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- PDB-9igt: Assembly intermediate of human mitochondrial ribosome small subun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9igt
タイトルAssembly intermediate of human mitochondrial ribosome small subunit bound to METTL15, RBFA, and mtIF2 (State M2.1)
要素
  • (28S ribosomal protein ...) x 26
  • 12S mitochondrial rRNA
  • 12S rRNA N4-methylcytidine (m4C) methyltransferase
  • Aurora kinase A-interacting protein
  • Large ribosomal subunit protein bL12m, short mature form
  • MRPS21 isoform 1
  • Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial
  • Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial
  • Translation initiation factor IF-2, mitochondrial
キーワードRIBOSOME / mitochondrial gene expression / mitoribosome / mitoribosome assembly factors / cryoEM
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity / mitochondrial small ribosomal subunit assembly / mitochondrial translational initiation / mitochondrial transcription / translation factor activity, RNA binding / formation of translation preinitiation complex / mitochondrial ribosome assembly / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation initiation / Mitochondrial ribosome-associated quality control ...rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity / mitochondrial small ribosomal subunit assembly / mitochondrial translational initiation / mitochondrial transcription / translation factor activity, RNA binding / formation of translation preinitiation complex / mitochondrial ribosome assembly / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation initiation / Mitochondrial ribosome-associated quality control / Mitochondrial translation termination / rRNA base methylation / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / ribosome disassembly / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / positive regulation of proteolysis / apoptotic mitochondrial changes / sperm head-tail coupling apparatus / ribosomal small subunit binding / translation initiation factor activity / Mitochondrial protein degradation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / apoptotic signaling pathway / rRNA processing / cell junction / regulation of translation / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / nuclear membrane / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / tRNA binding / cell population proliferation / mitochondrial inner membrane / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / mitochondrial matrix / protein domain specific binding / mRNA binding / GTPase activity / positive regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase, MraW, recognition domain superfamily / MraW methylase family / Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial / Ribosome-binding factor A, conserved site / Ribosome-binding factor A signature. / Ribosome-binding factor A / Ribosome-binding factor A domain superfamily / Ribosome-binding factor A / Translation initiation factor IF-2, domain II ...Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase, MraW, recognition domain superfamily / MraW methylase family / Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial / Ribosome-binding factor A, conserved site / Ribosome-binding factor A signature. / Ribosome-binding factor A / Ribosome-binding factor A domain superfamily / Ribosome-binding factor A / Translation initiation factor IF-2, domain II / Initiation factor 2 signature. / Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / : / Elongation factor G domain 2 / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial / Ribosomal protein S23/S25, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / MRPS27/PTCD2 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S27 / Mitochondrial ribosomal protein S23 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Ribosomal protein S22, mitochondrial / : / Mitochondrial 28S ribosomal protein S22 / Ribosomal protein S29, mitochondrial / Ribosomal protein S28, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein MRP-S35 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3 / 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / : / : / Mitochondrial ribosome subunit S24 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / Small ribosomal subunit protein uS5m, N-terminal / Small ribosomal subunit protein mS39, PPR / 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain / : / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / Pentatricopeptide repeat / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S2 signature 1. / Small GTP-binding protein domain / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / SPERMINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / MRPS21 isoform 1 / 12S rRNA N(4)-cytidine methyltransferase METTL15 ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / SPERMINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / MRPS21 isoform 1 / 12S rRNA N(4)-cytidine methyltransferase METTL15 / Small ribosomal subunit protein uS12m / Small ribosomal subunit protein uS14m / Translation initiation factor IF-2, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS29 / Large ribosomal subunit protein bL12m / Small ribosomal subunit protein mS22 / Small ribosomal subunit protein mS25 / Small ribosomal subunit protein uS10m / Small ribosomal subunit protein mS35 / Small ribosomal subunit protein uS5m / Small ribosomal subunit protein uS11m / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein mS34 / Small ribosomal subunit protein bS6m / Small ribosomal subunit protein uS9m / Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS27 / Small ribosomal subunit protein mS31 / Small ribosomal subunit protein uS3m / Small ribosomal subunit protein mS39 / Small ribosomal subunit protein mS26 / Small ribosomal subunit protein bS22, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS33 / Small ribosomal subunit protein bS1m / Small ribosomal subunit protein uS17m / Small ribosomal subunit protein uS7m / Small ribosomal subunit protein uS2m / Small ribosomal subunit protein bS16m / Small ribosomal subunit protein bS18m / Small ribosomal subunit protein mS23 / Small ribosomal subunit protein mS40
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.96 Å
データ登録者Khawaja, A. / Singh, V. / Shiriaev, D.I. / Rorbach, J.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg Foundation023405053 スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural analysis reveals alternative pathways for assembly of the human mitoribosome small subunit
著者: Singh, V. / Shiriaev, D.I. / Bilalli, L. / Khawaja, A. / Rorbach, J.
履歴
登録2025年2月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月11日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 28S ribosomal protein S2, mitochondrial
C: 28S ribosomal protein S24, mitochondrial
D: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial
E: 28S ribosomal protein S6, mitochondrial
F: 28S ribosomal protein S7, mitochondrial
G: 28S ribosomal protein S9, mitochondrial
H: 28S ribosomal protein S10, mitochondrial
I: 28S ribosomal protein S11, mitochondrial
J: 28S ribosomal protein S12, mitochondrial
K: 28S ribosomal protein S14, mitochondrial
L: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial
M: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial
N: 28S ribosomal protein S17, mitochondrial
O: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial
P: 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial
Q: MRPS21 isoform 1
R: 28S ribosomal protein S22, mitochondrial
S: 28S ribosomal protein S23, mitochondrial
T: 28S ribosomal protein S25, mitochondrial
U: 28S ribosomal protein S26, mitochondrial
V: 28S ribosomal protein S27, mitochondrial
W: 28S ribosomal protein S28, mitochondrial
X: 28S ribosomal protein S29, mitochondrial
Y: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial
Z: 28S ribosomal protein S33, mitochondrial
0: 28S ribosomal protein S34, mitochondrial
1: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial
3: Aurora kinase A-interacting protein
4: Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial
b: 12S rRNA N4-methylcytidine (m4C) methyltransferase
A: 12S mitochondrial rRNA
7: Translation initiation factor IF-2, mitochondrial
t: Large ribosomal subunit protein bL12m, short mature form
a: Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,296,10254
ポリマ－1,293,13434
非ポリマー2,96820
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

