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- PDB-9huz: CryoEM map of the large glutamate dehydrogenase composed of 180 k... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9huz
タイトルCryoEM map of the large glutamate dehydrogenase composed of 180 kDa subunits from Mycobacterium smegmatis obtained in the presence of NAD+ and L-glutamate. Closed2 tetramer
要素NAD-specific glutamate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Large glutamate dehydrogenase / Tetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate dehydrogenase / L-glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / L-glutamate catabolic process / L-aspartate:2-oxoglutarate transaminase activity
類似検索 - 分子機能
NAD-glutamate dehydrogenase, bacteria / Bacterial NAD-glutamate dehydrogenase, N-terminal / NAD-glutamate dehydrogenase / : / : / : / : / : / : / Bacterial NAD-glutamate dehydrogenase, catalytic domain ...NAD-glutamate dehydrogenase, bacteria / Bacterial NAD-glutamate dehydrogenase, N-terminal / NAD-glutamate dehydrogenase / : / : / : / : / : / : / Bacterial NAD-glutamate dehydrogenase, catalytic domain / Glutamate dehydrogenase, helical motif 1 / Glutamate dehydrogenase, C-terminal / Glutamate dehydrogenase, ACT1 domain / Glutamate dehydrogenase, ACT2 domain / Glutamate dehydrogenase, ACT3 domain / Glutamate dehydrogenase, helical motif 3 / Glutamate dehydrogenase, helical motif 2 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD-specific glutamate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å
データ登録者Lazaro, M. / Chamorro, N. / Lopez-Alonso, J.P. / Charro, D. / Rasia, R.M. / Jimenez-Oses, G. / Valle, M. / Lisa, M.N.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Agencia Estatal de Investigacion (AEI)PID2021-124074NB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Protein Sci / 年: 2026
タイトル: Tertiary and quaternary structure remodeling by occupancy of the substrate binding pocket in a large glutamate dehydrogenase.
著者: Melisa Lázaro / Nicolás Chamorro / Jorge P López-Alonso / Diego Charro / Rodolfo M Rasia / Gonzalo Jiménez-Osés / Mikel Valle / María-Natalia Lisa /
要旨: Glutamate dehydrogenases (GDHs) catalyze the oxidative deamination of L-glutamate to 2-oxoglutarate using NAD(P) as a cofactor. The large type of GDHs (L-GDHs) displays a dynamic homotetrameric ...Glutamate dehydrogenases (GDHs) catalyze the oxidative deamination of L-glutamate to 2-oxoglutarate using NAD(P) as a cofactor. The large type of GDHs (L-GDHs) displays a dynamic homotetrameric architecture that alternates between open and closed states. However, the catalytic mechanism and the functional relevance of the large conformational changes in L-GDHs remain poorly understood. Here, we use cryo-EM to investigate the structure and the conformational landscape of the mycobacterial L-GDH composed of 180 kDa subunits (mL-GDH) when incubated with L-glutamate and NAD. Classification of the heterogeneous population of tetramers reveals opening-closing motions and sorting of individual subunits resolves the occupancy of the cofactor and substrate binding pockets. Cryo-EM maps show that ligand binding to the glutamate binding pocket is accompanied by structural changes in a region approximately two nanometers away from the active site, leading to the formation of a previously undetected interaction between the catalytic domains of neighboring subunits in mL-GDH closed tetrameric states. Our findings indicate that the occupancy of the substrate binding site of mL-GDH is linked to a remodeling of both the tertiary and quaternary structure of the enzyme.
履歴
登録2024年12月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年1月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年4月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.12026年4月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-specific glutamate dehydrogenase
B: NAD-specific glutamate dehydrogenase
C: NAD-specific glutamate dehydrogenase
D: NAD-specific glutamate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)708,0218
ポリマ－705,3674
非ポリマー2,6544
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
NAD-specific glutamate dehydrogenase / NAD-GDH / NAD(+)-dependent glutamate dehydrogenase


分子量: 176341.859 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
株: strain ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: gdh, MSMEG_4699, MSMEI_4582 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0R1C2, glutamate dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NAD-specific glutamate dehydrogenase from Mycobacterium smegmatis, MsLGDH180, in the presence of NAD+ and L-glutamate
タイプ: COMPLEX / 詳細: MsLGDH180 tetramer in the closed2 conformation / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.174 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 株: strain ATCC 700084 / mc(2)155
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 6.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMMES1
2300 mMNaCl1
342 mMGlutamate1
44 mMNAD1
試料濃度: 0.125 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 49 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION粒子像選択
2PHENIX1.21.1_5286モデル精密化
13EMReady３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32441 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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