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万見
- PDB-9irf: Cryo-EM Structure of csy1-4 with crRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9irf
タイトルCryo-EM Structure of csy1-4 with crRNA
要素
  • CRISPR-associated endonuclease Cas6f/Csy4
  • CRISPR-associated protein Csy1
  • CRISPR-associated protein Csy2
  • CRISPR-associated protein Csy3
  • crRNA (87-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / crRNA / cas6f / cas7f / cas5f / cas8f / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Csy1 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy1) / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST superfamily / CRISPR-associated protein (Cas_Csy4) / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy2) / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy3)
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated endonuclease Cas6f/Csy4 / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein Csy1
類似検索 - 構成要素
生物種Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Gao, X. / Cui, S. / Zhu, H. / Zhu, K. / Shang, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2026
タイトル: RNA anti-CRISPRs deplete Cas proteins to inhibit the CRISPR-Cas system.
著者: Xiaopan Gao / Kaixiang Zhu / Weihe Zhang / Lin Wang / Linyue Wang / Lei Hua / Tongxin Niu / Bo Qin / Xia Yu / Hongtao Zhu / Sheng Cui /
要旨: RNA-based anti-CRISPRs (Racrs) interfere with the type I-F CRISPR-Cas system by mimicking the repeats found in CRISPR arrays. Here, we determined the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of ...RNA-based anti-CRISPRs (Racrs) interfere with the type I-F CRISPR-Cas system by mimicking the repeats found in CRISPR arrays. Here, we determined the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the type I-F crRNA-guided surveillance complex (Csy complex) from Pectobacterium atrosepticum and three RacrIF1-induced aberrant subcomplexes. Additionally, we observed that Cas7f proteins could bind to non-specific nucleic acids, forming right-handed superhelical filaments composed of different Cas7 copies. Mechanistically, RacrIF1 lacks the specific S-conformation observed in the corresponding position of the 5' handle in canonical CRISPR complexes, and it instead adopts a periodic "5 + 1" pattern. This conformation creates severe steric hindrance for Cas5f-Cas8f heterodimer and undermines their binding. Furthermore, Cas7f nonspecifically binds nucleic acids and can form infinite superhelical filaments along Racrs molecules. This oligomerization sequesters Cas6f and Cas7f from binding, therefore blocking the formation of functional CRISPR-Cas effector complexes and ultimately blocking antiviral immunity. Our study provides a structural basis underlying Racrs-mediated CRISPRs inhibition.
履歴
登録2024年7月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年2月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12026年2月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated protein Csy2
B: CRISPR-associated endonuclease Cas6f/Csy4
C: CRISPR-associated protein Csy3
D: CRISPR-associated protein Csy3
E: CRISPR-associated protein Csy3
F: CRISPR-associated protein Csy3
G: CRISPR-associated protein Csy3
H: CRISPR-associated protein Csy3
I: crRNA (87-MER)
J: CRISPR-associated protein Csy1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)355,59610
ポリマ－355,59610
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated protein Csy2


分子量: 34903.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 (バクテリア)
遺伝子: csy2, ECA3682 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6D0W7
#2: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cas6f/Csy4 / crRNA endonuclease


分子量: 20487.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 (バクテリア)
遺伝子: cas6f, csy4, ECA3684 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6D0W5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: タンパク質
CRISPR-associated protein Csy3


分子量: 36948.512 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 (バクテリア)
遺伝子: csy3, ECA3683 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6D0W6
#4: RNA鎖 crRNA (87-MER)


分子量: 28060.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 49609491
#5: タンパク質 CRISPR-associated protein Csy1


分子量: 50453.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 (バクテリア)
遺伝子: csy1, ECA3681 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6D0W8
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: csy1-4 complex of CRISPR with crRNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 2500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2500 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 71806 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00523020
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.76631500
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.0913672
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0443509
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0063912

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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