC2H6OS2-mercaptoethanol
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: Glow discharge was performed at 25 mA with PELCO easyglow
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3218 / 平均露光時間: 60.0 sec. / 平均電子線量: 26.4 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode at 40 frames per second
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 130481 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1701373
CTF補正ソフトウェア: (名称: Gctf (ver. 1.06), RELION (ver. 4))
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Using SGD within Relion
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3) / 使用した粒子像数: 88069
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 34516 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

0528


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 33-870 / Chain - Source name: Other / Chain - Initial model type: experimental model
詳細: The model from GDN was rigid body fit and manually adjusted for nanodisc map
精密化プロトコル: OTHER / 温度因子: 155.5
得られたモデル

PDB-9j8s:
MprF from Pseudomonas aeruginosa in nanodisc, C2 symmetry

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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