+
28S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 BCDEFGHIJKLMNOPRSTUVWXYZ01

#1: タンパク質 28S ribosomal protein S2, mitochondrial / MRP-S2 / S2mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS2m


分子量: 33298.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y399
#2: タンパク質 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / MRP-S24 / S24mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS3m / bMRP-47 / bMRP47


分子量: 19046.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EL2
#3: タンパク質 28S ribosomal protein S5, mitochondrial / MRP-S5 / S5mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS5m


分子量: 48094.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82675
#4: タンパク質 28S ribosomal protein S6, mitochondrial / MRP-S6 / S6mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS6m


分子量: 14250.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82932
#5: タンパク質 28S ribosomal protein S7, mitochondrial / MRP-S7 / S7mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS7m / bMRP-27a / bMRP27a


分子量: 28186.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2R9
#6: タンパク質 28S ribosomal protein S9, mitochondrial / MRP-S9 / S9mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS9m


分子量: 45909.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82933
#7: タンパク質 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / MRP-S10 / S10mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS10m


分子量: 23033.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82664
#8: タンパク質 28S ribosomal protein S11, mitochondrial / MRP-S11 / S11mt / Cervical cancer proto-oncogene 2 protein / HCC-2 / Mitochondrial small ribosomal ...MRP-S11 / S11mt / Cervical cancer proto-oncogene 2 protein / HCC-2 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS11m


分子量: 20663.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82912
#9: タンパク質 28S ribosomal protein S12, mitochondrial / MRP-S12 / S12mt / MT-RPS12 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS12m


分子量: 15200.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15235
#10: タンパク質 28S ribosomal protein S14, mitochondrial / MRP-S14 / S14mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS14m


分子量: 15168.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60783
#11: タンパク質 28S ribosomal protein S15, mitochondrial / MRP-S15 / S15mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS15m


分子量: 29903.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82914
#12: タンパク質 28S ribosomal protein S16, mitochondrial / MRP-S16 / S16mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS16m


分子量: 15371.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3D3
#13: タンパク質 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / MRP-S17 / S17mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS17m


分子量: 14526.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2R5
#14: タンパク質 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / MRP-S18-b / Mrps18-b / S18mt-b / 28S ribosomal protein S18-2 / mitochondrial / MRP-S18-2 / ...MRP-S18-b / Mrps18-b / S18mt-b / 28S ribosomal protein S18-2 / mitochondrial / MRP-S18-2 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS18b / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS40


