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- PDB-9inz: Hemichannel sub-structure of Cx43/GJA1 gap junction intercellular... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9inz
タイトルHemichannel sub-structure of Cx43/GJA1 gap junction intercellular channel, treated with a 5-molar excess of carbenoxolone
要素Gap junction alpha-1 protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / gap junction / Cx43 / inhibitor / carbenoxolone
機能・相同性
機能・相同性情報


gap junction channel activity involved in cardiac conduction electrical coupling / negative regulation of gonadotropin secretion / microtubule-based transport / positive regulation of morphogenesis of an epithelium / positive regulation of mesodermal cell differentiation / cell communication by electrical coupling / negative regulation of trophoblast cell migration / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / gap junction channel activity involved in cell communication by electrical coupling / monoatomic ion transmembrane transporter activity ...gap junction channel activity involved in cardiac conduction electrical coupling / negative regulation of gonadotropin secretion / microtubule-based transport / positive regulation of morphogenesis of an epithelium / positive regulation of mesodermal cell differentiation / cell communication by electrical coupling / negative regulation of trophoblast cell migration / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / gap junction channel activity involved in cell communication by electrical coupling / monoatomic ion transmembrane transporter activity / gap junction hemi-channel activity / Oligomerization of connexins into connexons / Transport of connexins along the secretory pathway / gap junction assembly / Regulation of gap junction activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / atrial cardiac muscle cell action potential / glutathione transmembrane transporter activity / cardiac conduction system development / cell-cell contact zone / Golgi-associated vesicle membrane / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / connexin complex / Formation of annular gap junctions / Gap junction degradation / gap junction / bone remodeling / export across plasma membrane / Gap junction assembly / gap junction channel activity / glutamate secretion / tight junction / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / positive regulation of stem cell proliferation / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / establishment of mitotic spindle orientation / maintenance of blood-brain barrier / efflux transmembrane transporter activity / intercalated disc / xenobiotic transport / alpha-tubulin binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / tubulin binding / negative regulation of cell growth / bone development / beta-catenin binding / cellular response to amyloid-beta / cell junction / intracellular protein localization / cell-cell signaling / positive regulation of cold-induced thermogenesis / heart development / spermatogenesis / monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / apical plasma membrane / membrane raft / Golgi membrane / focal adhesion / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / signal transduction / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gap junction alpha-1 protein (Cx43) / Gap junction alpha-1 protein (Cx43), C-terminal / Gap junction alpha-1 protein (Cx43), alpha helix domain superfamily / Gap junction alpha-1 protein (Cx43) / Connexin, C-terminal / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily ...Gap junction alpha-1 protein (Cx43) / Gap junction alpha-1 protein (Cx43), C-terminal / Gap junction alpha-1 protein (Cx43), alpha helix domain superfamily / Gap junction alpha-1 protein (Cx43) / Connexin, C-terminal / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily / Connexin / Connexins signature 1. / Connexins signature 2. / Connexin homologues / Gap junction channel protein cysteine-rich domain
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRADECANE / Gap junction alpha-1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Lee, C.W.
資金援助 韓国, 4件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2018R1C1B6004447 韓国
OtherSuh Kyungbae Foundation (SUHF-18010097) 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2023-00217798 韓国
OtherKorea University Grant 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into the closing mechanism of gap junction intercellular channels by carbenoxolone
著者: Lee, C.W. / Jang, H.S. / Woo, J.S.
履歴
登録2024年7月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02026年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月21日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gap junction alpha-1 protein
B: Gap junction alpha-1 protein
C: Gap junction alpha-1 protein
D: Gap junction alpha-1 protein
E: Gap junction alpha-1 protein
F: Gap junction alpha-1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,99636
ポリマ－184,0446
非ポリマー5,95230
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Gap junction alpha-1 protein / Connexin-43 / Cx43 / Gap junction 43 kDa heart protein


分子量: 30674.012 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: an enhanced yellow fluorescence protein (eYFP) tag, a 10xHis-tag and a rho-1D4 epitope tag (8 amino acid sequence of TETSQVAPA) at its C-terminus.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GJA1, GJAL / プラスミド: pX / 細胞株 (発現宿主): HEK293E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): Kidney / 参照: UniProt: P17302
#2: 化合物...
ChemComp-C14 / TETRADECANE


分子量: 198.388 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: connexin4 / タイプ: COMPLEX
詳細: C-terminal truncated connexin43 gap junction intercellular channel is reconstituted into lipid nanodiscs with POPE and MSP protein.
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293E / プラスミド: pX
緩衝液pH: 8
詳細: 20mM Tris(pH 8.0), 150mM KCl, 2mM beta-mercaptoethanol
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMtris(hydroxymethyl)aminomethaneC4H11NO31
2150 mMpotassium chlorideKCl1
32 mMbeta-mercaptoethanolC2H6OS1
試料濃度: 1.85 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 92000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2250 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 750 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 40 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 1449
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARCCTF補正
8PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2055264
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36499 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00310722
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.49214448
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.8041668
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391602
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031680

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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