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- PDB-9hc4: Cryo-EM structure of P. urativorans 70S ribosome with 2 copies of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hc4
タイトルCryo-EM structure of P. urativorans 70S ribosome with 2 copies of bS20.
要素
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 29
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 20
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
キーワードRIBOSOME / ribosome heterogeneity / functionally specialized ribosomes / polysome
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding ...large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily ...Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS14 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL31B / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein bL21
類似検索 - 構成要素
生物種Psychrobacter urativorans (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Helena-Bueno, K. / Hill, C.H. / Melnikov, S.V.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Royal SocietyRGS/R2/202003 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structurally heterogeneous ribosomes cooperate in protein synthesis in bacterial cells.
著者: Karla Helena-Bueno / Sophie Kopetschke / Sebastian Filbeck / Lewis I Chan / Sonia Birsan / Arnaud Baslé / Maisie Hudson / Stefan Pfeffer / Chris H Hill / Sergey V Melnikov /
要旨: Ribosome heterogeneity is a paradigm in biology, pertaining to the existence of structurally distinct populations of ribosomes within a single organism or cell. This concept suggests that ...Ribosome heterogeneity is a paradigm in biology, pertaining to the existence of structurally distinct populations of ribosomes within a single organism or cell. This concept suggests that structurally distinct pools of ribosomes have different functional properties and may be used to translate specific mRNAs. However, it is unknown to what extent structural heterogeneity reflects genuine functional specialization rather than stochastic variations in ribosome assembly. Here, we address this question by combining cryo-electron microscopy and tomography to observe individual structurally heterogeneous ribosomes in bacterial cells. We show that 70% of ribosomes in Psychrobacter urativorans contain a second copy of the ribosomal protein bS20 at a previously unknown binding site on the large ribosomal subunit. We then determine that this second bS20 copy appears to be functionally neutral. This demonstrates that ribosome heterogeneity does not necessarily lead to functional specialization, even when it involves significant variations such as the presence or absence of a ribosomal protein. Instead, we show that heterogeneous ribosomes can cooperate in general protein synthesis rather than specialize in translating discrete populations of mRNA.
履歴
登録2024年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
F: Small ribosomal subunit protein uS9
C1: Large ribosomal subunit protein bL9
R3: Small ribosomal subunit protein bS18
A4: Small ribosomal subunit protein uS2
E5: Small ribosomal subunit protein uS5
L6: Small ribosomal subunit protein uS12
F7: Large ribosomal subunit protein uL5
E9: Large ribosomal subunit protein uL4
aA: Large ribosomal subunit protein bL32
MB: Large ribosomal subunit protein bL17
UC: Large ribosomal subunit protein bL25
WD: Large ribosomal subunit protein bL28
XE: Large ribosomal subunit protein uL29
RF: Large ribosomal subunit protein uL22
FG: Small ribosomal subunit protein bS6
VH: Large ribosomal subunit protein bL27
TI: Large ribosomal subunit protein uL24
fJ: Large ribosomal subunit protein bL31B
HK: Small ribosomal subunit protein uS14
OL: Small ribosomal subunit protein uS15
MM: Small ribosomal subunit protein uS13
PO: Large ribosomal subunit protein bL20
SP: Small ribosomal subunit protein uS19
BQ: Small ribosomal subunit protein uS8
GR: Large ribosomal subunit protein uL6
GS: Small ribosomal subunit protein uS7
CT: Small ribosomal subunit protein uS3
KU: Small ribosomal subunit protein uS11
NV: Small ribosomal subunit protein bS21
YW: Large ribosomal subunit protein uL30
IX: Large ribosomal subunit protein uL13
JY: Small ribosomal subunit protein uS10
QZ: Small ribosomal subunit protein uS17
Ba: Large ribosomal subunit protein bL34
Qb: Large ribosomal subunit protein bL21
Nc: Large ribosomal subunit protein uL18
Kd: Large ribosomal subunit protein uL15
Je: Large ribosomal subunit protein uL14
Af: Large ribosomal subunit protein uL3
Lg: Large ribosomal subunit protein uL16
dh: Large ribosomal subunit protein bL35
Oi: Large ribosomal subunit protein bL19
Pj: Small ribosomal subunit protein bS16
bk: Large ribosomal subunit protein bL33
Cl: Large ribosomal subunit protein uL2
Dm: Small ribosomal subunit protein uS4
Sn: Large ribosomal subunit protein uL23
To: Small ribosomal subunit protein bS20
ep: Large ribosomal subunit protein bL36
A: Small ribosomal subunit protein bS20
D8: 5S rRNA
iN: 16S rRNA
Z2: 23S rRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,180,73453
ポリマ－2,180,73453
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
Small ribosomal subunit protein ... , 20種, 21分子 FR3A4E5L6FGHKOLMMSPBQGSCTKUNVJYQZPjDmToA

#1: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 14278.470 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4T6M9
#3: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS18


分子量: 8973.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M5MK69
#4: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 29465.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4TFJ4
#5: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 18192.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M3V8J0
#6: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 13753.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4U4C3
#15: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS6


分子量: 15839.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4U628
#19: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 11777.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M3V8P8
#20: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 10218.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4TF29
#21: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13


分子量: 13244.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M5MJL8
#23: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19


分子量: 10336.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4TUJ8
#24: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14086.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4U618
#26: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 17760.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M3V8N5
#27: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 27120.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4T6V9
#28: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 13676.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M3V8P6
#29: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS21


分子量: 8548.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4SY21
#32: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 11635.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4TE68
#33: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 10362.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4U401
#43: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS16


分子量: 9955.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4T275
#46: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 24279.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4TE52
#48: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS20


分子量: 9980.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4T3R2

+
Large ribosomal subunit protein ... , 29種, 29分子 C1F7E9aAMBUCWDXERFVHTIfJPOGRYWIXBaQbNcKdJeAfLgdhOibkClSnep

#2: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL9


分子量: 18195.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M3V9E8
#7: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 19841.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4T1L5
#8: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 21971.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4U627
#9: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL32


分子量: 7169.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4SWQ6
#10: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL17


分子量: 13635.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4U611
#11: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL25 / General stress protein CTC


分子量: 23887.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4U726
#12: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL28


分子量: 9168.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4T6Y7
#13: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 7519.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4TBX9
#14: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 11932.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4SWS6
#16: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL27


分子量: 9119.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4TUE5
#17: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 11465.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4TE60
#18: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL31B


分子量: 10708.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4SX87
#22: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20


分子量: 13539.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M5MJR6
#25: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 19536.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M5MKV2
#30: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 6615.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4SWR7
#31: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 15802.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4TBP4
#34: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL34


分子量: 5292.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4TEZ6
#35: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL21


分子量: 11773.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M5TIS3
#36: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 12550.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4TUJ2
#37: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 15448.876 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4T6V1
#38: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 13417.765 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M5MJS2
#39: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 22236.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4T1M3
#40: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16


分子量: 15626.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M3V8J3
#41: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL35


分子量: 7594.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4U4I0
#42: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL19


分子量: 14598.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4TV08
#44: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL33


分子量: 6053.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4SWV1
#45: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 30263.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M3V8Q0
#47: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 12816.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M5MJH9
#49: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL36


分子量: 4330.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0M4U3Z5

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 D8iNZ2

#50: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 36948.945 Da / 分子数: 1 / Mutation: insertion of 85, C89A / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: GenBank: 930356181
#51: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 514644.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
#52: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 933563.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Psychrobacter urativorans (バクテリア)
参照: GenBank: 930356181

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 70S ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Psychrobacter urativorans (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.75 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1250 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19576 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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