PDB-9ija: A local Cryo-EM structure of Bitter taste receptor TAS2R14 with G...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ija

タイトル

A local Cryo-EM structure of Bitter taste receptor TAS2R14 with Gi complex

要素

Taste receptor type 2 member 14

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / GPCR

機能・相同性

機能・相同性情報

bitter taste receptor activity / taste receptor activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / G protein-coupled receptor activity / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G alpha (i) signalling events / G protein-coupled receptor signaling pathway / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

Yuan, Q. / Duan, J. / Tao, L. / Xu, E.H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Res / 年: 2024
タイトル: Bitter taste receptor TAS2R14 activation and G protein assembly by an intracellular agonist.
著者: Lele Tao / Dongxue Wang / Qingning Yuan / Fenghui Zhao / Yu Zhang / Tianyuan Du / Shiyi Shen / H Eric Xu / Yi Li / Dehua Yang / Jia Duan /

履歴

登録	2024年6月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ija.cif.gz	69.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ija.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ija.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/9ija ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/9ija	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	60627MC 60607C 60608C 60626C 9iiwC 9iixC 9ij9C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (2)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

R: Taste receptor type 2 member 14

ヘテロ分子

36.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Taste receptor type 2 member 14 / T2R14 / Taste receptor family B member 1 / TRB1 分子量: 36200.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAS2R14 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9NYV8
#2: 化合物	ChemComp-A1AEI / 4-methyl-N-[(2M)-2-(1H-tetrazol-5-yl)phenyl]-6-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-amine 分子量: 321.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₀F₃N₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CLR / CHOLESTEROL 分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: the receptor of TAS2R14 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液	pH: 7.04
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 18000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 8000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影	電子線照射量: 15 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 559285 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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