分子量: 29440.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y676
#15: タンパク質 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial / MRP-S18-c / Mrps18-c / S18mt-c / 28S ribosomal protein S18-1 / mitochondrial / MRP-S18-1 / ...MRP-S18-c / Mrps18-c / S18mt-c / 28S ribosomal protein S18-1 / mitochondrial / MRP-S18-1 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS18c / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS18m


分子量: 15876.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3D5
#17: タンパク質 28S ribosomal protein S22, mitochondrial / MRP-S22 / S22mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS22


分子量: 41337.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82650
#18: タンパク質 28S ribosomal protein S23, mitochondrial / MRP-S23 / S23mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS23


分子量: 21805.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3D9
#19: タンパク質 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / MRP-S25 / S25mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS25


分子量: 20146.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82663
#20: タンパク質 28S ribosomal protein S26, mitochondrial / MRP-S26 / S26mt / 28S ribosomal protein S13 / mitochondrial / MRP-S13 / S13mt / Mitochondrial small ...MRP-S26 / S26mt / 28S ribosomal protein S13 / mitochondrial / MRP-S13 / S13mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS26


分子量: 24259.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYN8
#21: タンパク質 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRP-S27 / S27mt / Mitochondrial ribosomal protein S27 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS27


分子量: 47669.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92552
#22: タンパク質 28S ribosomal protein S28, mitochondrial / MRP-S28 / S28mt / 28S ribosomal protein S35 / mitochondrial / MRP-S35 / S35mt / Mitochondrial small ...MRP-S28 / S28mt / 28S ribosomal protein S35 / mitochondrial / MRP-S35 / S35mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS1m


分子量: 20878.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2Q9
#23: タンパク質 28S ribosomal protein S29, mitochondrial / MRP-S29 / S29mt / Death-associated protein 3 / DAP-3 / Ionizing radiation resistance conferring ...MRP-S29 / S29mt / Death-associated protein 3 / DAP-3 / Ionizing radiation resistance conferring protein / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS29


分子量: 45634.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51398
#24: タンパク質 28S ribosomal protein S31, mitochondrial / MRP-S31 / S31mt / Imogen 38 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS31


分子量: 45391.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92665
#25: タンパク質 28S ribosomal protein S33, mitochondrial / MRP-S33 / S33mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS33


分子量: 12657.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y291
#26: タンパク質 28S ribosomal protein S34, mitochondrial / S34mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS34


分子量: 25695.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82930
#27: タンパク質 28S ribosomal protein S35, mitochondrial / MRP-S35 / S35mt / 28S ribosomal protein S28 / mitochondrial / MRP-S28 / S28mt / Mitochondrial small ...MRP-S35 / S35mt / 28S ribosomal protein S28 / mitochondrial / MRP-S28 / S28mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS35


分子量: 36898.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82673

-
タンパク質 , 7種, 7分子 Q34b7ta

#16: タンパク質 MRPS21 isoform 1 / MRPS21 isoform 2 / Mitochondrial ribosomal protein S21


分子量: 10659.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A2J8VEN6
#28: タンパク質 Aurora kinase A-interacting protein / AURKA-interacting protein / 28S ribosomal protein S38 / mitochondrial / MRP-S38 / Mitochondrial ...AURKA-interacting protein / 28S ribosomal protein S38 / mitochondrial / MRP-S38 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS38


分子量: 22395.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NWT8
#29: タンパク質 Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial / 28S ribosomal protein S39 / mitochondrial / MRP-S39 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein ...28S ribosomal protein S39 / mitochondrial / MRP-S39 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS39 / Transformation-related gene 15 protein / TRG-15


分子量: 78648.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EY7
#30: タンパク質 12S rRNA N4-methylcytidine (m4C) methyltransferase / 12S rRNA m4C methyltransferase / Methyltransferase 5 domain-containing protein 1 / ...12S rRNA m4C methyltransferase / Methyltransferase 5 domain-containing protein 1 / Methyltransferase-like protein 15


分子量: 46184.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: A6NJ78, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#32: タンパク質 Translation initiation factor IF-2, mitochondrial / IF-2(Mt) / IF-2Mt / IF2(mt)


分子量: 76873.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46199
#33: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL12m, short mature form


分子量: 7779.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P52815
#34: タンパク質 Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial


分子量: 34020.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N0V3

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 A

#31: RNA鎖 12S mitochondrial rRNA


分子量: 306228.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 8種, 28分子

#35: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#36: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#37: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#38: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#39: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#40: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#41: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#42: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Maturation state of mitochondria ribosomal 28S subunit.
タイプ: CELL / Entity ID: #1-#30, #33-#34 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 300 nm
撮影電子線照射量: 45 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 5.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2833 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00275179
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.414106074
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.84720664
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03712460
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00310061

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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