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- PDB-9i7v: EAAT1 thermostabilized mutant in Complex with Rubidium, and the a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i7v
タイトルEAAT1 thermostabilized mutant in Complex with Rubidium, and the allosteric inhibitor UCPH101 in DDS/CHS
要素EAAT1 thermostabilized mutant
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / Glutamate transport / Salipro / L-aspartate
機能・相同性Chem-6Z6 / 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / RUBIDIUM ION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.84 Å
データ登録者Horn, G. / Fu, L. / Madej, M.G. / Ziegler, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)2518 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM Structure of EAAT1 thermostabilized mutant in Complex with L-Asp, Metal Ions, and the allosteric inhibitor UCPH101 in Salipro and DDS/CHS
著者: Horn, G. / Fu, L. / Madej, M.G. / Ziegler, C.
履歴
登録2025年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EAAT1 thermostabilized mutant
B: EAAT1 thermostabilized mutant
C: EAAT1 thermostabilized mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,00512
ポリマ－169,5373
非ポリマー3,4679
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.5, -0.866025), (0.866025, -0.5), (1)238.97991, 64.03449
3given(-0.5, 0.866025), (-0.866025, -0.5), (1)64.03449, 238.97991

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要素

#1: タンパク質 EAAT1 thermostabilized mutant


分子量: 56512.379 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-PX6 / 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE


分子量: 647.883 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H68O8P
#3: 化合物 ChemComp-6Z6 / 2-Amino-5,6,7,8-tetrahydro-4-(4-methoxyphenyl)-7-(naphthalen-1-yl)-5-oxo-4H-chromene-3-carbonitrile


分子量: 422.475 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H22N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-RB / RUBIDIUM ION


分子量: 85.468 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Rb
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Excitatory amino acid transporter 1, SLC1A3 / タイプ: COMPLEX / 詳細: EAAT1 thermostabilized mutant / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.169 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
125 mMHEPES/TRIS1
2100 mMNaCl1
3100 mMRbCl1
41 mMTCEP1
50.1 mMUCHP1011
60.05 %DDS1
70.01 %CHS1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 200
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER
撮影電子線照射量: 66 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4978
電子光学装置エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.4.11CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RELION4初期オイラー角割当
10cryoSPARCV4最終オイラー角割当
11RELION4分類
12cryoSPARCV4３次元再構成
13REFMAC5モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1000401
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 63000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 9I7M

9i7m


Accession code: 9I7M / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 3.84→121.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.582 / SU B: 52.649 / SU ML: 0.704 / ESU R: 0.601
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.47126 --
obs0.47126 41443 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 85.589 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 3175
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0060.0123228
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.0163304
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.4111.7854389
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.5051.6847546
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg4.2045415
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg17.991521
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg15.28610521
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0640.2555
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0050.023609
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.02685
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it6.2268.2681670
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other6.2148.2711669
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it10.77114.8532081
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other10.77214.8662082
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it9.1199.391558
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other9.1199.3951559
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other16.19116.9332309
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined24.39296.9813344
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other24.39196.9913345
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.84→3.94 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork1.781 3052 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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